<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>
<!DOCTYPE article PUBLIC "-//NLM//DTD JATS (Z39.96) Journal Publishing DTD v1.3 20210610//EN" "JATS-journalpublishing1-3.dtd">
<article article-type="research-article" dtd-version="1.3" xmlns:mml="http://www.w3.org/1998/Math/MathML" xmlns:xlink="http://www.w3.org/1999/xlink" xmlns:xsi="http://www.w3.org/2001/XMLSchema-instance" xml:lang="ru"><front><journal-meta><journal-id journal-id-type="publisher-id">aids</journal-id><journal-title-group><journal-title xml:lang="ru">ВИЧ-инфекция и иммуносупрессии</journal-title><trans-title-group xml:lang="en"><trans-title>HIV Infection and Immunosuppressive Disorders</trans-title></trans-title-group></journal-title-group><issn pub-type="ppub">2077-9828</issn><publisher><publisher-name>Baltic Medical Education Center</publisher-name></publisher></journal-meta><article-meta><article-id pub-id-type="doi">10.22328/2077-9828-2016-8-1-42-52</article-id><article-id custom-type="elpub" pub-id-type="custom">aids-137</article-id><article-categories><subj-group subj-group-type="heading"><subject>Research Article</subject></subj-group><subj-group subj-group-type="section-heading" xml:lang="ru"><subject>ОРИГИНАЛЬНЫЕ ИССЛЕДОВАНИЯ</subject></subj-group><subj-group subj-group-type="section-heading" xml:lang="en"><subject>ORIGINAL STUDIES</subject></subj-group></article-categories><title-group><article-title>ЦИРКУЛИРУЮЩАЯ РЕКОМБИНАНТНАЯ ФОРМА ВИРУСА ГЕПАТИТА С RF2k/1b: ПРОБЛЕМЫ ДИАГНОСТИКИ И ТЕРАПИИ</article-title><trans-title-group xml:lang="en"><trans-title>THE CIRCULATING RECOMBINANT FORM RF2k/1b OF HEPATITIS C VIRUS: PROBLEMS IN DIAGNOSTICS AND THERAPY</trans-title></trans-title-group></title-group><contrib-group><contrib contrib-type="author" corresp="yes"><name-alternatives><name name-style="eastern" xml:lang="ru"><surname>Дементьева</surname><given-names>Наталья Евгеньевна</given-names></name><name name-style="western" xml:lang="en"><surname>Dementyeva</surname><given-names>N. Ye.</given-names></name></name-alternatives><email xlink:type="simple">lab.dementeva@mail.ru</email><xref ref-type="aff" rid="aff-1"/></contrib><contrib contrib-type="author" corresp="yes"><name-alternatives><name name-style="eastern" xml:lang="ru"><surname>Калинина</surname><given-names>Ольга Викторовна</given-names></name><name name-style="western" xml:lang="en"><surname>Kalinina</surname><given-names>O. V.</given-names></name></name-alternatives><email xlink:type="simple">olgakalinina@mail.ru</email><xref ref-type="aff" rid="aff-2"/></contrib><contrib contrib-type="author" corresp="yes"><name-alternatives><name name-style="eastern" xml:lang="ru"><surname>Знойко</surname><given-names>Ольга Олеговна</given-names></name><name name-style="western" xml:lang="en"><surname>Znoyko</surname><given-names>O. O.</given-names></name></name-alternatives><email xlink:type="simple">olgaznoyko@yandex.ru</email><xref ref-type="aff" rid="aff-3"/></contrib><contrib contrib-type="author" corresp="yes"><name-alternatives><name name-style="eastern" xml:lang="ru"><surname>Беляков</surname><given-names>Николай Алексеевич</given-names></name><name name-style="western" xml:lang="en"><surname>Belyakov</surname><given-names>N. A.</given-names></name></name-alternatives><email xlink:type="simple">noemail@neicon.ru</email><xref ref-type="aff" rid="aff-4"/></contrib><contrib contrib-type="author" corresp="yes"><name-alternatives><name name-style="eastern" xml:lang="ru"><surname>Жебрун</surname><given-names>Анатолий Борисович</given-names></name><name name-style="western" xml:lang="en"><surname>Zhebrun</surname><given-names>A. B.</given-names></name></name-alternatives><email xlink:type="simple">noemail@neicon.ru</email><xref ref-type="aff" rid="aff-2"/></contrib></contrib-group><aff-alternatives id="aff-1"><aff xml:lang="ru"><institution>Санкт-Петербургский центр по профилактике и борьбе со СПИД и инфекционными заболеваниями; Институт экспериментальной медицины</institution><country>Россия</country></aff><aff xml:lang="en"><institution>Saint-Petersburg Center for Control of AIDS and Infectious Diseases; Institute of Experimental Medicine</institution><country>Russian Federation</country></aff></aff-alternatives><aff-alternatives id="aff-2"><aff xml:lang="ru"><institution>Санкт-Петербургский научно-исследовательский институт эпидемиологии и микробиологии имени Пастера</institution><country>Россия</country></aff><aff xml:lang="en"><institution>Pasteur Research Institute of Epidemiology, and Northwest Regional Center for Prevention and Control of AIDS and Infectious Diseases</institution><country>Russian Federation</country></aff></aff-alternatives><aff-alternatives id="aff-3"><aff xml:lang="ru"><institution>Московский государственный медико-стоматологический университет им. А.