aidsВИЧ-инфекция и иммуносупрессииHIV Infection and Immunosuppressive Disorders2077-9828Baltic Medical Education Center10.22328/2077-9828-2025-17-4-34-43aids-1097Research ArticleОРИГИНАЛЬНЫЕ ИССЛЕДОВАНИЯORIGINAL STUDIESОсобенности белков TAT, REV и VPU ВИЧ-1 суб-субтипа А6 у пациентов с установленным диагнозом СПИДFeatures of TAT, REV, and VPU proteins of HIV-1 Sub-subtype A6 in patients with an established diagnosis of AIDShttps://orcid.org/0009-0001-0430-1578ПротасоваЛ. А.ProtasovaL. A.

Протасова Лариса Анатольевна - лаборант-исследователь лаборатории вирусов лейкозов

123098, Москва, ул. Гамалеи, д. 18

Moscow

larisa.protasova.03@mail.ruhttps://orcid.org/0000-0002-9180-9846АнтоноваА. А.AntonovaA. A.

Антонова Анастасия Александровна - кандидат биологических наук, научный сотрудник лаборатории вирусов лейкозов

123098, Москва, ул. Гамалеи, д. 18

Moscow

anastaseika95@mail.ruhttps://orcid.org/0000-0003-4832-6248ГолидоноваК. А.GolidonovaK. A.

Голидонова Кристина Андреевна — научный сотрудник лаборатории переносчиков инфекций

123098, Москва, ул. Гамалеи, д. 18

Moscow

kristi.dekor@mail.ruhttps://orcid.org/0000-0003-1173-5590КрупинскаяЕ. С.KrupinskayaE. S.

Крупинская Екатерина Сергеевна - младший научный сотрудник лаборатории переносчиков инфекций

123098, Москва, ул. Гамалеи, д. 18

Moscow

katekrupp@yandex.ruhttps://orcid.org/0000-0002-0372-5563БогатыреваТ. И.BogatyrevaT. I.

Богатырева Татьяна Игоревна - заместитель главного врача по медицинской части

295006, Республика Крым, Симферополь, ул. А. Невского, д. 27а

Simferopol

tatyan-alferova@yandex.ruhttps://orcid.org/0009-0001-1647-0926ГлинкинаЛ. Н.GlinkinaL. N.

Глинкина Лариса Николаевна - научный сотрудник лаборатории вирусов лейкозов

123098, Москва, ул. Гамалеи, д. 18

Moscow

laress77@bk.ruhttps://orcid.org/0000-0001-8755-1419ПрилиповA. Г.PrilipovA. G.

Прилипов Алексей Геннадьевич - доктор биологических наук, ведущий научный сотрудник, заведующий лабораторией молекулярной генетики

123098, Москва, ул. Гамалеи, д. 18

Moscow

a_prilipov@mail.ruhttps://orcid.org/0000-0001-5299-3081КузнецоваА. И.KuznetsovaA. I.

Кузнецова Анна Игоревна - кандидат биологических наук, ведущий научный сотрудник, заведующая лабораторией вирусов лейкозов

123098, Москва, ул. Гамалеи, д. 18

Kuznetsova Anna Igorevna

Moscow

a-myznikova@list.ruНациональный исследовательский центр эпидемиологии и микробиологии имени почетного академика Н. Ф. ГамалеиРоссияNational Research Center of Epidemiology and Microbiology named after Honorary Academician N. F. GamaleyaRussian FederationЦентр по профилактике и борьбе со СПИДомРоссияCenter for the Prevention and Control of AIDSRussian Federation2025010320261743443Copyright © Протасова Л.А., Антонова А.А., Голидонова К.А., Крупинская Е.С., Богатырева Т.И., Глинкина Л.Н., Прилипов A.Г., Кузнецова А.И., 20262026Протасова Л.А., Антонова А.А., Голидонова К.А., Крупинская Е.С., Богатырева Т.И., Глинкина Л.Н., Прилипов A.Г., Кузнецова А.И.Protasova L.A., Antonova A.A., Golidonova K.A., Krupinskaya E.S., Bogatyreva T.I., Glinkina L.N., Prilipov A.G., Kuznetsova A.I.Данная работа распространяется под лицензией Creative Commons Attribution 4.0.This work is licensed under a Creative Commons Attribution 4.0 License.https://hiv.bmoc-spb.ru/jour/article/view/1097

