aidsВИЧ-инфекция и иммуносупрессииHIV Infection and Immunosuppressive Disorders2077-9828Baltic Medical Education Center10.22328/2077-9828-2014-6-3-73-77aids-40Research ArticleНОВЫЕ ТЕХНОЛОГИИ И ФАРМАКОТЕРАПИЯNEW TECHNOLOGIES AND FARMAKOTERPIYAАВТОМАТИЧЕСКАЯ СЕГМЕНТАЦИЯ МРТ-ИЗОБРАЖЕНИЙ ГОЛОВНОГО МОЗГА: МЕТОДЫ И ПРОГРАММНОЕ ОБЕСПЕЧЕНИЕAUTOMATIC SEGMENTATION OF BRAIN MRI IMAGES: METHODS AND SOFTWAREМагоновЕвгений ПетровичMagonovE. P.noemail@neicon.ruПраховаЛидия НиколаевнаPrakhovaL. N.noemail@neicon.ruИльвесАлександр ГеннадьевичIlvesA. G.noemail@neicon.ruКатаеваГалина ВадимовнаKataevaG. V.noemail@neicon.ruТрофимоваТатьяна НиколаевнаTrofimovaT. N.noemail@neicon.ruИнститут мозга человека им. Н.П.Бехтеревой Российской академии наук; «НМЦ Томография» Российско-финской клиники «Скандинавия»РоссияN.P.Bechtereva Institute of the Human Brain of Russian academy of sciences; NMC Tomography LLC, Scandinavia ClinicRussian FederationИнститут мозга человека им. Н.П.Бехтеревой Российской академии наукРоссияN.P.Bechtereva Institute of the Human Brain of Russian academy of sciencesRussian FederationИнститут мозга человека им. Н.П.Бехтеревой Российской академии наук; «НМЦ Томография» Российско-финской клиники «Скандинавия»; Институт экспериментальной медициныРоссияN.P.Bechtereva Institute of the Human Brain of Russian academy of sciences; NMC Tomography LLC, Scandinavia Clinic; Institute of Experimental MedicineRussian Federation201430092014637377Copyright © Магонов Е.П., Прахова Л.Н., Ильвес А.Г., Катаева Г.В., Трофимова Т.Н., 20142014Магонов Е.П., Прахова Л.Н., Ильвес А.Г., Катаева Г.В., Трофимова Т.Н.Magonov E.P., Prakhova L.N., Ilves A.G., Kataeva G.V., Trofimova T.N.Данная работа распространяется под лицензией Creative Commons Attribution 4.0.This work is licensed under a Creative Commons Attribution 4.0 License.https://hiv.bmoc-spb.ru/jour/article/view/40

Описана методика постпроцесинговой обработки МРТ-изображений, которая может быть использована с целью оценки атрофических изменений у пациентов с рассеянным склерозом, ВИЧ-инфекцией и другими заболеваниями, основанная на комплексном использовании различных программных инструментов для автоматической сегментации нормальных структур головного мозга. Даются сравнительные данные результатов, полученные при оценке объемов структур головного мозга при помощи программных пакетов FreeSurfer и FSL. Предлагается использование структурированного отчета, отображающего основные результаты постпроцессинговой обработки. Отчет может использоваться для визуального контроля качества сегментации и для проведения индивидуального динамического сравнения результатов морфометрии. Предлагается использование вспомогательной программы-посредника, задающей последовательность и параметры запуска морфометрии для группы пациентов и в автоматическом режиме составляющей структурированные отчеты.

The article describes a technique of brain MRI postprocessing to assess brain atrophy changes in patients with multiple sclerosis. The technique is based on the integrated use of different software tools for automatic segmentation of normal brain structures. Comparative results of brain structure evaluation using FreeSurfer and FSL software packages are presented. Using a structured report to show the main results of postprocessing is proposed. The report can be used for segmentation visual quality control and for dynamic comparison of individual morphometry results. The use of an auxiliary in-house software which defines sequence and startup parameters for the used programs in a group of patients and automatically creates structured reports is proposed.

