aidsВИЧ-инфекция и иммуносупрессииHIV Infection and Immunosuppressive Disorders2077-9828Baltic Medical Education Center10.22328/2077-9828-2017-9-3-113-120aids-284Research ArticleКЛИНИЧЕСКАЯ ПРАКТИКА И ПРЕДЛОЖЕНИЯМОЛЕКУЛЯРНО-ЭПИДЕМИОЛОГИЧЕСКИЙ АНАЛИЗ ВИЧ-ИНФЕКЦИИ В САХАЛИНСКОЙ ОБЛАСТИTHE MOLECULAR EPIDEMIOLOGICAL ANALYSIS OF HIV INFECTION IN SAKHALIN REGION, RUSSIAТумановА. С.TumanovA. S.

н.с. лаборатории вирусов лейкозов Института вирусологии им. Д.И.Ивановского ФГБУ «ФНИЦЭМ им. Н.Ф.Гамалеи» МЗ РФ, 123098, Москва, ул. Гамалеи, 16, (499) 193-30-01

 

 

desep@mail.ruКазенноваЕ. В.KazennovaE. V.

д.б.н., в.н.с. лаборатории вирусов лейкозов Института вирусологии им. Д.И.Ивановского ФГБУ «ФНИЦЭМ им. Н.Ф.Гамалеи» МЗ РФ, 123098, Москва, ул. Гамалеи, 16, (499) 193-30-01

kazennova@rambler.ruГромовК. Б.GromovK. B.

м.н.с. лаборатории вирусов лейкозов Института вирусологии им. Д.И.Ивановского ФГБУ «ФНИЦЭМ им. Н.Ф.Гамалеи» МЗ РФ, 123098, Москва, ул. Гамалеи, 16, (499) 193-30-01

konstantinhiv@bk.ruЛомакинаЕ. А.LomakinaE. A.

главный врач ГБУЗ «Сахалинский областной центр по профилактике и борьбе со СПИДом», 693020, Южно-Сахалинск, ул. Амурская, 53-А, (4242) 72-62-36

LomakinaEA@rambler.ruЗозуляЕ. Ю.ZozylyaE. Yu.

врач-терапевт, зам. главного врача по лечебной работе ГБУЗ «Сахалинский областной центр по профилактике и борьбе со СПИДом», 693020, Южно-Сахалинск, ул. Амурская, 53-А, (4242) 72-62-36

elena_sakh2006@mail.ruБерсеневП. Г.BersenevP. G.

зав. отделением эпидемиологии и профилактики, врач-эпидемиолог ГБУЗ «Сахалинский областной центр по профи- лактике и борьбе со СПИДом», 693020, Южно-Сахалинск, ул. Амурская, 53-А, (4242) 72-62-36

 

center@HIV65.ruБобковаМ. Р.BobkovaM. R.

д.б.н., зав. лабораторией вирусов лейкозов Института вирусологии им. Д.И.Ивановского ФГБУ «ФНИЦЭМ им. Н.Ф.Гамалеи» МЗ РФ, 123098, Москва, ул. Гамалеи, 16, (499) 193-30-01

mrbobkova@mail.ruИнститут вирусологии им. Д.И.Ивановского ФГБУ «ФНИЦЭМ им. Н.Ф.Гамалеи» МЗ РФРоссияD.I.Ivanovsky Institute of Virology, Federal State Budgetary Institution «N.F.Gamaleya FRCEM» of the Ministry of Health of the Russian FederationRussian FederationSakhalin Regional AIDS CenterRussian FederationГБУЗ «Сахалинский областной центр по профилактике и борьбе со СПИДом»РоссияSakhalin Regional AIDS CenterRussian Federation20172410201793113120Copyright © Туманов А.С., Казеннова Е.В., Громов К.Б., Ломакина Е.А., Зозуля Е.Ю., Берсенев П.Г., Бобкова М.Р., 20172017Туманов А.С., Казеннова Е.В., Громов К.Б., Ломакина Е.А., Зозуля Е.Ю., Берсенев П.Г., Бобкова М.Р.Tumanov A.S., Kazennova E.V., Gromov K.B., Lomakina E.A., Zozylya E.Y., Bersenev P.G., Bobkova M.R.Данная работа распространяется под лицензией Creative Commons Attribution 4.0.This work is licensed under a Creative Commons Attribution 4.0 License.https://hiv.bmoc-spb.ru/jour/article/view/284

