aidsВИЧ-инфекция и иммуносупрессииHIV Infection and Immunosuppressive Disorders2077-9828Baltic Medical Education Center10.22328/2077-9828-2025-17-3-65-72aids-1066Research ArticleОРИГИНАЛЬНЫЕ ИССЛЕДОВАНИЯORIGINAL STUDIESАнализ некоторых полиморфных вариантов гена IFNAR1 у ВИЧ-инфицированных лицAnalysis of some IFNAR1 gene polymorphisms in HIV-infected patientshttps://orcid.org/0000-0003-2270-8897ОстанковаЮ. В.OstankovaYu. V.

Останкова Юлия Владимировна  — кандидат биологических наук, заведующая лабораторией иммунологии и  вирусологии ВИЧ-инфекции, старший научный сотрудник лаборатории молекулярной иммунологии

 197101, Санкт-Петербург, ул. Мира, д. 14

Ostankova Yulia Vladimirovna

St. Petersburg

shenna1@yandex.ruhttps://orcid.org/0000-0003-0078-9681ДавыденкоВ. С.DavydenkoV. S.

Давыденко Владимир Сергеевич — младший научный сотрудник лаборатории иммунологии и вирусологии ВИЧ-инфекции 

 197101, Санкт-Петербург, ул. Мира, д. 14

St. Petersburg

vladimir_david@mail.ruhttps://orcid.org/0000-0002-3139-3674ЩемелевА. Н.SchemelevA. N.

Щемелев Александр Николаевич — кандидат биологических наук, младший научный сотрудник лаборатории иммунологии и вирусологии ВИЧ-инфекции

197101, Санкт-Петербург, ул. Мира, д. 14

St. Petersburg

tvildorm@gmail.comhttps://orcid.org/0000-0003-4571-8799ТотолянА. А.TotolianA. A.

Тотолян Арег Артемович — доктор медицинских наук, профессор, академик РАН, заведующий лабораторией молекулярной иммунологии, директор; заведующий кафедрой иммунологии 

197101, Санкт-Петербург, ул. Мира, д. 14

St. Petersburg

totolian@pasteurorg.ruСанкт-Петербургский научно-исследовательский институт эпидемиологии и микробиологии имени ПастераРоссияSt. Petersburg Pasteur InstituteRussian Federation2025221120251736572Copyright © Останкова Ю.В., Давыденко В.С., Щемелев А.Н., Тотолян А.А., 20252025Останкова Ю.В., Давыденко В.С., Щемелев А.Н., Тотолян А.А.Ostankova Y.V., Davydenko V.S., Schemelev A.N., Totolian A.A.Данная работа распространяется под лицензией Creative Commons Attribution 4.0.This work is licensed under a Creative Commons Attribution 4.0 License.https://hiv.bmoc-spb.ru/jour/article/view/1066

Целью нашей работы было изучение генотипического и аллельного распределения некоторых полиморфных вариантов гена IFNAR1 у ВИЧ-инфицированных лиц и оценка ассоциации выявленных вариантов с ВИЧ-инфекцией.

Материалы и методы

Материалы и методы. Материалом для исследования послужили образцы цельной крови, полученные от ВИЧ-инфицированных лиц с вирусологической неэффективностью применяемой антиретровирусной терапии (n=378) и практически здоровых лиц (n=319). Осуществляли секвенирование всех экзонов гена IFNAR1 с частичным охватом фланкирующих интронных последовательностей, включая анализ промоторного участка и значительного по протяженности интронного сегмента в области, предшествующей промотору, с последующим анализом полученных нуклеотидных последовательностей.