Цель исследования. Изучить характеристики вирусных белков Tat, Rev и Vpu у пациентов, инфицированных вариантами ВИЧ-1 суб-субтипа А6 с подтвержденным диагнозом СПИД.Материалы и методы. Проводился сравнительный анализ генетического разнообразия белков в двух группах пациентов: с установленным диагнозом СПИД (25 человек) и без установленного диагноза СПИД (62 человека). Анализировались образцы цельной крови пациентов, наблюдавшихся в ГБУЗ Республики Крым «Центре профилактике и борьбе со СПИДом». Проводили выделение провирусной ДНК, амплификацию соответствующих областей генома, генотипирование, перевод последовательностей нуклеотидов в последовательность аминокислот, выявление аминокислотных замен с достоверно значимой разницей в частоте встречаемости в двух анализируемых группах.Результаты и их обсуждение. Все пациенты, вошедшие в исследование, были инфицированы ВИЧ-1 суб-субтипа А6. У пациентов с установленным диагнозом СПИД следующие замены встречались достоверно чаще: в Tat — T77A и T97P, в Rev — V16A, Q74H, R50N, в Vpu — V10I, L33I. Большинство обозначенных замен расположены в позициях, перекрывающихся линейными эпитопами, что может свидетельствовать о селективном давлении иммунной системы по обозначенным позициям.Заключение. Замены V16A в Rev и V10I в Vpu отмечены для проведения дополнительного изучения, так как расположены в позициях аминокислотных остатков, потенциально вовлеченных во взаимодействия с ингибиторами функциональной активности данных белков.

The aim. To study the characteristics of the viral proteins Tat, Rev and Vpu in patients infected with HIV-1 sub-subtype A6 variants with a confirmed diagnosis of AIDS.Materials and methods. The comparative analysis of the genetic diversity in proteins was conducted in two groups of patients: with an established diagnosis of AIDS (25 people) and without an established diagnosis of AIDS (62). Whole blood samples from patients observed at the AIDS Prevention and Control Center of the Republic of Crimea were analyzed. Proviral DNA was isolated, the corresponding genomic regions were amplified, genotyping was performed, nucleotide sequences were converted to amino acid sequences, and amino acid substitutions with significantly different frequencies were identified between the two groups.Results and discussion. All patients included in the study were infected with HIV-1 subtype A6. The following substitutions were significantly more common in patients diagnosed with AIDS: T77A and T97P — in Tat, V16A, Q74H and R50N — in Rev, V10I and L33I — in Vpu. Most of these substitutions are located at positions overlapping linear epitopes, which may indicate selective pressure from the immune system at these positions.Conclusion. V16A in Rev and V10I in Vpu are marked for further study, as they are located at amino acid residue positions potentially involved in interactions with the inhibitors of the functional activity of these proteins.