И.Евдокимова Минздрава России</institution><country>Россия</country></aff><aff xml:lang="en"><institution>AI.Yevdokimov Moscow State Medico-Stomatological University</institution><country>Russian Federation</country></aff></aff-alternatives><aff-alternatives id="aff-4"><aff xml:lang="ru"><institution>Первый Санкт-Петербургский государственный медицинский университет имени академика И.П.Павлова; Институт экспериментальной медицины; НИИ эпидемиологии и микробиологии имени Пастера Северо-Западный окружной центр по профилактике и борьбе со СПИД</institution><country>Россия</country></aff><aff xml:lang="en"><institution>First Pavlov State Medical University of Saint-Petersburg; Institute of Experimental Medicine; Pasteur Research Institute of Epidemiology, and Northwest Regional Center for Prevention and Control of AIDS and Infectious Diseases</institution><country>Russian Federation</country></aff></aff-alternatives><pub-date pub-type="collection"><year>2016</year></pub-date><pub-date pub-type="epub"><day>30</day><month>03</month><year>2016</year></pub-date><volume>8</volume><issue>1</issue><fpage>42</fpage><lpage>52</lpage><permissions><copyright-statement>Copyright &amp;#x00A9; Дементьева Н.Е., Калинина О.В., Знойко О.О., Беляков Н.А., Жебрун А.Б., 2016</copyright-statement><copyright-year>2016</copyright-year><copyright-holder xml:lang="ru">Дементьева Н.Е., Калинина О.В., Знойко О.О., Беляков Н.А., Жебрун А.Б.</copyright-holder><copyright-holder xml:lang="en">Dementyeva N.Y., Kalinina O.V., Znoyko O.O., Belyakov N.A., Zhebrun A.B.</copyright-holder><license xml:lang="ru" license-type="creative-commons-attribution" xlink:href="https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/" xlink:type="simple"><license-p>Данная работа распространяется под лицензией Creative Commons Attribution 4.0.</license-p></license><license xml:lang="en" license-type="creative-commons-attribution" xlink:href="https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/" xlink:type="simple"><license-p>This work is licensed under a Creative Commons Attribution 4.0 License.</license-p></license></permissions><self-uri xlink:href="https://hiv.bmoc-spb.ru/jour/article/view/137">https://hiv.bmoc-spb.ru/jour/article/view/137</self-uri><abstract><p>Цель исследования: установить причину «нестандартных» результатов при генотипировании вируса гепатита С (ВГС) с применением тест-системы «Abbott RealTime HCV Genotype II». Материалы и методы исследования: 19 образцов плазмы крови коинфицированных ВГС/ВИЧ пациентов с «нестандартными» результатами генотипирования ВГС были исследованы путем секвенирования областей генома ВГС NS5B и 5’UTR/core, а также с применением генотипирующих наборов производства «Вектор-Бест» и «Интерлабсервис». Результаты: установлено, что обследованные пациенты инфицированы RF2k/1b ВГС. Среди коинфицированных ВИЧ/ВГС доля инфицированных RF2k/1b составляет 6%. Заключение: широко применяемые в рутинной практике тест-системы, мишенью которых является только один фрагмент генома вируса 5’UTR/core, ошибочно идентифицируют рекомбинант ВГС RF2k/1b как генотип 2. Данные о результатах противовирусной терапии у пациентов, инфицированных RF2k/1b, говорят о недостаточной эффективности схем, рекомендованных для лечения вируса генотипа 2.</p></abstract><trans-abstract xml:lang="en"><p>Study objective: To find out the causes of nonstandard results of hepatitis C virus genotyping using the test system Abbott RealTime HCV Genotype II. Materials and methods: 19 plasma samples from HCV/HIV patients showing nonstandard genotyping results were studied by sequencing the NS5B and 5’UTR/core regions of viral genomes. Genotyping kits manufactured by Vector-Best and Interlabservice were additionally used. Results: Patients were found to be infected with RF2k/1b HCV. RF2k/1b HCV was found in 6% of the co-infected HCV/HIV patients. Conclusion: The routinely used test systems targeted to only one fragment of HCV genome, i.e. to 5’UTR/core, erroneously identify the RF2k/1b recombinant as genotype 2. Data on antiviral therapy for RF2k/1b HCV suggest that therapeutic regimens recommended for genotype 2 HCV are inadequate for RF2k/1b cases.