Цель. Оценить суммарный вклад аллельных вариантов полиморфных локусов генома человека в формировании невосприимчивости к заражению ВИЧ неинфицированных партнеров из дискордантных пар методом подсчета общего генетического балла (ОГБ). Материалы и методы. Обследовано 34 ВИЧ-неинфицированных партнера из дискордантных пар, проживающих совместно пять и более лет, которые составили группу «Случай». Группа сравнения «Контроль» (n=34) представляла собой случайную выборку, сопоставимую по полу и возрасту, из пациентов Центра с установленным диагнозом «ВИЧ-инфекция», заразившихся половым путем. В образцах цельной крови выделяли геномную ДНК стандартными методами фенол-хлороформной экстракции или с использованием магнитных частиц. Полиморфные локусы анализировали методом ПЦР с последующей детекцией продуктов реакции в агарозных гелях. Для локусов CCR5-T303A и SDF-1 3'А был использован метод ПДРФ (полиморфизм длины рестриктазных фрагментов), для локуса CCR2-V64I - методы ПДРФ и аллель-специфичной ПЦР (Allele-specific PCR, AS-PCR). Каждому обследованному человеку присваивали индивидуальный балл «протективности к ВИЧ» по каждому из изучаемых локусов. Окончательно ОГБ для каждого обследованного лица вычисляли как сумму индивидуальных генетических баллов по всем локусам. Статистическую обработку данных проводили, используя программу R [R Development Core Team, R: A Language and Environment for Statistical Computing, R Foundation for Statistical Computing, Vienna, Austria, URL: http://www.R-project.org, 2006]. Результаты. Для локусов DC-SIGN-VNTR и CCR5-T303A в обеих группах были выявлены только «нормальные» гомозиготы с генотипами 7,7 и T,T соответственно, то есть эти маркеры оказались неполиморфными. Для «контрольного» маркера NOS3-VNTR в обеих группах было выявлено по одному гомозиготному носителю «мутантного» аллеля (генотип 4, 4), и по восемь человек оказались гетерозиготами (генотип 4, 5). Для локусов CCR5-A32 и CCR2-V64I гомозиготных носителей протективных аллелей ни в одной из групп выявлено не было. Для полиморфного маркера SDF-1 3'А в группе «Случай» наблюдалось увеличение числа носителей гетерозиготного генотипа A, G (14 человек против девяти в группе «Контроль»), что подтверждает выбранную нами модель «преимущества гетерозигот» при подсчете генетического балла по этому локусу. Значения ОГБ варьировали в диапазоне от 0 до 5 баллов для группы «Случай» и от 1 до 3 в группе «Контроль». В группе «Случай» 8 человек (23,5%) имели ОГБ≥4, тогда как в группе «Контроль» ОГБ≥4 не имел никто. Медианные значения ОГБ составили 3 балла для группы «Случай» и 2 - для группы «Контроль». Полученные результаты свидетельствуют о наличии различий между группой неинфицированных партнеров из дискордантных пар и группой ВИЧ-инфицированных, заразившихся половым путем. Заключение. С учетом полученных предварительных данных об эффективности метода ОГБ для исследований «случай-контроль» на изучаемых выборках целесообразно продолжение исследования, что в дальнейшем позволит сформировать комплекс рекомендаций для внедрения в клиническую практику.
Study objective: To estimate the total contribution of the allelic variants of polymorphic loci of human genome to the development of immunity to HIV in non-infected partners from HIV-discordant pairs by calculating the total genetic score (TGS). Materials and methods: In the case-control study, the case group comprised non-infected partners from 34 HIV-discordant pairs existing for not less than 5 years. The control age- and sex-matched group comprised 34 randomly selected confirmed sexually infected HIV patients. Whole blood samples were used to isolate genomic DNA by standard phenol-chloroform extraction using magnetic particles. Polymorphic loci were analyzed using PCR followed by PCR product detection in agarose gels. For CCR5-T303A and SDF-1 3'А loci, restriction-fragment size-polymorphisms were determined. For CCR2-V64I, allele-specific PCR approach was employed. Each subject was ascribed with individual scores of immunity to HIV according to the loci studies, and the total individual score was determined as the sum of all specific scores. The results were treated statistically using R programming tools. Results: The loci DC-SIGN-VNTR и CCR5-T303A in both groups were found to be comprised of only «normal» heterozygotes having genotypes 7,7 and T,T, respectively, that is, these two markers proved to be not polymorphic. In the case of the «control» marker NOS3-VNTR, each group was found to include a single homozygous bearer of a mutant allele (genotype 4, 4), and eight heterozygous bearers (genotype 4, 5). In the case of the polymorphic marker SDF-1 3'А, the case group had an increased number of heterozygotes (A, G), fourteen vs. nine in the control group, confirming our model of «heterozygote odds» for calculating the genetic score related to this locus: TGS values varied from 0 to 5 in case group and from 1 to three in the control group. In the case group, eight subjects (23,5%) had TGS≥4, whereas in the control group none had TGS≥4. The median TGS values were 3 in case group and 2 in the control group. The results suggest that the group of non-infected partners from HIV-discordant pairs differs from the group of sexually infected HIV patients. Conclusion: Our preliminary data confirm the adequacy of the TGS approach to case-control studies and the expedience of further studies, which will help to develop recommendation for clinics.
The authors declare that there are no conflicts of interest present.