ВИЧ-1СПИДсуб-субтип А6HIV-1AIDSsub-subtype A6Исследование выполнено за счет средств гранта Российского научного фонда № 23–15–00027, https://rscf.ru/project/23–15–00027.ReferencesShaw G.M., Hunter E. HIV transmission // Cold Spring Harb Perspect Med. 2012. Vol. 2. Р. 11. a006965. doi: 10.1101/cshperspect.a006965.Shaw G.M., Hunter E. HIV transmission // Cold Spring Harb Perspect Med. 2012. Vol. 2. Р. 11. a006965. doi: 10.1101/cshperspect.a006965.Bonsignori M., Liao H.X., Gao F., Williams W.B., Alam S.M., Montefiori D.C., Haynes BF. Antibody-virus co-evolution in HIV infection: paths for HIV vaccine development // Immunol Rev. 2017. Vol. 275, No. 1. Р. 145–160. doi: 10.1111/imr.12509.Bonsignori M., Liao H.X., Gao F., Williams W.B., Alam S.M., Montefiori D.C., Haynes BF. Antibody-virus co-evolution in HIV infection: paths for HIV vaccine development // Immunol Rev. 2017. Vol. 275, No. 1. Р. 145–160. doi: 10.1111/imr.12509.Yu F., Wen Y., Wang J., Gong Y., Feng K., Ye R., Jiang Y., Zhao Q., Pan P., Wu H., Duan S., Su B., Qiu M. The Transmission and Evolution of HIV-1 Quasispecies within One Couple: a Follow-up Study based on Next-Generation Sequencing // Sci. Rep. 2018. Vol. 8. Р. 1404. https://doi.org/10.1038/s41598-018-19783.Yu F., Wen Y., Wang J., Gong Y., Feng K., Ye R., Jiang Y., Zhao Q., Pan P., Wu H., Duan S., Su B., Qiu M. The Transmission and Evolution of HIV-1 Quasispecies within One Couple: a Follow-up Study based on Next-Generation Sequencing // Sci. Rep. 2018. Vol. 8. Р. 1404. https://doi.org/10.1038/s41598-018-19783.Mosier D.E. How HIV changes its tropism: evolution and adaptation? // Curr. Opin HIV AIDS. 2009. Vol. 4, No. 2. Р. 125–130. doi: 10.1097/COH.0b013e3283223d61.Mosier D.E. How HIV changes its tropism: evolution and adaptation? // Curr. Opin HIV AIDS. 2009. Vol. 4, No. 2. Р. 125–130. doi: 10.1097/COH.0b013e3283223d61.Tähtinen M., Ranki A., Valle S.L., Ovod V., Krohn K. B-cell epitopes in HIV-1 Tat and Rev proteins colocalize with T-cell epitopes and with functional domains // Biomed. Pharmacother. 1997. Vol. 51, No. 10. Р. 480–487. doi: 10.1016/s0753-3322(97)82330-x.Tähtinen M., Ranki A., Valle S.L., Ovod V., Krohn K. B-cell epitopes in HIV-1 Tat and Rev proteins colocalize with T-cell epitopes and with functional domains // Biomed. Pharmacother. 1997. Vol. 51, No. 10. Р. 480–487. doi: 10.1016/s0753-3322(97)82330-x.Schneider T., Hildebrandt P., Rönspeck W., Weigelt W., Pauli G. The antibody response to the HIV-1 specific «out» (vpu) protein: identification of an immunodominant epitope and correlation of antibody detectability to clinical stages // AIDS Res. Hum. Retroviruses. 1990. Vol. 6, No. 7. Р. 943–950. doi: 10.1089/aid.1990.6.943.Schneider T., Hildebrandt P., Rönspeck W., Weigelt W., Pauli G. The antibody response to the HIV-1 specific «out» (vpu) protein: identification of an immunodominant epitope and correlation of antibody detectability to clinical stages // AIDS Res. Hum. Retroviruses. 1990. Vol. 6, No. 7. Р. 943–950. doi: 10.1089/aid.1990.6.943.Buggert M., Norström M.M., Czarnecki C., Tupin E., Luo M., Gyllensten K., Sönnerborg A., Lundegaard C., Lund O., Nielsen M., Karlsson A.C. Characterization of HIV-specific CD4+ T cell responses against peptides selected with broad population and pathogen coverage // PLoS One. 2012. Vol. 7, No. 7. e39874. doi: 10.1371/journal.pone.0039874.Buggert M., Norström M.M., Czarnecki C., Tupin E., Luo M., Gyllensten K., Sönnerborg A., Lundegaard C., Lund O., Nielsen M., Karlsson A.C. Characterization of HIV-specific CD4+ T