Представлены результаты молекулярно-эпидемиологического анализа вариантов ВИЧ-1, циркулирующих в Сахаинской области. Показано, что в регионе доминирует вариант А6 подтипа А ВИЧ-1 (81,14%), а также выявлены варианты вирусов других подтипов (B, G) и рекомбинантых форм (CRF63_02A1, URF02_AG, CRF11_cpx). По данным филогенетического анализа нуклеотидных последовательностей, все штаммы ВИЧ-1 подтипа А принадлежат варианту А6, доминирующему в России, а рекомбинант CRF63_02A1 аналогичен таковым, циркулирующим в Сибири и на Дальнем Востоке России. Дополнительный анализ с применением программы jpHMM позволил выявить две уникальные рекомбинантные формы (URF02_AG), образованные вирусами подтипов A и G. Среди вирусов подтипа B выявлен штамм BFSU, который в настоящее время широко распространен на Украине. Впервые в России на территории Сахалинской области был выявлен рекомбинант CRF11_cpx.

 

The results of the molecular epidemiological analysis of HIV-1 variants circulating in Sakhalin Oblast were presented. The HIV-1 viruses belonging to subtype A were dominated (81,14%). Besides these variants, viruses of another subtypes such as B, G and recombinant forms CRF63_02A1, URF02_AG, CRF11_cpx were identified. According to phylogenetic analysis, subtype A sequences formed the common branch with nucleotide sequences of A6 strains found in other regions of Russia. The recombinant strain CRF63_02A1 formed the common branch with HIV-1 sequences from Siberia and Russian Far East. Additional analysis using the jpHMM program revealed two unique recombinant forms (URF02_AG) formed by HIV-1 subtypes A and G. Among the viruses of subtype B, the BFSU strain, which is now widely distributed in Ukraine, has been identified. For the first time in Russia, the recombinant CRF11_cpx was detected on the Sakhalin region territory.

 