Результаты и их обсуждение. Показана статистически значимая связь с ВИЧ-инфекцией трех полиморфных вариантов гена IFNAR1: rs2843710 (–654 C/G), rs2257167 (4 экзон, 18339G>C: Val168Leu), rs2856973 (10 интрон, 28767 A>T). Распределение генотипов всех исследуемых полиморфных вариантов в анализируемых группах соответствовало равновесию Харди–Вайнберга. Показано достоверное отличие в распределении генотипов между ВИЧ-инфицированными лицами и  контрольной группой: rs2843710  — х 2=9,624 при p=0,0081, rs2257167  — х2=8,623 при p=0,0134, rs2856973 — х2=10,447 при p=0,0054. Показана ассоциация гомозиготного генотипа C/C и минорного аллеля C локуса rs2257167 с предрасположенностью к ВИЧ-инфекции, в то время как генотипы G/G (rs2843710) и T/T (rs2856973) вместе с соответствующими аллелями G и T проявляют выраженный протективный эффект.

Заключение

Заключение. Настоящее исследование раскрывает взаимосвязь между полиморфизмом гена IFNAR1 и предрасположенностью к ВИЧ-инфекции, демонстрируя его значимую, но не исключительную роль в развитии заболевания.

The aim of this study was to examine the genotypic and allelic distribution of certain polymorphic variants of the IFNAR1 gene in HIV-positive patients and evaluate their association with HIV infection.

Materials and methods

Materials and methods. The study material consisted of whole blood samples obtained from HIV-infected individuals with virological failure of antiretroviral therapy (n=378) and apparently healthy individuals (n=319). We performed sequencing of all exons of the IFNAR1 gene with partial coverage of flanking intronic sequences, including analysis of the promoter region and a substantial intronic segment in the pre-promoter region, followed by analysis of the obtained nucleotide sequences.

Results and discussion

Results and discussion. We demonstrated statistically significant associations with HIV infection for three polymorphic variants of the IFNAR1 gene: rs2843710 (–654 C/G), rs2257167 (exon 4, 18339G>C: Val168Leu), and rs2856973 (intron 10, 28767 A>T). The genotype distribution of all studied polymorphic variants in the analyzed groups conformed to HardyWeinberg equilibrium. Significant differences in genotype distribution were shown between HIV-infected individuals and the control group: rs2843710 — х2=9.624 at p=0.0081; rs2257167 — х2=8.623 at p=0.0134; rs2856973 — х2=10.447 at p=0.0054. The homozygous C/C genotype and minor C allele of rs2257167 locus were associated with predisposition to HIV infection, while the G/G (rs2843710) and T/T (rs2856973) genotypes along with their corresponding G and T alleles demonstrated a pronounced protective effect.

Conclusion

Conclusion. This study reveals an association between IFNAR1 gene polymorphisms and a predisposition to HIV infection, demonstrating their significant, albeit non-exclusive, role in the disease development.