cell responses against peptides selected with broad population and pathogen coverage // PLoS One. 2012. Vol. 7, No. 7. e39874. doi: 10.1371/journal.pone.0039874.Sengupta S., Zhang J., Reed M.C., Yu J., Kim A., Boronina T.N., Board N.L., Wrabl J.O., Shenderov K., Welsh R.A., Yang W., Timmons A.E., Hoh R., Cole R.N., Deeks S.G., Siliciano J.D., Siliciano R.F., Sadegh-Nasseri S. A cell-free antigen processing system informs HIV-1 epitope selection and vaccine design // J. Exp. Med. 2023. Vol. 220, No. 7. e20221654. doi: 10.1084/jem.20221654.Sengupta S., Zhang J., Reed M.C., Yu J., Kim A., Boronina T.N., Board N.L., Wrabl J.O., Shenderov K., Welsh R.A., Yang W., Timmons A.E., Hoh R., Cole R.N., Deeks S.G., Siliciano J.D., Siliciano R.F., Sadegh-Nasseri S. A cell-free antigen processing system informs HIV-1 epitope selection and vaccine design // J. Exp. Med. 2023. Vol. 220, No. 7. e20221654. doi: 10.1084/jem.20221654.Walker L.E., Vang L., Shen X., Livingston B.D., Post P., Sette A., Godin C.S., Newman M.J. Design and preclinical development of a recombinant protein and DNA plasmid mixed format vaccine to deliver HIV-derived T-lymphocyte epitopes // Vaccine. 2009. Vol. 27, No. 50. Р. 7087–7095. doi: 10.1016/j.vaccine.2009.09.059.Walker L.E., Vang L., Shen X., Livingston B.D., Post P., Sette A., Godin C.S., Newman M.J. Design and preclinical development of a recombinant protein and DNA plasmid mixed format vaccine to deliver HIV-derived T-lymphocyte epitopes // Vaccine. 2009. Vol. 27, No. 50. Р. 7087–7095. doi: 10.1016/j.vaccine.2009.09.059.Jackson P.E., Tebit D.M., Rekosh D., Hammarskjold M.L. Rev-RRE Functional Activity Differs Substantially Among Primary HIV-1 Isolates // AIDS Res. Hum. Retroviruses. 2016. Vol. 32, No. 9. Р. 923–934. doi: 10.1089/AID.2016.0047.Jackson P.E., Tebit D.M., Rekosh D., Hammarskjold M.L. Rev-RRE Functional Activity Differs Substantially Among Primary HIV-1 Isolates // AIDS Res. Hum. Retroviruses. 2016. Vol. 32, No. 9. Р. 923–934. doi: 10.1089/AID.2016.0047.Chen J., Tibroni N., Sauter D., Galaski J., Miura T., Alter G., Mueller B., Haller C., Walker B.D., Kirchhoff F., Brumme Z.L., Ueno T., Fackler O.T. Modest attenuation of HIV-1 Vpu alleles derived from elite controller plasma // PLoS One. 2015. Vol. 10, No. 3: e0120434. doi: 10.1371/journal.pone.0120434.Chen J., Tibroni N., Sauter D., Galaski J., Miura T., Alter G., Mueller B., Haller C., Walker B.D., Kirchhoff F., Brumme Z.L., Ueno T., Fackler O.T. Modest attenuation of HIV-1 Vpu alleles derived from elite controller plasma // PLoS One. 2015. Vol. 10, No. 3: e0120434. doi: 10.1371/journal.pone.0120434.Mishra M., Vetrivel S., Siddappa N.B., Ranga U., Seth P. Clade-specific differences in neurotoxicity of human immunodeficiency virus-1 B and C Tat of human neurons: Significance of dicysteine C30C31 motif // Ann. Neurol. 2008. Vol. 63. Р. 366–376. doi: 10.1002/ana.21292.Mishra M., Vetrivel S., Siddappa N.B., Ranga U., Seth P. Clade-specific differences in neurotoxicity of human immunodeficiency virus-1 B and C Tat of human neurons: Significance of dicysteine C30C31 motif // Ann. Neurol. 