МРТ-морфометриясегментацияFreeSurferFSLABCструктурированный отчетMRI morphometrysegmentationFreeSurferFSLABCstructured reportReferencesГусев Е.И. Рассеянный склероз и другие демиелинизирующие заболевания. Руководство для врачей / под ред. Е.И.Гусев, И.А.Завалишин, А.Н.Бойко.- М.: Миклош. 2004. 540 с.Гусев Е.И. Рассеянный склероз и другие демиелинизирующие заболевания. Руководство для врачей / под ред. Е.И.Гусев, И.А.Завалишин, А.Н.Бойко.- М.: Миклош. 2004. 540 с.Труфанов, Г.Е. Магнитно-резонансная томография: руководство для врачей / под ред. Г.Е.Труфанов, В.А.Фокин.- СПб: ООО «Издательство ФОЛИАНТ», 2007.- 688 с.Труфанов, Г.Е. Магнитно-резонансная томография: руководство для врачей / под ред. Г.Е.Труфанов, В.А.Фокин.- СПб: ООО «Издательство ФОЛИАНТ», 2007.- 688 с.Трофимова Т.Н., Беляков Н.А. Многоликая нейрорадиология ВИЧ-инфекции // Лучевая диагностика и терапия.- 2010.- Т. 1, № 3.- С. 3 - 11.Трофимова Т.Н., Беляков Н.А. Многоликая нейрорадиология ВИЧ-инфекции // Лучевая диагностика и терапия.- 2010.- Т. 1, № 3.- С. 3 - 11.Clarke L.P., Velthuizen R.P., Camacho M.A., Heine J.J., Vaidyanathan M., Hall L.O., Thatcher R.W., Silbiger M.L. MRI segmentation: Methods and applications // Magnetic Resonance Imaging.- 1995.- Vol. 13, № 3.- С. 343-368.Clarke L.P., Velthuizen R.P., Camacho M.A., Heine J.J., Vaidyanathan M., Hall L.O., Thatcher R.W., Silbiger M.L. MRI segmentation: Methods and applications // Magnetic Resonance Imaging.- 1995.- Vol. 13, № 3.- С. 343-368.Wen W., Sachdev P. The topography of white matter hyperintensities on brain MRI in healthy 60- to 64-year-old individuals // Neuroimage.- 2004.- Vol. 22, № 1.- С. 144-154.Wen W., Sachdev P. The topography of white matter hyperintensities on brain MRI in healthy 60- to 64-year-old individuals // Neuroimage.- 2004.- Vol. 22, № 1.- С. 144-154.Admiraal-Behloul F., van den HeuvelD. M, OlofsenH, van OschMJ., van der Grond J., van Buchem M.A., Reiber J.H. Fully automatic segmentation of white matter hyperintensities in MR images of the elderly // Neuroimage.- 2005.- Vol. 28, № 3.- С. 607-617.Admiraal-Behloul F., van den HeuvelD. M, OlofsenH, van OschMJ., van der Grond J., van Buchem M.A., Reiber J.H. Fully automatic segmentation of white matter hyperintensities in MR images of the elderly // Neuroimage.- 2005.- Vol. 28, № 3.- С. 607-617.Maillard P., Delcroix N, Crivello F, Dufouil C., Gicquel S., Joliot M., Tzourio-Mazoyer N, Alperovitch A., Tzourio C., Mazoyer B. An automated procedure for the assessment of white matter hyperintensities by multispectral (T1, T2, PD) MRI and an evaluation of its between-centre reproducibility based on two large community databases // Neuroradiology.- 2008.- Vol. 50, № 1.- С. 31-42.Maillard P., Delcroix N, Crivello F, Dufouil C., Gicquel S., Joliot M., Tzourio-Mazoyer N, Alperovitch A., Tzourio C., Mazoyer B. An automated procedure for the assessment of white matter hyperintensities by multispectral (T1, T2, PD) MRI and an evaluation of its between-centre reproducibility based on two large community databases // Neuroradiology.- 2008.- Vol. 50, № 1.- С. 31-42.Bankman I.H. Handbook of medical image processing and analysis // Elsevier.- 2009.- 984 c.Bankman I.H. Handbook of medical image processing and analysis // Elsevier.- 2009.- 984 c.

The authors declare that there are no conflicts of interest present.