aidsВИЧ-инфекция и иммуносупрессииHIV Infection and Immunosuppressive Disorders2077-9828Baltic Medical Education Center10.22328/2077-9828-2020-12-1-123-133aids-531Research ArticleКЛИНИЧЕСКАЯ ПРАКТИКАCLINICAL PRACTICEСРАВНИТЕЛЬНЫЙ АНАЛИЗ ДИАГНОСТИЧЕСКИХ НАБОРОВ ДЛЯ КОЛИЧЕСТВЕННОГО ОПРЕДЕЛЕНИЯ РНК ВИЧ-1, ПРОИЗВОДИМЫХ В РОССИИCOMPARATIVE ANALYSIS OF DIAGNOSTIC KITS FOR THE QUANTITATIVE DETERMINATION OF HIV-1 RNA PRODUCED IN RUSSIAhttps://orcid.org/0000-0002-6328-1415ЛаповокИ. А.LapovokI. A.

кандидат биологических наук, научный сотрудник 

111123, Москва, ул. Новогиреевская, д. 3А

i_lapovok@mail.ruhttps://orcid.org/0000-0002-2826-699XЛопатухинА. Э.LopatukhinA. E.

 научный сотрудник 

111123, Москва, ул. Новогиреевская, д. 3А

https://orcid.org/0000-0002-7116-0138КириченкоА. А.KirichenkoA. A.

младший научный сотрудник 

111123, Москва, ул. Новогиреевская, д. 3А

https://orcid.org/0000-0002-1390-8021МурзаковаА. В.MurzakovaA. V.

 младший научный сотрудник 

111123, Москва, ул. Новогиреевская, д. 3А

https://orcid.org/0000-0002-7896-2379КиреевД. Е.KireevD. E.

кандидат биологических наук, научный сотрудник 

111123, Москва, ул. Новогиреевская, д. 3А

ФБУН Центральный научно-исследовательский институт эпидемиологииРоссияCentral Research Institute of Epidemiology Federal service for supervision in the field of protection of the rights of consumers and well-being man’sRussian Federation202026052020121123133Copyright © Лаповок И.А., Лопатухин А.Э., Кириченко А.А., Мурзакова А.В., Киреев Д.Е., 20202020Лаповок И.А., Лопатухин А.Э., Кириченко А.А., Мурзакова А.В., Киреев Д.Е.Lapovok I.A., Lopatukhin A.E., Kirichenko A.A., Murzakova A.V., Kireev D.E.Данная работа распространяется под лицензией Creative Commons Attribution 4.0.This work is licensed under a Creative Commons Attribution 4.0 License.https://hiv.bmoc-spb.ru/jour/article/view/531Цель

Цель: провести сравнительный анализ следующих наборов реагентов для определения концентрации РНК ВИЧ-1 российского производства: АмплиСенс ВИЧ-монитор-FRT, АмплиСенс ВИЧ-монитор-Duo-FL, РеалБест РНК ВИЧ количественный, ВИЧ-ГЕН количественный.

Материалы и методы

Материалы и методы. Исследована коллекция клинических образцов плазмы крови с концентрацией РНК ВИЧ-1 в диапазоне от 590 до 2,05×106 копий/мл, последовательные разведения 2-го международного стандарта ВИЧ-1, а также панели субтипов и рекомбинантных форм группы M ВИЧ-1. Сходимость результатов сравнения тест-систем была определена с применением анализа корреляции Спирмана и метода Блэнда– Альтмана.

Результаты

Результаты. Для всех сравниваемых наборов реагентов был получен высокий уровень сходимости результатов измерения вирусной нагрузки (ВН) ВИЧ-1 клинических образцов (n=76) с величиной достоверности аппроксимации R не менее 0,85. Максимальная разница между медианными значениями результатов ВН (0,48 lg, ≈3 раза) была получена для ВИЧ-Монитор-FRT и РеалБест количественный, что не превышало допустимого уровня при сравнении двух систем. Все разведения 2-го международного стандарта ВИЧ-1 были успешно определены всеми наборами реагентов со средней погрешностью от 0,16 до 0,34 lg копий/мл. Все наборы выявляли большинство исследованных субтипов и рекомбинантов ВИЧ-1 со средним отклонением 0,02–0,56 lg копий/мл. Самая высокая точность была получена для набора ВИЧ-ГЕН количественный, который, однако, не выявил образец ADG-рекомбинанта. 