ВИЧ-инфекциявзаимодействие вирус-хозяинIFNAR1полиморфизмпрогностические маркерылабораторная диагностикаHIV infectionvirus-host interactionIFNAR1polymorphismprognostic markerslaboratory diagnosticsReferencesGlobal HIV & AIDS statistics — Fact sheet / UNAIDS 2024 epidemiological estimates. Available from: https://www.unaids.org/en/resources/factsheet (access date: 14.08.2025).Global HIV & AIDS statistics — Fact sheet / UNAIDS 2024 epidemiological estimates. Available from: https://www.unaids.org/en/resources/factsheet (access date: 14.08.2025).McMyn N.F., Varriale J., Fray E.J., Zitzmann C., MacLeod H., Lai J., Singhal A., Moskovljevic M., Garcia M.A., Lopez B.M., Hariharan V., Rhodehouse K., Lynn K., Tebas P., Mounzer K., Montaner L.J., Benko E., Kovacs C., Hoh R., Simonetti F.R., Laird G.M., Deeks S.G., Ribeiro R.M., Perelson A.S., Siliciano R.F., Siliciano J.M. The latent reservoir of inducible, infectious HIV-1 does not decrease despite decades of antiretroviral therapy // J. Clin. Invest. 2023. Vol. 133, No. 17. Р. e171554. doi: 10.1172/JCI171554.McMyn N.F., Varriale J., Fray E.J., Zitzmann C., MacLeod H., Lai J., Singhal A., Moskovljevic M., Garcia M.A., Lopez B.M., Hariharan V., Rhodehouse K., Lynn K., Tebas P., Mounzer K., Montaner L.J., Benko E., Kovacs C., Hoh R., Simonetti F.R., Laird G.M., Deeks S.G., Ribeiro R.M., Perelson A.S., Siliciano R.F., Siliciano J.M. The latent reservoir of inducible, infectious HIV-1 does not decrease despite decades of antiretroviral therapy // J. Clin. Invest. 2023. Vol. 133, No. 17. Р. e171554. doi: 10.1172/JCI171554.Schemelev A.N., Davydenko V.S., Ostankova Y.V., Reingardt D.E., Serikova E.N., Zueva E.B., Totolian A.A. Involvement of Human Cellular Proteins and Structures in Realization of the HIV Life Cycle: A Comprehensive Review, 2024 // Viruses. 2024. Vol. 16. Р. 1682. https://doi.org/10.3390/v16111682.Schemelev A.N., Davydenko V.S., Ostankova Y.V., Reingardt D.E., Serikova E.N., Zueva E.B., Totolian A.A. Involvement of Human Cellular Proteins and Structures in Realization of the HIV Life Cycle: A Comprehensive Review, 2024 // Viruses. 2024. Vol. 16. Р. 1682. https://doi.org/10.3390/v16111682.Ivanov S., Lagunin A., Filimonov D., Tarasova O. Network-based analysis of OMICs data to understand the HIV-host interaction // Front. Microbiol. 2020. Vol. 11. Р. 1314. doi: 10.3389/fmicb.2020.01314.Ivanov S., Lagunin A., Filimonov D., Tarasova O. Network-based analysis of OMICs data to understand the HIV-host interaction // Front. Microbiol. 2020. Vol. 11. Р. 1314. doi: 10.3389/fmicb.2020.01314.Hendricks C.M., Cordeiro T., Gomes A.P., Stevenson M. The Interplay of HIV-1 and Macrophages in Viral Persistence // Front Microbiol. 2021. Vol. 12. Р. 646447. doi: 10.3389/fmicb.2021.646447.Hendricks C.M., Cordeiro T., Gomes A.P., Stevenson M. The Interplay of HIV-1 and Macrophages in Viral Persistence // Front Microbiol. 2021. Vol. 12. Р. 646447. doi: 10.3389/fmicb.2021.646447.Delannoy A., Poirier M., Bell B. Cat and Mouse: HIV Transcription in Latency, Immune Evasion and Cure/Remission Strategies // Viruses. 2019. Vol. 11, No. 3. Р. 269. doi: 10.3390/v11030269.Delannoy A., Poirier M., Bell B. Cat and Mouse: HIV Transcription in Latency, Immune Evasion and Cure/Remission Strategies // Viruses. 2019. Vol. 11, No. 3. Р. 269. doi: 10.3390/v11030269.Balasubramaniam M., Pandhare J., Dash C. Immune Control of HIV // J. Life Sci. (Westlake Village). 