ВИЧ-1подтипыфилогенетический анализHIV-1subtypephylogenetic analysisReferencesПокровский В.В., Юрин О.Г., Кравченко А.В., Потекаев Н.С. Первый случай ВИЧ-инфекции у гражданина СССР // Журнал микробио- логии, эпидемиологии и иммунобиологии. 1992. № 11. С. 19–22. [Pokrovsky V.V., Yurin O.G., Kravchenko A.V., Potekaev N.S. The first case of HIV infection in a citizen of the USSR. J. of Microbiology, Epidemiology and Immunobiology, 1992, No. 11, pp. 19–22 (In Russ.)].Покровский В.В., Юрин О.Г., Кравченко А.В., Потекаев Н.С. Первый случай ВИЧ-инфекции у гражданина СССР // Журнал микробио- логии, эпидемиологии и иммунобиологии. 1992. № 11. С. 19–22. [Pokrovsky V.V., Yurin O.G., Kravchenko A.V., Potekaev N.S. The first case of HIV infection in a citizen of the USSR. J. of Microbiology, Epidemiology and Immunobiology, 1992, No. 11, pp. 19–22 (In Russ.)].Бобков А.Ф., Казеннова Е.В., Селимова Л.М., Ладная Н.Н., Бобкова М.Р., Кравченко А.В., Покровский В.В. Субтипы ВИЧ-1 в России в 1987–1998 гг. // Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии. 1999. № 1. С. 43–45. [Bobkov A.F., Kazennova E.V., Selimova L.M., Ladnaya N.N., Bobkova M.R., Kravchenko A.V., Pokrovsky V.V. Subtypes of HIV-1 in Russia 1987–1998. J. of Microbiology, Epidemiology and Immunobiology, 1999, No. 1, pp. 43–45 (In Russ.)].Бобков А.Ф., Казеннова Е.В., Селимова Л.М., Ладная Н.Н., Бобкова М.Р., Кравченко А.В., Покровский В.В. Субтипы ВИЧ-1 в России в 1987–1998 гг. // Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии. 1999. № 1. С. 43–45. [Bobkov A.F., Kazennova E.V., Selimova L.M., Ladnaya N.N., Bobkova M.R., Kravchenko A.V., Pokrovsky V.V. Subtypes of HIV-1 in Russia 1987–1998. J. of Microbiology, Epidemiology and Immunobiology, 1999, No. 1, pp. 43–45 (In Russ.)].Foley B.T., Leitner T., Paraskevis D., Peeters M. Primate immunodeficiency virus classification and nomenclature: Review. Infect. Genet. Evol., 2016, No. 46, pp. 150–158.Foley B.T., Leitner T., Paraskevis D., Peeters M. Primate immunodeficiency virus classification and nomenclature: Review. Infect. Genet. Evol., 2016, No. 46, pp. 150–158.Bobkov A., Kazennova E., Selimova L., Bobkova M., Khanina T., Ladnaya N., Kravchenko A., Pokrovsky V., Cheingsong-Popov R., Weber J. A sudden epidemic of HIV type 1 among injecting drug users in the former Soviet Union: Identification of subtype A, subtype B, and novel gagA/envB recombinants. AIDS Res. Hum. Retroviruses, 1998, No. 8, pp. 669–676.Bobkov A., Kazennova E., Selimova L., Bobkova M., Khanina T., Ladnaya N., Kravchenko A., Pokrovsky V., Cheingsong-Popov R., Weber J. A sudden epidemic of HIV type 1 among injecting drug users in the former Soviet Union: Identification of subtype A, subtype B, and novel gagA/envB recombinants. AIDS Res. Hum. Retroviruses, 1998, No. 8, pp. 669–676.Бобков А.Ф., Казеннова Е.В., Бобкова М.Р., Селимова Л.М., Ханина Т.А., Ладная Н.Н., Кравченко А.В., Саламов Г.Г., Буравцова Е.В., Покровский В.В. Молекулярно-эпидемиологическая характеристика ВИЧ-1 на территории России // Вестник РАМН. 2002. № 8. С. 40– 42. [Bobkov A.F., Kazennova E.V., Bobkova M.R., Selimova L.M., Khanina T.A., Ladnaya N.N., Kravchenko A.V., Salamov G.G., Buravtsova E.V., Pokrovsky V.V. Molecular-epidemiological characteristics of HIV-1 in the territory of Russia. Vestnik RAMS, 2002, No. 8, pp. 40–42 (In Russ.)].Бобков А.