</p></trans-abstract><kwd-group xml:lang="ru"><kwd>вирус гепатита С</kwd><kwd>рекомбинантная форма</kwd><kwd>RF2k/1b</kwd><kwd>генотипирование</kwd><kwd>эффективность противовирусной терапии</kwd><kwd>hepatitis C virus</kwd><kwd>recombinant form RF2k/b</kwd><kwd>genotyping</kwd><kwd>antiviral therapy</kwd></kwd-group></article-meta></front><back><ref-list><title>References</title><ref id="cit1"><label>1</label><citation-alternatives><mixed-citation xml:lang="ru">Моисеев С.В. Лечение хронического гепатита С: результаты рандомизированных контролируемых исследований // ВИЧ-инфекция и иммуносупрессии.- 2010.- Т. 2, № 4.- С. 91-97.</mixed-citation><mixed-citation xml:lang="en">Моисеев С.В. Лечение хронического гепатита С: результаты рандомизированных контролируемых исследований // ВИЧ-инфекция и иммуносупрессии.- 2010.- Т. 2, № 4.- С. 91-97.</mixed-citation></citation-alternatives></ref><ref id="cit2"><label>2</label><citation-alternatives><mixed-citation xml:lang="ru">Кижло С.Н., Романова С.Ю. Сочетание противовирусной терапии хронического вирусного гепатита и ВИЧ-инфекции // ВИЧ-инфекция и иммуносупрессии.- 2011.- Т. 3, № 3.- С. 88-93.</mixed-citation><mixed-citation xml:lang="en">Кижло С.Н., Романова С.Ю. Сочетание противовирусной терапии хронического вирусного гепатита и ВИЧ-инфекции // ВИЧ-инфекция и иммуносупрессии.- 2011.- Т. 3, № 3.- С. 88-93.</mixed-citation></citation-alternatives></ref><ref id="cit3"><label>3</label><citation-alternatives><mixed-citation xml:lang="ru">Гущин А.Е., Носкова О.М., Шипулин Г.А. Разработка набора реагентов «Амплисенс HCV-генотип» для определения субтипов 1а, 1b, 2а, 3а вируса гепатита С // Вопросы вирусологии.- 2003.- Т. 48, № 3.- С. 45-48.</mixed-citation><mixed-citation xml:lang="en">Гущин А.Е., Носкова О.М., Шипулин Г.А. Разработка набора реагентов «Амплисенс HCV-генотип» для определения субтипов 1а, 1b, 2а, 3а вируса гепатита С // Вопросы вирусологии.- 2003.- Т. 48, № 3.- С. 45-48.</mixed-citation></citation-alternatives></ref><ref id="cit4"><label>4</label><citation-alternatives><mixed-citation xml:lang="ru">Миронов К.О., Гущин А.Е., Шипулина О.Ю., Шипулин Г.А. Разработка и клиническая апробация тест-системы «Амплисенс HCV-1/2/3» // Сборник трудов 6-й Всероссийской науч.-практ. конф. «Молекулярная диагностика-2007».- М., 2007.- Т. 1.- С. 260-265.</mixed-citation><mixed-citation xml:lang="en">Миронов К.О., Гущин А.Е., Шипулина О.Ю., Шипулин Г.А. Разработка и клиническая апробация тест-системы «Амплисенс HCV-1/2/3» // Сборник трудов 6-й Всероссийской науч.-практ. конф. «Молекулярная диагностика-2007».- М., 2007.- Т. 1.- С. 260-265.</mixed-citation></citation-alternatives></ref><ref id="cit5"><label>5</label><citation-alternatives><mixed-citation xml:lang="ru">Ведерников В.Е., Иванов М.К., Трухина А.В., Кандрушин Е.В. Два новых диагностических набора: «РеалБест РНК ВГС» и «РеалБест РНК ВГС-генотип» // Информационный бюллетень «Новости «Вектор-Бест».- 2009.- Т. 52, № 2.- С. 2-8.</mixed-citation><mixed-citation xml:lang="en">Ведерников В.Е., Иванов М.К., Трухина А.В., Кандрушин Е.В. Два новых диагностических набора: «РеалБест РНК ВГС» и «РеалБест РНК ВГС-генотип» // Информационный бюллетень «Новости «Вектор-Бест».- 2009.- Т. 52, № 2.- С. 2-8.</mixed-citation></citation-alternatives></ref><ref id="cit6"><label>6</label><citation-alternatives><mixed-citation xml:lang="ru">Martell M., Esteban J.I., Quer J., Genesca J., Weiner A., Esteban R., Guardia J., Gomez J. Hepatitis C virus (HCV) circulates as a population of different but closely related genomes: quasispecies nature of HCV genome distribution // J. Virol.- 1992.- Vol. 66, № 5.- P 3225-3229.</mixed-citation><mixed-citation xml:lang="en">Martell M., Esteban J.I., Quer J., Genesca J., Weiner A., Esteban R., Guardia J., Gomez J. Hepatitis C virus (HCV) circulates as a population of different but closely related genomes: quasispecies nature of HCV genome distribution // J. Virol.- 1992.- Vol. 66, № 5.- P 3225-3229.</mixed-citation></citation-alternatives></ref><ref id="cit7"><label>7</label><citation-alternatives><mixed-citation xml:lang="ru">Smith D.B., Bukh J., Kuiken C., Muerhoff A.S., Rice C.M., Stapleton J.T., Simmonds P. Expanded classification of hepatitis C virus into 7 genotypes and 67 subtypes: updated criteria and genotype assignment web resource // Hepatology.