Aim

Aim: to carry out the comparative analysis of Russian kits for HIV-1 viral load (VL) measuring: AmpliSens HIV-monitor-FRT, AmpliSens HIV-monitor-Duo-FL, RealBest RNA HIV quantitative, HIV-GEN quantitative.

Materials and methods

Materials and methods: we analyzed the collection of clinical blood plasma samples with VL 590–2,05×106 copies/ml, dilutions of HIV-1 2nd International Standard, as well as panels of subtypes and recombinant forms of HIV-1 group M. The convergence of the results was determined using the Spearman correlation analysis and the Bland-Altman method.

Results

Results. A high level of convergence of VL measuring results in clinical samples (n=76) was determined for all compared kits with the value of approximation reliability R of at least 0,85. The maximum difference between the median values of VL results (0,48 log, ≈3-fold) was obtained for HIVMonitor-FRT and RealBest quantitative, which did not exceed the acceptable discordance rate in two kits comparing. All dilutions of the 2nd international HIV-1 standard were successfully determined by all kits with middle error 0,16–0,34 lg copies/ml. All kits successfully revealed the most of HIV-1 subtypes and recombinants studied with middle deviation 0,02–0,56 log copies/ml. HIV-GEN quantitative demonstrated the highest accuracy, but didn’t reveal ADG-recombinant. 