2008. Vol. 63. Р. 366–376. doi: 10.1002/ana.21292.Ruiz A.P., Ajasin D.O., Ramasamy S., DesMarais V., Eugenin E.A., Prasad V.R. A naturally occurring polymorphism in the HIV-1 Tat basic domain inhibits uptake by bystander cells and leads to reduced neuroinflammation // Sci. Rep. 2019. Vol. 9, No. 1. Р. 3308. https://doi.org/10.1038/s41598-019-39531-5.Ruiz A.P., Ajasin D.O., Ramasamy S., DesMarais V., Eugenin E.A., Prasad V.R. A naturally occurring polymorphism in the HIV-1 Tat basic domain inhibits uptake by bystander cells and leads to reduced neuroinflammation // Sci. Rep. 2019. Vol. 9, No. 1. Р. 3308. https://doi.org/10.1038/s41598-019-39531-5.Jayaraman B., Fernandes J.D., Yang S., Smith C., Frankel A.D. Highly Mutable Linker Regions Regulate HIV-1 Rev Function and Stability // Sci. Rep. 2019. Vol. 9. Р. 5139. https://doi.org/10.1038/s41598-019-41582-7.Jayaraman B., Fernandes J.D., Yang S., Smith C., Frankel A.D. Highly Mutable Linker Regions Regulate HIV-1 Rev Function and Stability // Sci. Rep. 2019. Vol. 9. Р. 5139. https://doi.org/10.1038/s41598-019-41582-7.Singh J., Pandey M., Ramachandran V.G., Banerjea A.C. Genetic and Functional Characterization of HIV-1 Vpu from HIV-1-Infected North Indian Population // Biores Open Access. 2020. Vol. 9, No. 1. Р. 209–218. doi: 10.1089/biores.2020.0023.Singh J., Pandey M., Ramachandran V.G., Banerjea A.C. Genetic and Functional Characterization of HIV-1 Vpu from HIV-1-Infected North Indian Population // Biores Open Access. 2020. Vol. 9, No. 1. Р. 209–218. doi: 10.1089/biores.2020.0023.Ensoli B., Moretti S., Borsetti A., Maggiorella MT., Buttò S., Picconi O., Tripiciano A., Sgadari C., Monini P., Cafaro A. New insights into pathogenesis point to HIV-1 Tat as a key vaccine target // Arch. Virol. 2021. Vol. 166, No. 11. Р. 2955–2974. doi: 10.1007/s00705-021-05158-z.Ensoli B., Moretti S., Borsetti A., Maggiorella MT., Buttò S., Picconi O., Tripiciano A., Sgadari C., Monini P., Cafaro A. New insights into pathogenesis point to HIV-1 Tat as a key vaccine target // Arch. Virol. 2021. Vol. 166, No. 11. Р. 2955–2974. doi: 10.1007/s00705-021-05158-z.Jackson P.E.H., Dzhivhuho G., Rekosh D., Hammarskjold M.L. Sequence and Functional Variation in the HIV-1 Rev Regulatory Axis // Curr. HIV Res. 2020. Vol. 18, No. 2. Р. 85–98. doi: 10.2174/1570162X18666200106112842.Jackson P.E.H., Dzhivhuho G., Rekosh D., Hammarskjold M.L. Sequence and Functional Variation in the HIV-1 Rev Regulatory Axis // Curr. HIV Res. 2020. Vol. 18, No. 2. Р. 85–98. doi: 10.2174/1570162X18666200106112842.Luscombe C.A., Avihingsanon A., Supparatpinyo K., Gatechompol S., Han W.M., Ewart G.D., Thomson A.S., Miller M., Becker S., Murphy R.L. Human Immunodeficiency Virus Type 1 Vpu Inhibitor, BIT225, in Combination with 3-Drug Antiretroviral Therapy: Inflammation and Immune Cell Modulation // J. Infect Dis. 2021. Vol. 223, No. 11. Р. 1914–1922. doi: 10.1093/infdis/jiaa635.Luscombe C.A., Avihingsanon A., Supparatpinyo K., Gatechompol S., Han W.M., Ewart G.D., Thomson A.S., Miller M., Becker S., Murphy R.L. Human Immunodeficiency Virus Type 1 Vpu Inhibitor, BIT225, in Combination with 3-Drug Antiretroviral Therapy: Inflammation and Immune Cell Modulation // J. Infect Dis. 2021. Vol. 223, No. 11. Р. 1914–1922. doi: 10.1093/infdis/jiaa635.Lebedev A., Kireev D., Kirichenko A., Mezhenskaya E., AntonovaA., Bobkov V., Lapovok I., Shlykova A., Lopatukhin A., Shemshura A. et al. The Molecular Epidemiology of HIV-1inRussia, 1987–2023: Subtypes, Transmission Networks and Phylogenetic Story // Pathogens. 2025. Vol. 14. Р. 738. https://doi.org/10.3390/pathogens14080738.LebedevA., Kireev D., Kirichenko A., Mezhenskaya E., AntonovaA., BobkovV., Lapovok I., Shlykova A., Lopatukhin A., Shemshura A. et al. The Molecular Epidemiology of HIV-1inRussia, 1987–2023: Subtypes, Transmission Networks and Phylogenetic Story // Pathogens. 