- 2014.- Vol. 59, № 1.- P 318-327.</mixed-citation><mixed-citation xml:lang="en">Smith D.B., Bukh J., Kuiken C., Muerhoff A.S., Rice C.M., Stapleton J.T., Simmonds P. Expanded classification of hepatitis C virus into 7 genotypes and 67 subtypes: updated criteria and genotype assignment web resource // Hepatology.- 2014.- Vol. 59, № 1.- P 318-327.</mixed-citation></citation-alternatives></ref><ref id="cit8"><label>8</label><citation-alternatives><mixed-citation xml:lang="ru">Kalinina O., Norder H., Mukomolov S., Magnius L.O. A natural intergenotypic recombinant of hepatitis C virus identified in St. Petersburg // J. Virol.- 2002.- Vol. 76, № 8.- P 4034-4043.</mixed-citation><mixed-citation xml:lang="en">Kalinina O., Norder H., Mukomolov S., Magnius L.O. A natural intergenotypic recombinant of hepatitis C virus identified in St. Petersburg // J. Virol.- 2002.- Vol. 76, № 8.- P 4034-4043.</mixed-citation></citation-alternatives></ref><ref id="cit9"><label>9</label><citation-alternatives><mixed-citation xml:lang="ru">Simmonds P., Bukh J., Combet C., Deleage G., Enomoto N., Feinstone S., Halfon P., Inchauspe G., Kuiken C., Maertens G., Mizokami M., Murphy D.G., Okamoto H., Pawlotsky J.M., Penin F., Sablon E., Shin-IT., Stuyver L.J., Thiel H.J., Viazov S., Weiner A.J., Widell A. Consensus proposals for a unified system of nomenclature of hepatitis C virus genotypes // Hepatology.- 2005.- Vol. 42, № 4.- P 962-973.</mixed-citation><mixed-citation xml:lang="en">Simmonds P., Bukh J., Combet C., Deleage G., Enomoto N., Feinstone S., Halfon P., Inchauspe G., Kuiken C., Maertens G., Mizokami M., Murphy D.G., Okamoto H., Pawlotsky J.M., Penin F., Sablon E., Shin-IT., Stuyver L.J., Thiel H.J., Viazov S., Weiner A.J., Widell A. Consensus proposals for a unified system of nomenclature of hepatitis C virus genotypes // Hepatology.- 2005.- Vol. 42, № 4.- P 962-973.</mixed-citation></citation-alternatives></ref><ref id="cit10"><label>10</label><citation-alternatives><mixed-citation xml:lang="ru">Lee Y.M., Lin H.J., Chen Y.J., Lee C.M., Wang S.F., Chang K.Y., Chen T.L., Liu H.F., Chen Y.M. Molecular epidemiology of HCV genotypes among injection drug users in Taiwan: Full-length sequences of two new subtype 6w strains and a recombinant form_2b6w // J. Med. Virol.- 2010.- Vol. 82, № 1.- P 57-68.</mixed-citation><mixed-citation xml:lang="en">Lee Y.M., Lin H.J., Chen Y.J., Lee C.M., Wang S.F., Chang K.Y., Chen T.L., Liu H.F., Chen Y.M. Molecular epidemiology of HCV genotypes among injection drug users in Taiwan: Full-length sequences of two new subtype 6w strains and a recombinant form_2b6w // J. Med. Virol.- 2010.- Vol. 82, № 1.- P 57-68.</mixed-citation></citation-alternatives></ref><ref id="cit11"><label>11</label><citation-alternatives><mixed-citation xml:lang="ru">Legrand-Abravanel F., Claudinon J., Nicot F., Dubois M., Chapuy-Regaud S., Sandres-Saune K., Pasquier C., Izopet J. New natural intergenotypic (2/5) recombinant of hepatitis C virus // J. Virol.- 2007.- Vol. 81, № 8.- P 4357-4362.</mixed-citation><mixed-citation xml:lang="en">Legrand-Abravanel F., Claudinon J., Nicot F., Dubois M., Chapuy-Regaud S., Sandres-Saune K., Pasquier C., Izopet J. New natural intergenotypic (2/5) recombinant of hepatitis C virus // J. Virol.- 2007.- Vol. 81, № 8.- P 4357-4362.</mixed-citation></citation-alternatives></ref><ref id="cit12"><label>12</label><citation-alternatives><mixed-citation xml:lang="ru">Noppornpanth S., Lien T.X., Poovorawan Y., Smits S.L., Osterhaus A.D., Haagmans B.L. Identification of a naturally occurring recombinant genotype 2/6 hepatitis C virus // J. Virol.- 2006.- Vol. 80, № 15.- P 7569-7577.</mixed-citation><mixed-citation xml:lang="en">Noppornpanth S., Lien T.X., Poovorawan Y., Smits S.L., Osterhaus A.D., Haagmans B.L. Identification of a naturally occurring recombinant genotype 2/6 hepatitis C virus // J. Virol.- 2006.- Vol. 80, № 15.- P 7569-7577.</mixed-citation></citation-alternatives></ref><ref id="cit13"><label>13</label><citation-alternatives><mixed-citation xml:lang="ru">Bhattacharya D., Accola M.A., Ansari I.H., Striker R., Rehrauer W.M. Naturally occurring genotype 2b/1a hepatitis C virus in the United States // J. Virol.- 2011.- Vol. 8.- P 458.