2019. Vol. 1, No. 1. Р. 4–37. URL: https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC6714987/Balasubramaniam M., Pandhare J., Dash C. Immune Control of HIV // J. Life Sci. (Westlake Village). 2019. Vol. 1, No. 1. Р. 4–37. URL: https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC6714987/Swiecki M., Colonna M. Type I interferons: diversity of sources, production pathways and effects on immune responses // Curr. Opin Virol. 2011. Vol. 1, No. 6. Р. 463–475. doi: 10.1016/j.coviro.2011.10.026.Swiecki M., Colonna M. Type I interferons: diversity of sources, production pathways and effects on immune responses // Curr. Opin Virol. 2011. Vol. 1, No. 6. Р. 463–475. doi: 10.1016/j.coviro.2011.10.026.Ali S., Mann-Nüttel R., Schulze A., Richter L., Alferink J., Scheu S. Sources of Type I Interferons in Infectious Immunity: Plasmacytoid Dendritic Cells Not Always in the Driver’s Seat // Front Immunol. 2019. Vol. 10. Р. 778. doi: 10.3389/fimmu.2019.00778.Ali S., Mann-Nüttel R., Schulze A., Richter L., Alferink J., Scheu S. Sources of Type I Interferons in Infectious Immunity: Plasmacytoid Dendritic Cells Not Always in the Driver’s Seat // Front Immunol. 2019. Vol. 10. Р. 778. doi: 10.3389/fimmu.2019.00778.Nguyen N.V., Tran J.T., Sanchez D.J. HIV blocks Type I IFN signaling through disruption of STAT1 phosphorylation // Innate Immun. 2018. Vol. 24, No. 8. Р. 490–500. doi: 10.1177/1753425918803674.Nguyen N.V., Tran J.T., Sanchez D.J. HIV blocks Type I IFN signaling through disruption of STAT1 phosphorylation // Innate Immun. 2018. Vol. 24, No. 8. Р. 490–500. doi: 10.1177/1753425918803674.Wang Y., Qian G., Zhu L., Zhao Z., Liu Y., Han W., Zhang X., Zhang Y., Xiong T., Zeng H., Yu X., Yu X., Zhang X., Xu J., Zou Q., Yan D. HIV-1 Vif suppresses antiviral immunity by targeting STING // Cell Mol Immunol. 2022. Vol. 19, No. 1. Р. 108–121. doi: 10.1038/s41423-021-00802-9.Wang Y., Qian G., Zhu L., Zhao Z., Liu Y., Han W., Zhang X., Zhang Y., Xiong T., Zeng H., Yu X., Yu X., Zhang X., Xu J., Zou Q., Yan D. HIV-1 Vif suppresses antiviral immunity by targeting STING // Cell Mol Immunol. 2022. Vol. 19, No. 1. Р. 108–121. doi: 10.1038/s41423-021-00802-9.Останкова Ю.В., Серикова Е.Н., Ануфриева Е.В., Басина В.В., Машков И.А., Ширшова Н.Ю., Кусевицкая М.Б., Горская О.А., Тотолян А.А. Прогностическая оценка развития гепатоцеллюлярной карциномы на основе определения полиморфизма гена человека IFNAR-1 и/или его экспрессии // Клиническая лабораторная диагностика. 2024. Т. 69, № 7. С. 349–357. doi: 10.51620/0869-2084-2024-69-7-349-357.Ostankova Y.V., Serikova E.N., Anufrieva E.V., Basina V.V., Mashkov I.A., Shirshova N.Yu., Kusevitskaya M.B., Gorskaya O.A., Totolian A.A. Prognostic assessment of hepatocellular carcinoma development based on the determination of human IFNAR-1 gene polymorphism and/or its expression. Clinical Laboratory Diagnostics, 2024, Vol. 69, No. 7, рр. 349–357 (In Russ.)Diop G., Hirtzig T., Do H., Coulonges C., Vasilescu A., Labib T., Spadoni J.L., Therwath A., Lathrop M., Matsuda F., Zagury J.F. Exhaustive genotyping of the interferon alpha receptor 1 (IFNAR1) gene and association of an IFNAR1 protein variant with AIDS progression or susceptibility to HIV-1 infection in a French AIDS cohort // Biomed Pharmacother. 2006. Vol. 60, No. 9. Р. 569–577. doi: 10.1016/j.biopha.2006.08.002.Diop G., Hirtzig T., Do H., Coulonges C., Vasilescu A., Labib T., Spadoni J.L., Therwath A., Lathrop M., Matsuda F., Zagury J.F. Exhaustive genotyping of the interferon alpha receptor 1 (IFNAR1) gene and association of an IFNAR1 protein variant with AIDS progression or susceptibility to HIV-1 infection in a French AIDS cohort // Biomed Pharmacother. 