2025. Vol. 14. Р. 738. https:// doi.org/10.3390/pathogens14080738.Kuznetsova A., Kim K., Tumanov A., Munchak I., Antonova A., Lebedev A., Ozhmegova E., Orlova-Morozova E., Drobyshevskaya E., Pronin A. et al. Features of Tat Protein in HIV-1 Sub-Subtype A6 Variants Circulating in the Moscow Region, Russia // Viruses. 2023. Vol. 15. Р. 2212. https://doi.org/10.3390/v15112212.Kuznetsova A., Kim K., Tumanov A., Munchak I., Antonova A., Lebedev A., Ozhmegova E., Orlova-Morozova E., Drobyshevskaya E., Pronin A. et al. Features of Tat Protein in HIV-1 Sub-Subtype A6 Variants Circulating in the Moscow Region, Russia // Viruses. 2023. Vol. 15. Р. 2212. https://doi.org/10.3390/v15112212.Кузнецова А.И., Ким К.В., Антонова А.А., Лебедев А.В., Ожмегова Е.Н., Туманов А.С., Мунчак Я.М., Орлова-Морозова Е.А., Пронин А.Ю., Прилипов A.Г., Казеннова Е.В. Вариабельность белка REV ВИЧ-1 суб-субтипа А6 у пациентов c различными стадиями ВИЧ-инфекции // ВИЧ-инфекция и иммуносупрессии. 2024. Т. 16, № 3. С. 82–93.Kuznetsova A.I., Kim K.V., Antonova A.A., Lebedev A.V., Ozhmegova E.N., Tumanov A.S., Munchak Ya.M., Orlova-Morozova E.A., Pronin A.Yu., Prilipov A.G., Kazennova E.V. Variability of rev protein in HIV-1 sub-subtype A6 in patients with different stages of HIV infection. HIV infection and immunosuppression, 2024, Vol. 16, No. 3, рр. 82–93 (In Russ.). doi: http://dx.doi.org/10.22328/2077-9828-2024-16-3-82-93.Антонова А.А., Лебедев А.В., Казеннова Е.В., Ким К.В., Ожмегова Е.Н., Туманов А.С., Мунчак Я.М., Орлова-Морозова Е.А., Пронин А.Ю., Прилипов A.Г., Кузнецова А.И. Вариабельность белка VPU ВИЧ-1 суб-субтипа А6 у пациентов c различными стадиями ВИЧ-инфекции // ВИЧ-инфекция и иммуносупрессии. 2024. Т. 16, № 2. С. 40–50.Antonova A.A., Lebedev A.V., Kazennova E.V., Kim K.V., Ozhmegova E.N., Tumanov A.S., Munchak Ya.M., Orlova-Morozova E.A., Pronin A.Yu., Prilipov A.G., Kuznetsova A.I. Variability of VPU protein in HIV-1 sub-subtype A6 in patients with different stages of HIV infection. HIV Infection and Immunosuppressive Disorders, 2024, Vol. 16, No. 2, рр. 40–50 (In Russ.). doi: http://dx.doi.org/10.22328/2077-9828-2024-16-2-40-50.Клинические рекомендации. ВИЧ-инфекция у взрослых. Год утверждения: 2024. https://base.garant.ru/409466667/?ysclid=mfz5agxqno56003697 (доступ от 25.09.2025)Clinical guidelines. HIV infection in adults. Approved in 2024. https://base.garant.ru/409466667/?ysclid=mfz5agxqno56003697 (accessed September 25, 2025) (In Russ.).Gondim M.V., da Silva J.X., Prosdocimi F., Leonardecz-Neto E., Franco O.L., Argañaraz E.R. Evidences for viral strain selection in late stages of HIV infection: an analysis of Vpu alleles // Protein J. 2012. Vol. 31, No. 2. Р. 184–193. doi: 10.1007/s10930-011-9389-y.Gondim M.V., da Silva J.X., Prosdocimi F., Leonardecz-Neto E., Franco O.L., Argañaraz E.R. Evidences for viral strain selection in late stages of HIV infection: an analysis of Vpu alleles // Protein J. 2012. Vol. 31, No. 2. Р. 184–193. doi: 10.1007/s10930-011-9389-y.Кузнецова А.И., Бобков В.Г., Лебедев А.В., Туманов А.С., Ким К.В. и др. RuSIDA: онлайн-ресурс для сбора, хранения и анализа эпидемиолого-демографических и клинико-лабораторных данных пациентов // ВИЧ-инфекция и иммуносупрессии. 2022. Т. 14, № 4. С. 49–58Kuznetsova A.I., Bobkov V.G., Lebedev A.V., Tumanov A.S., Kim K.V. et al. RuSIDA: the online resource for the collection, storage and analysis of epidemiologicel, demographic and clinical laboratory data of patients. HIV Infection and Immunosuppressive Disorders, 2022, Vol. 14, No. 4, рр. 49–58 (In Russ.). doi: http://dx.doi.org/10.22328/2077-9828-2022-14-4-49-58.Larsson A. AliView: a fast and lightweight alignment viewer and editor for large datasets // Bioinformatics. 