</mixed-citation><mixed-citation xml:lang="en">Bhattacharya D., Accola M.A., Ansari I.H., Striker R., Rehrauer W.M. Naturally occurring genotype 2b/1a hepatitis C virus in the United States // J. Virol.- 2011.- Vol. 8.- P 458.</mixed-citation></citation-alternatives></ref><ref id="cit14"><label>14</label><citation-alternatives><mixed-citation xml:lang="ru">Yokoyama K., Takahashi M., Nishizawa T., Nagashima S., Jirintai S., Yotsumoto S., Okamoto H., Momoi M.Y. Identification and characterization of a natural inter-genotypic (2b/1b) recombinant hepatitis C virus in Japan // Arch. Virol.- 2011.- Vol. 156, № 9.- P 1591-1601.</mixed-citation><mixed-citation xml:lang="en">Yokoyama K., Takahashi M., Nishizawa T., Nagashima S., Jirintai S., Yotsumoto S., Okamoto H., Momoi M.Y. Identification and characterization of a natural inter-genotypic (2b/1b) recombinant hepatitis C virus in Japan // Arch. Virol.- 2011.- Vol. 156, № 9.- P 1591-1601.</mixed-citation></citation-alternatives></ref><ref id="cit15"><label>15</label><citation-alternatives><mixed-citation xml:lang="ru">Kageyama S., Agdamag D.M., Alesna E.T., Leano P.S., Heredia A.M., Abellanosa-Tac-An I.P., Jereza L.D., Tanimoto T., Yamamura J., Ichimura H. A natural inter-genotypic (2b/1b) recombinant of hepatitis C virus in the Philippines // J. Med. Virol.- 2006.- Vol. 78, № 11.- P. 1423-1428.</mixed-citation><mixed-citation xml:lang="en">Kageyama S., Agdamag D.M., Alesna E.T., Leano P.S., Heredia A.M., Abellanosa-Tac-An I.P., Jereza L.D., Tanimoto T., Yamamura J., Ichimura H. A natural inter-genotypic (2b/1b) recombinant of hepatitis C virus in the Philippines // J. Med. Virol.- 2006.- Vol. 78, № 11.- P. 1423-1428.</mixed-citation></citation-alternatives></ref><ref id="cit16"><label>16</label><citation-alternatives><mixed-citation xml:lang="ru">Kalinina O., Jern C., Tallo T., Thcakharian V., Gusev D., Znoiko O., Isaguliants M., Mukomolov S., Norder H., Magnius L. Spread of the natural hepatitis C virus recombinant outside Russia // 12th International symposium on viral hepatitis and liver disease.- Paris, 2006.- P 189.</mixed-citation><mixed-citation xml:lang="en">Kalinina O., Jern C., Tallo T., Thcakharian V., Gusev D., Znoiko O., Isaguliants M., Mukomolov S., Norder H., Magnius L. Spread of the natural hepatitis C virus recombinant outside Russia // 12th International symposium on viral hepatitis and liver disease.- Paris, 2006.- P 189.</mixed-citation></citation-alternatives></ref><ref id="cit17"><label>17</label><citation-alternatives><mixed-citation xml:lang="ru">Kurbanov F., Tanaka Y., Avazova D., Khan A., Sugauchi F., Kan N., Kurbanova-Khudayberganova D., Khikmatullaeva A., Musabaev E., Mizokami M. Detection of hepatitis C virus natural recombinant RF1_2k/1b strain among intravenous drug users in Uzbekistan // Hepatol. Res. - 2008.- Vol. 38, № 5.- P. 457-464.</mixed-citation><mixed-citation xml:lang="en">Kurbanov F., Tanaka Y., Avazova D., Khan A., Sugauchi F., Kan N., Kurbanova-Khudayberganova D., Khikmatullaeva A., Musabaev E., Mizokami M. Detection of hepatitis C virus natural recombinant RF1_2k/1b strain among intravenous drug users in Uzbekistan // Hepatol. Res. - 2008.- Vol. 38, № 5.- P. 457-464.</mixed-citation></citation-alternatives></ref><ref id="cit18"><label>18</label><citation-alternatives><mixed-citation xml:lang="ru">Moreau I., Hegarty S., Levis J., Sheehy P., Crosbie O., Kenny-Walsh E., Fanning L.J. Serendipitous identification of natural intergenotypic recombinants of hepatitis C in Ireland // J. Virol.- 2006.- Vol. 3.- P. 95.</mixed-citation><mixed-citation xml:lang="en">Moreau I., Hegarty S., Levis J., Sheehy P., Crosbie O., Kenny-Walsh E., Fanning L.J. Serendipitous identification of natural intergenotypic recombinants of hepatitis C in Ireland // J. Virol.- 2006.- Vol. 3.- P. 95.</mixed-citation></citation-alternatives></ref><ref id="cit19"><label>19</label><citation-alternatives><mixed-citation xml:lang="ru">Tallo T., Norder H., Tefanova V., Krispin T., Schmidt J., Ilmoja M., Orgulas K., Pruunsild K., Priimagi L., Magnius L.O. Genetic characterization of hepatitis C virus strains in Estonia: fluctuations in the predominating subtype with time // J. Med. Virol.- 2007.- Vol. 79, № 4.- P 374-382.</mixed-citation><mixed-citation xml:lang="en">Tallo T., Norder H., Tefanova V., Krispin T., Schmidt J., Ilmoja M., Orgulas K., Pruunsild K., Priimagi L., Magnius L.O. Genetic characterization of hepatitis C virus strains in Estonia: fluctuations in the predominating subtype with time // J. Med. Virol.