Ф., Казеннова Е.В., Бобкова М.Р., Селимова Л.М., Ханина Т.А., Ладная Н.Н., Кравченко А.В., Саламов Г.Г., Буравцова Е.В., Покровский В.В. Молекулярно-эпидемиологическая характеристика ВИЧ-1 на территории России // Вестник РАМН. 2002. № 8. С. 40– 42. [Bobkov A.F., Kazennova E.V., Bobkova M.R., Selimova L.M., Khanina T.A., Ladnaya N.N., Kravchenko A.V., Salamov G.G., Buravtsova E.V., Pokrovsky V.V. Molecular-epidemiological characteristics of HIV-1 in the territory of Russia. Vestnik RAMS, 2002, No. 8, pp. 40–42 (In Russ.)].Gashnikova N.M., Bogachev V.V., Baryshev P.B., Totmenin A.V., Gashnikova M.P., Kazachinskaya A.G., Ismailova T.N., Stepanova S.A., Chernov A.S., Mikheev V.N. A rapid expansion of HIV-1 CRF63_02A1 among newly diagnosed HIV-infected individuals in the Tomsk Region, Russia. AIDS Res. Hum. Retroviruses, 2015, No. 4, pp. 456–460.Gashnikova N.M., Bogachev V.V., Baryshev P.B., Totmenin A.V., Gashnikova M.P., Kazachinskaya A.G., Ismailova T.N., Stepanova S.A., Chernov A.S., Mikheev V.N. A rapid expansion of HIV-1 CRF63_02A1 among newly diagnosed HIV-infected individuals in the Tomsk Region, Russia. AIDS Res. Hum. Retroviruses, 2015, No. 4, pp. 456–460.Baryshev P.B., Bogachev V.V., Gashnikova N.M. Genetic characterization of an isolate of HIV type 1 AG recombinant form circulating in Siberia, Russia. Arch. Virol., 2012, No. 12, pp. 2335–2341.Baryshev P.B., Bogachev V.V., Gashnikova N.M. Genetic characterization of an isolate of HIV type 1 AG recombinant form circulating in Siberia, Russia. Arch. Virol., 2012, No. 12, pp. 2335–2341.Лаповок И.А., Лага В.Ю., Казеннова Е.В., Васильев А.В., Дзисюк Н.В., Утегенова А.К., Абишев А.Т., Тукеев М.С., Бобкова М.Р. Молекулярно-эпидемиологический анализ ВИЧ-1 в Казахстане в 2009–2013 гг. // Вопросы вирусологии. 2015. № 4. С. 29–37. [Lapovok A.I., Laga V.Yu, Kazennova E.V., Vasilyev A.V., Jisuk N.V., Utegenova A.K., Abishev A.T., Tukeev M.S., Bobkova M.R. Molecular epidemiological analysis of HIV-1 in Kazakhstan in 2009–2013. Problems of Virology, 2015, No. 4, pp. 29–37 (In Russ.)].Лаповок И.А., Лага В.Ю., Казеннова Е.В., Васильев А.В., Дзисюк Н.В., Утегенова А.К., Абишев А.Т., Тукеев М.С., Бобкова М.Р. Молекулярно-эпидемиологический анализ ВИЧ-1 в Казахстане в 2009–2013 гг. // Вопросы вирусологии. 2015. № 4. С. 29–37. [Lapovok A.I., Laga V.Yu, Kazennova E.V., Vasilyev A.V., Jisuk N.V., Utegenova A.K., Abishev A.T., Tukeev M.S., Bobkova M.R. Molecular epidemiological analysis of HIV-1 in Kazakhstan in 2009–2013. Problems of Virology, 2015, No. 4, pp. 29–37 (In Russ.)].Kazennova E., Laga V., Lapovok I., Glushchenko N., Neshumaev D., Vasilyev A., Bobkova M. HIV-1 Genetic Variants in the Russian Far East. AIDS Res. Hum. Retroviruses, 2014, No. 8, pp. 742–752.Kazennova E., Laga V., Lapovok I., Glushchenko N., Neshumaev D., Vasilyev A., Bobkova M. HIV-1 Genetic Variants in the Russian Far East. AIDS Res. Hum. Retroviruses, 2014, No. 8, pp. 742–752.Лага В.Ю., Казеннова Е.В., Васильев А.В., Лаповок И.А., Исмаилова А., Бейшеева Н., Асыбалиева Н., Бобкова М.Р. Молекулярно-гене- тическая характеристика вариантов ВИЧ-1, распространенных на территории Киргизии // Вопросы вирусологии. 2012. № 5. С. 26–32. [Laga V.Yu., Kazennova E.V., Vasilyev A.V., Lapovok I.A., Ismailova A., Beysheeva N., Asybalieva N., Bobkova M.R. Molecular genetic characterization of HIV-1 spread in Kyrgyzstan. Problems of Virology, 2012, No. 5, pp. 26–32 (In Russ.)].