2014. Vol. 30, No. 22. Р. 3276–3278. doi: 10.1093/bioinformatics/btu531.Larsson A. AliView: a fast and lightweight alignment viewer and editor for large datasets // Bioinformatics. 2014. Vol. 30, No. 22. Р. 3276–3278. doi: 10.1093/bioinformatics/btu531.Struck D., Lawyer G., Ternes A.M., Schmit J.C., Bercoff D.P. COMET: adaptive context-based modeling for ultrafast HIV-1 subtype identification // Nucleic acids research. 2014. Vol. 42. e144. doi: 10.1093/nar/gku739.Struck D., Lawyer G., Ternes A.M., Schmit J.C., Bercoff D.P. COMET: adaptive context-based modeling for ultrafast HIV-1 subtype identification // Nucleic acids research. 2014. Vol. 42. e144. doi: 10.1093/nar/gku739.Rhee S.Y., Kantor R., Katzenstein D.A., Camacho R., Morris L.,Sirivichayakul S., Jorgensen L., Brigido L.F., Schapiro J.M., Shafer R.W for the international Non Subtype B HIV-1 Working Group (2006). HIV-1 pol mutation frequency by subtype and treatment experience: extension of the HIVseq program to seven non-B subtypes // AIDS. 2006. Vol. 20, No. 5. Р. 643–651.Rhee S.Y., Kantor R., Katzenstein D.A., Camacho R., Morris L.,Sirivichayakul S., Jorgensen L., Brigido L.F., Schapiro J.M., Shafer R.W for the international Non Subtype B HIV-1 Working Group (2006). HIV-1 pol mutation frequency by subtype and treatment experience: extension of the HIVseq program to seven non-B subtypes // AIDS. 2006. Vol. 20, No. 5. Р. 643–651.Антонова А.А., Лебедев А.В., Ожмегова Е.Н., Шлыкова А.В., Лаповок И.А., Кузнецова А.И. Вариабельность неструктурных белков у вариантов ВИЧ-1 суб-субтипа А6 (Retroviridae: Orthoretrovirinae: Lentivirus: Human immunodeficiency virus-1, sub-subtype A6), циркулирующих в разных регионах Российской Федерации // Вопросы вирусологии. 2024. Т. 69, № 5. С. 470–480.Antonova A.A., Lebedev A.V., Ozhmegova E.N., Shlykova A.V., Lapavok I.A., Kuznetsova A.I. Variability of non-structural proteins in HIV-1 sub-subtype A6 (Retroviridae: Orthoretrovirinae: Lentivirus: Human immunodeficiency virus-1, sub-subtype A6) variants circulating in different regions of the Russian Federation. Problems of Virology, 2024, Vol. 69, No. 5, рр. 470–480 (In Russ.). doi: https://doi.org/10.36233/0507-4088-262; EDN: https://elibrary.ru/wbbkuq.Железникова Г.Ф. Инфекция и иммунитет: стратегии обеих сторон // Медицинская иммунология. 2006. № 5–6. https://cyberleninka.ru/article/n/infektsiya-i-immunitet-strategii-obeih-storon (дата обращения: 07.10.2025)Zheleznikova G.F. Infection and immunity: strategies of both sides. Medical Immunology, 2006, No. 5–6. URL: https://cyberleninka.ru/article/n/infektsiya-i-immunitet-strategii- obeih-storon (date of access: 07.10.2025) (In Russ.).Wood N., Bhattacharya T., Keele B.F., Giorgi E., Liu M., Gaschen B., Daniels M., Ferrari G., Haynes B.F., McMichael A., Shaw G.M., Hahn B.H., Korber B., Seoighe C. HIV evolution in early infection: selection pressures, patterns of insertion and deletion, and the impact of APOBEC // PLoS Pathog. 2009. Vol. 5, No. 5. e1000414. doi: 10.1371/journal.ppat.1000414.Wood N., Bhattacharya T., Keele B.F., Giorgi E., Liu M., Gaschen B., Daniels M., Ferrari G., Haynes B.F., McMichael A., Shaw G.M., Hahn B.H., Korber B., Seoighe C. HIV evolution in early infection: selection pressures, patterns of insertion and deletion, and the impact of APOBEC // PLoS Pathog. 