- 2007.- Vol. 79, № 4.- P 374-382.</mixed-citation></citation-alternatives></ref><ref id="cit20"><label>20</label><citation-alternatives><mixed-citation xml:lang="ru">Demetriou V.L., Kyriakou E., Kostrikis L.G. Near-full genome characterisation of two natural intergenotypic 2k/1b recombinant hepatitis C virus isolates // Adv Virol. - 2011.- Vol. 2011.- P. 710438.</mixed-citation><mixed-citation xml:lang="en">Demetriou V.L., Kyriakou E., Kostrikis L.G. Near-full genome characterisation of two natural intergenotypic 2k/1b recombinant hepatitis C virus isolates // Adv Virol. - 2011.- Vol. 2011.- P. 710438.</mixed-citation></citation-alternatives></ref><ref id="cit21"><label>21</label><citation-alternatives><mixed-citation xml:lang="ru">Morel V., Descamps V., Francois C., Fournier C., Brochot E., Capron D., Duverlie G., Castelain S. Emergence of a genomic variant of the recombinant 2k/1b strain during a mixed Hepatitis C infection: a case report // J. Clin. Virol.- 2010.- Vol. 47, № 4.- P. 382-386.</mixed-citation><mixed-citation xml:lang="en">Morel V., Descamps V., Francois C., Fournier C., Brochot E., Capron D., Duverlie G., Castelain S. Emergence of a genomic variant of the recombinant 2k/1b strain during a mixed Hepatitis C infection: a case report // J. Clin. Virol.- 2010.- Vol. 47, № 4.- P. 382-386.</mixed-citation></citation-alternatives></ref><ref id="cit22"><label>22</label><citation-alternatives><mixed-citation xml:lang="ru">Karchava M., Waldenstrom J., Parker M., Hallack R., Sharvadze L., Gatserelia L., Chkhartishvili N., Dvali N., Dzigua L., Dolmazashvili E., Norder H., Tsertsvadze T. High incidence of the hepatitis C virus recombinant 2k/1b in Georgia: Recommendations for testing and treatment // Hepatol. Res.- 2015.</mixed-citation><mixed-citation xml:lang="en">Karchava M., Waldenstrom J., Parker M., Hallack R., Sharvadze L., Gatserelia L., Chkhartishvili N., Dvali N., Dzigua L., Dolmazashvili E., Norder H., Tsertsvadze T. High incidence of the hepatitis C virus recombinant 2k/1b in Georgia: Recommendations for testing and treatment // Hepatol. Res.- 2015.</mixed-citation></citation-alternatives></ref><ref id="cit23"><label>23</label><citation-alternatives><mixed-citation xml:lang="ru">Raghwani J., ThomasX.V., Koekkoek S.M., Schinkel J., Molenkamp R., van de Laar T.J., Takebe Y., Tanaka Y., Mizokami M., Rambaut A., Pybus O.G. Origin and evolution of the unique hepatitis C virus circulating recombinant form 2k/1b // J. Virol.- 2012.- Vol. 86, № 4.- P 2212-2220.</mixed-citation><mixed-citation xml:lang="en">Raghwani J., ThomasX.V., Koekkoek S.M., Schinkel J., Molenkamp R., van de Laar T.J., Takebe Y., Tanaka Y., Mizokami M., Rambaut A., Pybus O.G. Origin and evolution of the unique hepatitis C virus circulating recombinant form 2k/1b // J. Virol.- 2012.- Vol. 86, № 4.- P 2212-2220.</mixed-citation></citation-alternatives></ref><ref id="cit24"><label>24</label><citation-alternatives><mixed-citation xml:lang="ru">Nakatani S.M., Santos C.A., Riediger I.N., Krieger M.A., Duarte C.A., do Carmo Debur M., Carrilho FJ., Ono S.K. Comparative performance evaluation of hepatitis C virus genotyping based on the 5’ untranslated region versus partial sequencing of the NS5B region of brazilian patients with chronic hepatitis C // J. Virol.- 2011.- Vol. 8.- P. 459.</mixed-citation><mixed-citation xml:lang="en">Nakatani S.M., Santos C.A., Riediger I.N., Krieger M.A., Duarte C.A., do Carmo Debur M., Carrilho FJ., Ono S.K. Comparative performance evaluation of hepatitis C virus genotyping based on the 5’ untranslated region versus partial sequencing of the NS5B region of brazilian patients with chronic hepatitis C // J. Virol.- 2011.- Vol. 8.- P. 459.</mixed-citation></citation-alternatives></ref><ref id="cit25"><label>25</label><citation-alternatives><mixed-citation xml:lang="ru">Cai Q., Zhao Z., Liu Y., Shao X., Gao Z. Comparison of three different HCV genotyping methods: core, NS5B sequence analysis and line probe assay // Int. J. Mol. Med.- 2013.- Vol. 31, № 2.- P 347-352.</mixed-citation><mixed-citation xml:lang="en">Cai Q., Zhao Z., Liu Y., Shao X., Gao Z. Comparison of three different HCV genotyping methods: core, NS5B sequence analysis and line probe assay // Int. J. Mol. Med.- 2013.- Vol. 31, № 2.- P 347-352.