Лага В.Ю., Казеннова Е.В., Васильев А.В., Лаповок И.А., Исмаилова А., Бейшеева Н., Асыбалиева Н., Бобкова М.Р. Молекулярно-гене- тическая характеристика вариантов ВИЧ-1, распространенных на территории Киргизии // Вопросы вирусологии. 2012. № 5. С. 26–32. [Laga V.Yu., Kazennova E.V., Vasilyev A.V., Lapovok I.A., Ismailova A., Beysheeva N., Asybalieva N., Bobkova M.R. Molecular genetic characterization of HIV-1 spread in Kyrgyzstan. Problems of Virology, 2012, No. 5, pp. 26–32 (In Russ.)].Struck D., Lawyer G., Ternes A.M., Schmit J.C., Bercoff D.P. COMET: adaptive context-based modeling for ultrafast HIV-1 subtype identification. Nucleic Acids Res., 2014, No. 18, pp. e144.Struck D., Lawyer G., Ternes A.M., Schmit J.C., Bercoff D.P. COMET: adaptive context-based modeling for ultrafast HIV-1 subtype identification. Nucleic Acids Res., 2014, No. 18, pp. e144.Pineda-Peña A.C., Faria N.R., Imbrechts S., Libin P., Abecasis A.B., Deforche K., Gómez-López A., Camacho R.J., de Oliveira T., Vandamme A.M. Automated subtyping of HIV-1 genetic sequences for clinical and surveillance purposes: Performance evaluation of the new REGA version 3 and seven other tools. Infect. Genet. Evol., 2013, No. 19, pp. 337– 348.Pineda-Peña A.C., Faria N.R., Imbrechts S., Libin P., Abecasis A.B., Deforche K., Gómez-López A., Camacho R.J., de Oliveira T., Vandamme A.M. Automated subtyping of HIV-1 genetic sequences for clinical and surveillance purposes: Performance evaluation of the new REGA version 3 and seven other tools. Infect. Genet. Evol., 2013, No. 19, pp. 337– 348.Schultz A.K., Zhang M., Bulla I., Leitner T., Korber B., Morgenstern B., Stanke M. jpHMM: improving the reliability of recombination prediction in HIV-1. Nucleic Acids Res., 2009, No. 37 (Web Server issue): W647–651.Schultz A.K., Zhang M., Bulla I., Leitner T., Korber B., Morgenstern B., Stanke M. jpHMM: improving the reliability of recombination prediction in HIV-1. Nucleic Acids Res., 2009, No. 37 (Web Server issue): W647–651.Tamura K., Stecher G., Peterson D., Filipski A., Kumar S. MEGA6: Molecular Evolutionary Genetics Analysis version 6.0. Mol. Biol. Evol., 2013, Vol. 30, No. 12, pp. 2725–2729.Tamura K., Stecher G., Peterson D., Filipski A., Kumar S. MEGA6: Molecular Evolutionary Genetics Analysis version 6.0. Mol. Biol. Evol., 2013, Vol. 30, No. 12, pp. 2725–2729.Информационный бюллетень № 39 // Федеральный научно-методический центр по профилактике и борьбе со СПИДом. М., 2014. 52 с. [Information Bulletin No. 39. Federal Scientific and Methodological Center for AIDS Prevention and Control, Moscow, 2014, 52 p. (In Russ.)].Информационный бюллетень № 39 // Федеральный научно-методический центр по профилактике и борьбе со СПИДом. М., 2014. 52 с. [Information Bulletin No. 39. Federal Scientific and Methodological Center for AIDS Prevention and Control, Moscow, 2014, 52 p. (In Russ.)].Montavon C., Vergne L., Bourgeois A., Mpoudi-Ngole E., Malonga-Mouellet G., Butel C., Toure-Kane C., Delaporte E., Peeters M. Identification of a new circulating recombinant form of HIV type 1, CRF11-cpx, involving subtypes A, G, J, and CRF01-AE, in Central Africa. AIDS Res. Hum. Retroviruses, 2002, No. 3, pp. 231–236.Montavon C., Vergne L., Bourgeois A., Mpoudi-Ngole E., Malonga-Mouellet