2009. Vol. 5, No. 5. e1000414. doi: 10.1371/journal.ppat.1000414.Huang G., Takeuchi Y., Korobeinikov A. HIV evolution and progression of the infection to AIDS // J. Theor. Biol. 2012. Vol. 307. Р. 149–159. doi: 10.1016/j.jtbi.2012.05.013.Huang G., Takeuchi Y., Korobeinikov A. HIV evolution and progression of the infection to AIDS // J. Theor. Biol. 2012. Vol. 307. Р. 149–159. doi: 10.1016/j.jtbi.2012.05.013.Nardacci R., Perfettini J.L., Grieco L. et al. Syncytial apoptosis signaling network induced by the HIV-1 envelope glycoprotein complex: an overview // Cell Death. Dis. 2015. Vol. 6. e1846. https://doi.org/10.1038/cddis.2015.204.Nardacci R., Perfettini J.L., Grieco L. et al. Syncytial apoptosis signaling network induced by the HIV-1 envelope glycoprotein complex: an overview // Cell Death. Dis. 2015. Vol. 6. e1846. https://doi.org/10.1038/cddis.2015.204.Кузнецова А.И., Громов К.Б., Киреев Д.Е., Шлыкова А.В., Лопатухин А.Э., Казеннова Е.В., Лебедев А.В., Туманов А.С., Ким К.В., Бобкова М.Р. Анализ особенностей белка Tat вируса иммунодефицита человека 1 типа суб-субтипа А6 (Retroviridae: Orthoretrovirinae: Lentivirus: Human immunodeficiency virus-1) // Вопросы вирусологии. 2021. Т. 66, № 6. С. 452–463.Kuznetsova A.I., Gromov K.B., Kireev D.E., Shlykova A.V., Lopatukhin A.E., Kazennova E.V., Lebedev A.V., Tumanov A.S., Kim K.V., Bobkova M.R. Analysis of Tat protein characteristics in human immunodeficiency virus type 1 sub-subtype A6 (Retroviridae: Orthoretrovirinae: Lentivirus: Human immunodeficiency virus-1). Problems of Virology, 2021, Vol. 66, No. 6, рр. 452–463 (In Russ.). doi: https://doi.org/10.36233/05074088-83.Vercruysse T., Boons E., Venken T., Vanstreels E., Voet A. et al. Mapping the Binding Interface between an HIV-1 Inhibiting Intrabody and the Viral Protein Rev // PLoS ONE. 2013. Vol. 8, No. 4. e60259. doi: 10.1371/journal.pone.0060259.Vercruysse T., Boons E., Venken T., Vanstreels E., Voet A. et al. Mapping the Binding Interface between an HIV-1 Inhibiting Intrabody and the Viral Protein Rev // PLoS ONE. 2013. Vol. 8, No. 4. e60259. doi: 10.1371/journal.pone.0060259.Lebedev A., Kim K., Ozhmegova E., Antonova A., Kazennova E., Tumanov A., Kuznetsova A. Rev Protein Diversity in HIV-1 Group M Clades // Viruses. 2024. Vol. 16. Р. 759. https://doi.org/10.3390/v16050759.Lebedev A., Kim K., Ozhmegova E., Antonova A., Kazennova E., Tumanov A., Kuznetsova A. Rev Protein Diversity in HIV-1 Group M Clades // Viruses. 2024. Vol. 16. Р. 759. https://doi.org/10.3390/v16050759.Ramirez P.W., Sharma S., Singh R., Stoneham C.A., Vollbrecht T., Guatelli J. Plasma Membrane-Associated Restriction Factors and Their Counteraction by HIV-1 Accessory Proteins // Cells. 2019. Vol. 8, No. 9. Р. 1020. doi: 10.3390/cells8091020.Ramirez P.W., Sharma S., Singh R., Stoneham C.A., Vollbrecht T., Guatelli J. Plasma Membrane-Associated Restriction Factors and Their Counteraction by HIV-1 Accessory Proteins // Cells. 2019. Vol. 8, No. 9. Р. 1020. doi: 10.3390/cells8091020.González M.E. Vpu Protein: The Viroporin Encoded by HIV-1 // Viruses. 2015. Vol. 7, No. 8. Р. 4352–4368. doi: 10.3390/v7082824.González M.E. Vpu Protein: The Viroporin Encoded by HIV-1 // Viruses. 2015. Vol. 7, No. 8. Р. 4352–4368. doi: 10.3390/v7082824.Robinson C.A., Lyddon T.D., Gil H.M., Evans D.T., Kuzmichev Y.V. et al. Novel Compound Inhibitors of HIV-1NL4-3 Vpu // Viruses. 2022. Vol. 14, No. 4. Р. 817. doi: 10.3390/v14040817.Robinson C.A., Lyddon T.D., Gil H.M., Evans D.T., Kuzmichev Y.V. et al. Novel Compound Inhibitors of HIV-1NL4-3 Vpu // Viruses. 2022. Vol. 14, No. 4. Р. 817. doi: 10.3390/v14040817.

The authors declare that there are no conflicts of interest present.