</mixed-citation></citation-alternatives></ref><ref id="cit26"><label>26</label><citation-alternatives><mixed-citation xml:lang="ru">Larrat S., Poveda J.D., Coudret C., Fusillier K., Magnat N., Signori-Schmuck A., Thibault V., Morand P. Sequencing assays for failed genotyping with the versant hepatitis C virus genotype assay (LiPA), version 2.0 // J. Clin. Microbiol.- 2013.- Vol. 51, № 9.- P 2815-2821.</mixed-citation><mixed-citation xml:lang="en">Larrat S., Poveda J.D., Coudret C., Fusillier K., Magnat N., Signori-Schmuck A., Thibault V., Morand P. Sequencing assays for failed genotyping with the versant hepatitis C virus genotype assay (LiPA), version 2.0 // J. Clin. Microbiol.- 2013.- Vol. 51, № 9.- P 2815-2821.</mixed-citation></citation-alternatives></ref><ref id="cit27"><label>27</label><citation-alternatives><mixed-citation xml:lang="ru">Quer J., Gregori J., Rodriguez-Frias F., Viladomiu L., Salmeron J., Ruiz-Extremera A., Quiles-Perez R., Moreno-Otero R., Lopez-Rodriguez R., Allende H., Romero-Gomez M., Guardia J., Esteban R., Garcia-Samaniego J., Forns X., Esteban J.I. High-resolution hepatitis C virus subtyping using NS5B deep sequencing and phylogeny, an alternative to current methods // J. Clin. Microbiol.- 2015.- Vol. 53, № 1.- P 219-226.</mixed-citation><mixed-citation xml:lang="en">Quer J., Gregori J., Rodriguez-Frias F., Viladomiu L., Salmeron J., Ruiz-Extremera A., Quiles-Perez R., Moreno-Otero R., Lopez-Rodriguez R., Allende H., Romero-Gomez M., Guardia J., Esteban R., Garcia-Samaniego J., Forns X., Esteban J.I. High-resolution hepatitis C virus subtyping using NS5B deep sequencing and phylogeny, an alternative to current methods // J. Clin. Microbiol.- 2015.- Vol. 53, № 1.- P 219-226.</mixed-citation></citation-alternatives></ref><ref id="cit28"><label>28</label><citation-alternatives><mixed-citation xml:lang="ru">McCormick A.L., Macartney M.J., Abdi-Abshir I., Labbett W., Smith C., Irish D., Webster D.P., Haque T. Evaluation of sequencing of HCV core/E1, NS5A and NS5B as a genotype predictive tool in comparison with commercial assays targeting 5’UTR // J. Clin. Virol.- 2015.- Vol. 66.- P. 56-59.</mixed-citation><mixed-citation xml:lang="en">McCormick A.L., Macartney M.J., Abdi-Abshir I., Labbett W., Smith C., Irish D., Webster D.P., Haque T. Evaluation of sequencing of HCV core/E1, NS5A and NS5B as a genotype predictive tool in comparison with commercial assays targeting 5’UTR // J. Clin. Virol.- 2015.- Vol. 66.- P. 56-59.</mixed-citation></citation-alternatives></ref><ref id="cit29"><label>29</label><citation-alternatives><mixed-citation xml:lang="ru">Liu C.H., Liang C.C., Liu C.J., Lin C.L., Su T.H., Yang H.C., Chen P.J., Chen D.S., Kao J.H. Comparison of Abbott RealTime HCV Genotype II with Versant line probe assay 2.0 for hepatitis C virus genotyping // J. Clin. Microbiol.- 2015.- Vol. 53, № 5.- P. 1754-1757.</mixed-citation><mixed-citation xml:lang="en">Liu C.H., Liang C.C., Liu C.J., Lin C.L., Su T.H., Yang H.C., Chen P.J., Chen D.S., Kao J.H. Comparison of Abbott RealTime HCV Genotype II with Versant line probe assay 2.0 for hepatitis C virus genotyping // J. Clin. Microbiol.- 2015.- Vol. 53, № 5.- P. 1754-1757.</mixed-citation></citation-alternatives></ref><ref id="cit30"><label>30</label><citation-alternatives><mixed-citation xml:lang="ru">Vaghefi P., MarchadierE., Dussaix E., Roque-Afonso A.M. Hepatitis C virus genotyping: comparison of the Abbott RealTime HCV Genotype II assay and NS5B sequencing // Pathol. Biol.- 2010.- Vol. 58, № 2 - P. 175-178.</mixed-citation><mixed-citation xml:lang="en">Vaghefi P., MarchadierE., Dussaix E., Roque-Afonso A.M. Hepatitis C virus genotyping: comparison of the Abbott RealTime HCV Genotype II assay and NS5B sequencing // Pathol. Biol.- 2010.- Vol. 58, № 2 - P. 175-178.</mixed-citation></citation-alternatives></ref><ref id="cit31"><label>31</label><citation-alternatives><mixed-citation xml:lang="ru">Gonzalez V., Gomes-Fernandes M., Bascunana E., Casanovas S., Saludes V., Jordana-Lluch E., Matas L., Ausina V., Martro E. Accuracy of a commercially available assay for HCV genotyping and subtyping in the clinical practice // J. Clin. Virol.- 2013.- Sep.- Vol. 58, № 1.- P 249-253.</mixed-citation><mixed-citation xml:lang="en">Gonzalez V., Gomes-Fernandes M., Bascunana E., Casanovas S., Saludes V., Jordana-Lluch E., Matas L., Ausina V., Martro E. Accuracy of a commercially available assay for HCV genotyping and subtyping in the clinical practice // J. Clin. Virol.