G., Butel C., Toure-Kane C., Delaporte E., Peeters M. Identification of a new circulating recombinant form of HIV type 1, CRF11-cpx, involving subtypes A, G, J, and CRF01-AE, in Central Africa. AIDS Res. Hum. Retroviruses, 2002, No. 3, pp. 231–236.Delatorre E. and Bello G. Time-scale of minor HIV-1 complex circulating recombinant forms from Central and West Africa. BMC Evol. Biol., 2016, No. 16, pp. 249.Delatorre E. and Bello G. Time-scale of minor HIV-1 complex circulating recombinant forms from Central and West Africa. BMC Evol. Biol., 2016, No. 16, pp. 249.Riva C., Romano L., Saladini F., Lai A., Carr J.K., Francisci D., Balotta C., Zazzi M. Identification of a possible ancestor of the subtype A1 HIV Type 1 variant circulating in the former Soviet Union. AIDS Res. Hum. Retroviruses, 2008, No. 10, pp. 1319–1325.Riva C., Romano L., Saladini F., Lai A., Carr J.K., Francisci D., Balotta C., Zazzi M. Identification of a possible ancestor of the subtype A1 HIV Type 1 variant circulating in the former Soviet Union. AIDS Res. Hum. Retroviruses, 2008, No. 10, pp. 1319–1325.Masharsky A.E., Klimov N.A., Kozlov A.P. Molecularcloning and analysis of full-length genome of HIV type 1strains prevalent in countries of the former Soviet Union. AIDS Res. Hum. Retroviruses, 2003, No. 10, pp. 933–939.Masharsky A.E., Klimov N.A., Kozlov A.P. Molecularcloning and analysis of full-length genome of HIV type 1strains prevalent in countries of the former Soviet Union. AIDS Res. Hum. Retroviruses, 2003, No. 10, pp. 933–939.Hemelaar J., Gouws E., Ghys P.D., Osmanov S. WHO-UNAIDS Network for HIV Isolation and Characterisation. Global trends in molecular epidemiology of HIV-1 during 2000–2007. AIDS, 2011, No. 5, pp. 679–689.Hemelaar J., Gouws E., Ghys P.D., Osmanov S. WHO-UNAIDS Network for HIV Isolation and Characterisation. Global trends in molecular epidemiology of HIV-1 during 2000–2007. AIDS, 2011, No. 5, pp. 679–689.Howard T.M., Olaylele D.O., Rasheed S. Sequence analysis of theglycoprotein 120 coding region of a new HIV type 1 subtype A strain (HIV-1IbNg) from Nigeria. AIDS Res. Hum. Retroviruses, 1994, No. 10, pp. 1755–1757.Howard T.M., Olaylele D.O., Rasheed S. Sequence analysis of theglycoprotein 120 coding region of a new HIV type 1 subtype A strain (HIV-1IbNg) from Nigeria. AIDS Res. Hum. Retroviruses, 1994, No. 10, pp. 1755–1757.Carr J.K., Salminen M.O., Albert J., Sanders-Buell E., Gotte D., Birx D.L., McCutchan F.E. Full genome sequences of human immunodeficiencyvirus type 1 subtypes G and A/G intersubtype recombinants. Virology, 1998, No. 247, pp. 22–31.Carr J.K., Salminen M.O., Albert J., Sanders-Buell E., Gotte D., Birx D.L., McCutchan F.E. Full genome sequences of human immunodeficiencyvirus type 1 subtypes G and A/G intersubtype recombinants. Virology, 1998, No. 247, pp. 22–31.Zhang M., Foley B., Schultz A.K., Macke J.P., Bulla I., Stanke M., Morgenstern B., Korber B., Leitner T. The role of recombination in the emergence of a complex and dynamic HIV epidemic. Retrovirology, 2010, No. 7, pp. 25.Zhang M., Foley B., Schultz A.K., Macke J.P., Bulla I., Stanke M., Morgenstern B., Korber B., Leitner T. The role of recombination in the emergence of a complex and dynamic HIV epidemic. Retrovirology, 2010, No. 7, pp. 25.

The authors declare that there are no conflicts of interest present.