2006. Vol. 60, No. 9. Р. 569–577. doi: 10.1016/j.biopha.2006.08.002.Salanti G., Amountza G., Ntzani E.E., Ioannidis J.P. Hardy-Weinberg equilibrium in genetic association studies: an empirical evaluation of reporting, deviations, and power // Eur. J. Hum. Genet. 2005. Vol. 13, No. 7. Р. 840–848. doi: 10.1038/sj.ejhg.5201410.Salanti G., Amountza G., Ntzani E.E., Ioannidis J.P. Hardy-Weinberg equilibrium in genetic association studies: an empirical evaluation of reporting, deviations, and power // Eur. J. Hum. Genet. 2005. Vol. 13, No. 7. Р. 840–848. doi: 10.1038/sj.ejhg.5201410.Pekkoc-Uyanik K.C., Todurga-Seven Z.G., Shahzadi A., Sonmez H., Mercan S., Mete B., Tabak F. Next-generation sequencing of CCR5, CXCR4, and IFNAR1 variants in relation to HIV-1 disease progression and ART response // Sci. Rep. 2025. Vol. 15, No. 1. Р. 26511. doi: 10.1038/s41598-025-11843-9.Pekkoc-Uyanik K.C., Todurga-Seven Z.G., Shahzadi A., Sonmez H., Mercan S., Mete B., Tabak F. Next-generation sequencing of CCR5, CXCR4, and IFNAR1 variants in relation to HIV-1 disease progression and ART response // Sci. Rep. 2025. Vol. 15, No. 1. Р. 26511. doi: 10.1038/s41598-025-11843-9.Mhandire D.Z., Mhandire K., Magadze M., Wonkam A., Kengne A.P., Dandara C. Genetic variation in toll like receptors 2, 7, 9 and interleukin6 is associated with cytomegalovirus infection in late pregnancy // BMC Med. Genet. 2020. Vol. 21, No. 1. Р. 113. doi: 10.1186/s12881-020-01044-8.Mhandire D.Z., Mhandire K., Magadze M., Wonkam A., Kengne A.P., Dandara C. Genetic variation in toll like receptors 2, 7, 9 and interleukin6 is associated with cytomegalovirus infection in late pregnancy // BMC Med. Genet. 2020. Vol. 21, No. 1. Р. 113. doi: 10.1186/s12881-020-01044-8.Zou R., Zhang G., Li S., Wang W., Yuan J., Li J., Wang Y., Lin Y., Deng Y., Zhou B., Gao G.F., Liu Y. A functional polymorphism in IFNAR1 gene is associated with susceptibility and severity of HFMD with EV71 infection // Sci Rep. 2015. Vol. 5. Р. 18541. doi: 10.1038/srep18541.Zou R., Zhang G., Li S., Wang W., Yuan J., Li J., Wang Y., Lin Y., Deng Y., Zhou B., Gao G.F., Liu Y. A functional polymorphism in IFNAR1 gene is associated with susceptibility and severity of HFMD with EV71 infection // Sci Rep. 2015. Vol. 5. Р. 18541. doi: 10.1038/srep18541.Cheng L., Yu H., Li G., Li F., Ma J., Li J., Chi L., Zhang L., Su L. Type I interferons suppress viral replication but contribute to T cell depletion and dysfunction during chronic HIV-1 infection // JCI Insight. 2017. Vol. 2, No. 12. e94366. doi: 10.1172/jci.insight.94366. 1Cheng L., Yu H., Li G., Li F., Ma J., Li J., Chi L., Zhang L., Su L. Type I interferons suppress viral replication but contribute to T cell depletion and dysfunction during chronic HIV-1 infection // JCI Insight. 2017. Vol. 2, No. 12. e94366. doi: 10.1172/jci.insight.94366. 1Singh H., Ojeda-Juárez D., Maung R., Shah R., Roberts A.J., Kaul M. A pivotal role for Interferon-a receptor-1 in neuronal injury induced by HIV-1 // J. Neuroinflammation. 2020. Vol. 17, No. 1. Р. 226. doi: 10.1186/s12974-020-01894-2.Singh H., Ojeda-Juárez D., Maung R., Shah R., Roberts A.J., Kaul M. A pivotal role for Interferon-a receptor-1 in neuronal injury induced by HIV-1 // J. Neuroinflammation. 2020. Vol. 17, No. 1. Р. 226. doi: 10.1186/s12974-020-01894-2.

The authors declare that there are no conflicts of interest present.