- 2013.- Sep.- Vol. 58, № 1.- P 249-253.</mixed-citation></citation-alternatives></ref><ref id="cit32"><label>32</label><citation-alternatives><mixed-citation xml:lang="ru">Калинина О.В. Организация генома и география природного межгенотипного рекомбинанта вируса гепатита С RF1_2k/1b // Инфекция и иммунитет.- 2012.- Т. 2, № 4.- С. 677-686.</mixed-citation><mixed-citation xml:lang="en">Калинина О.В. Организация генома и география природного межгенотипного рекомбинанта вируса гепатита С RF1_2k/1b // Инфекция и иммунитет.- 2012.- Т. 2, № 4.- С. 677-686.</mixed-citation></citation-alternatives></ref><ref id="cit33"><label>33</label><citation-alternatives><mixed-citation xml:lang="ru">Николаева Л.И., Сапронов Г.В., Колотвин А.В., Самохвалов Е.И., Лейбман Е.А., Самоходская Л.М. Гепатит С при инфицировании рекомбинантной формой вируса RF2k/1b: течение и терапия // Эпидемиология и инфекционные болезни. - 2014. - № 3. - С. 9-15.</mixed-citation><mixed-citation xml:lang="en">Николаева Л.И., Сапронов Г.В., Колотвин А.В., Самохвалов Е.И., Лейбман Е.А., Самоходская Л.М. Гепатит С при инфицировании рекомбинантной формой вируса RF2k/1b: течение и терапия // Эпидемиология и инфекционные болезни. - 2014. - № 3. - С. 9-15.</mixed-citation></citation-alternatives></ref><ref id="cit34"><label>34</label><citation-alternatives><mixed-citation xml:lang="ru">Калинина О.В., Дудина К.Р., Козина А.Н., Дмитриев А.В., Исагулянц М.Г., Знойко О.О. Межгенотипные рекомбинанты вируса гепатита С - природные модели для изучения молекулярно-генетических детерминант резистентности вируса к действию противовирусных препаратов // Трансляционная медицина.- 2014.- № 3.- С. 29-38.</mixed-citation><mixed-citation xml:lang="en">Калинина О.В., Дудина К.Р., Козина А.Н., Дмитриев А.В., Исагулянц М.Г., Знойко О.О. Межгенотипные рекомбинанты вируса гепатита С - природные модели для изучения молекулярно-генетических детерминант резистентности вируса к действию противовирусных препаратов // Трансляционная медицина.- 2014.- № 3.- С. 29-38.</mixed-citation></citation-alternatives></ref><ref id="cit35"><label>35</label><citation-alternatives><mixed-citation xml:lang="ru">European Association for the Study of the Liver. EASL recommendations on treatment of hepatitis C 2015 // Journal of Hepatology.- 2015.- Vol. 63.- P. 199-236.</mixed-citation><mixed-citation xml:lang="en">European Association for the Study of the Liver. EASL recommendations on treatment of hepatitis C 2015 // Journal of Hepatology.- 2015.- Vol. 63.- P. 199-236.</mixed-citation></citation-alternatives></ref><ref id="cit36"><label>36</label><citation-alternatives><mixed-citation xml:lang="ru">Кравченко А.В., Куимова У.А., Ганкина Н.Ю., Канестри В.Г., Чуланов В.П. Предикторы устойчивого вирусологического ответа при терапии хронического гепатита пегилированным интерфероном и рибавирином у больных ВИЧ-инфекцией // Инфекционные болезни.- 2014.- Т. 12, № 2.- С. 30-34.</mixed-citation><mixed-citation xml:lang="en">Кравченко А.В., Куимова У.А., Ганкина Н.Ю., Канестри В.Г., Чуланов В.П. Предикторы устойчивого вирусологического ответа при терапии хронического гепатита пегилированным интерфероном и рибавирином у больных ВИЧ-инфекцией // Инфекционные болезни.- 2014.- Т. 12, № 2.- С. 30-34.</mixed-citation></citation-alternatives></ref><ref id="cit37"><label>37</label><citation-alternatives><mixed-citation xml:lang="ru">Hedskog C., Doehle B., Chodavarapu K., Gontcharova V., Crespo Garcia J., De Knegt R., Drenth J.P., McHutchison J.G., Brainard D., Stamm L.M., Miller M.D., Svarovskaia E., Mo H. Characterization of hepatitis C virus intergenotypic recombinant strains and associated virological response to sofosbuvir/ribavirin // Hepatology.- 2015.- Vol. 61, № 2.- P 471-480.</mixed-citation><mixed-citation xml:lang="en">Hedskog C., Doehle B., Chodavarapu K., Gontcharova V., Crespo Garcia J., De Knegt R., Drenth J.P., McHutchison J.G., Brainard D., Stamm L.M., Miller M.D., Svarovskaia E., Mo H. Characterization of hepatitis C virus intergenotypic recombinant strains and associated virological response to sofosbuvir/ribavirin // Hepatology.- 2015.- Vol. 61, № 2.- P 471-480.</mixed-citation></citation-alternatives></ref></ref-list><fn-group><fn fn-type="conflict"><p>The authors declare that there are no conflicts of interest present.</p></fn></fn-group></back></article>