ВИЧ-1вирусная нагрузкасубтипрекомбинантсходимостьпогрешностьHIV-1viral loadsubtyperecombinantconvergenceerrorИсследование выполнено за  счет гранта Российского научного фонда (проект № 18-7510096).ReferencesКириченко А.А., Киреев Д.Е., Лопатухин А.Э., Мурзакова А.В., Лаповок И.А., Ладная Н.Н., Покровский В.В. Уровень и структура лекарственной устойчивости ВИЧ-1 среди пациентов без опыта приема антиретровирусных препаратов с момента начала применения антиретровирусной терапии в Российской Федерации // ВИЧ-инфекция и иммуносупрессии. 2019. № 11 (2) С. 75–83.Kirichenko A.A., Kireev D.E., Lopatukhin A.E., Murzakova A.V., Lapovok I.A., Ladnaya N.N., Pokrovsky V.V. Prevalence and structure of HIV-1 drug resistance among treatment naive patients since the introduction of antiretroviral therapy in the Russian Federation. HIV Infection and Immunosupressive Disorders, 2019, Vol. 11, No. 2, рр. 75–83 (In Russ.)]. DOI: http://dx.doi.org/10.22328/2077-9828-2019-11-2-75-83.WHO. What’s new in treatment monitoring: viral load and CD4 testing. HIV treatment and care — information note. Geneva: World Health Organization, 2017: 2. URL: https://apps.who.int/iris/bitstream/handle/10665/255891/WHO-HIV-2017.22-eng.pdf;jsessionid=8363F0E739BE 52328CE3563CDD7A5D8E?sequence=1 (July 2017).WHO. What’s new in treatment monitoring: viral load and CD4 testing. HIV treatment and care — information note. Geneva: World Health Organization, 2017: 2. URL: https://apps.who.int/iris/bitstream/handle/10665/255891/WHO-HIV-2017.22-eng.pdf;jsessionid=8363F0E739BE 52328CE3563CDD7A5D8E?sequence=1 (July 2017).De Oliveira F., Mourez T., Vessiere A. et al. Multiple HIV-1/M + HIV-1/O dual infections and new HIV-1/MO inter-group recombinant forms detected in Cameroon // Retrovirolog. 2017. Vol. 14 (1). Р. 1–11. DOI: 10.1186/s12977-016-0324-3.De Oliveira F., Mourez T., Vessiere A. et al. Multiple HIV-1/M + HIV-1/O dual infections and new HIV-1/MO inter-group recombinant forms detected in Cameroon // Retrovirolog. 2017. Vol. 14 (1). Р. 1–11. DOI: 10.1186/s12977-016-0324-3.Holmes H., Davis C., Heath A. Development of the 1st International Reference Panel for HIV-1 RNA genotypes for use in nucleic acid-based techniques // J. Virol. Methods. 2008. Vol. 154. Р. 86–91. DOI: 10.1016/j.jviromet.2008.08.014.Holmes H., Davis C., Heath A. Development of the 1st International Reference Panel for HIV-1 RNA genotypes for use in nucleic acid-based techniques // J. Virol. Methods. 2008. Vol. 154. Р. 86–91. DOI: 10.1016/j.jviromet.2008.08.014.WHO ECBS report WHO/BS/2013.2226. Geneva: World Health Organization, 2013: 32. URL: http://www.who.int/biologicals/expert_committee/BS_2226_HIV_CRF_Panel.pdf (October 2013).WHO ECBS report WHO/BS/2013.2226. Geneva: World Health Organization, 2013: 32. URL: http://www.who.int/biologicals/expert_committee/BS_2226_HIV_CRF_Panel.pdf (October 2013).Avettand-Fénoël V., Mélard A., Gueudin M. et al. Comparative performance of the Biocentric Generic Viral Load, Roche CAP/CTM v1.5, Roche CAP/CTM v2.0 and m2000 Abbott assays for quantifying HIV-1 B and non-B strains: Underestimation of some CRF02 strains // J. Clin. Virol. 2019. Vol. 110. Р. 36–41. DOI: 10.1016/j.jcv.2018.12.002.Avettand-Fénoël V., Mélard A., Gueudin M. et al. Comparative performance of the Biocentric Generic Viral Load, Roche CAP/CTM v1.5, Roche CAP/CTM v2.0 and m2000 Abbott assays for quantifying HIV-1 B and non-B strains: Underestimation of some CRF02 strains // J. Clin. Virol. 2019. Vol. 110. Р. 36–41. DOI: 10.1016/j.jcv.2018.12.002.Janes H., Herbeck J.T., Tovanabutra S. et al. HIV-1 infections with multiple founders are associated with higher viral loads than infections with single founders // Nat. Med. 2015. Vol. 21, No. 10. Р. 1139–1141. DOI: 10.1038/nm.3932Janes H., Herbeck J.T., Tovanabutra S. et al. HIV-1 infections with multiple founders are associated with higher viral loads than infections with single founders // Nat. Med. 2015. Vol. 21, No. 10. Р. 1139–1141. DOI: 10.1038/nm.3932Ngo-Malabo E.T., Ngoupo T.P., Zekeng M. et al. A cheap and open HIV viral load technique applicable in routine analysis in a resource limited setting with a wide HIV genetic diversity // Virol. J. 2017. Vol. 14, No. 1. Р. 1–7. DOI: 10.1186/s12985-017-0893-3.Ngo-Malabo E.T., Ngoupo T.P., Zekeng M. et al. A cheap and open HIV viral load technique applicable in routine analysis in a resource limited setting with a wide HIV genetic diversity // Virol. J. 2017. Vol. 14, No. 1. Р. 1–7. DOI: 10.1186/s12985-017-0893-3.Bobkova M. Current status of HIV-1 diversity and drug resistance monitoring in the former USSR // AIDS Rev. 2013. Vol. 15, No. 4. Р. 204–212. PMID: 24192601.Bobkova M. Current status of HIV-1 diversity and drug resistance monitoring in the former USSR // AIDS Rev. 2013. Vol. 15, No. 4. Р. 204–212. PMID: 24192601.Foley B.T., Leitner T., Paraskevis D., Peeters M. Primate immunodeficiency virus classification and nomenclature: Review // Infect Genet Evol. 2016. Vol. 46. Р. 150–158. DOI: 10.1016/j.meegid.2016.10.018.Foley B.T., Leitner T., Paraskevis D., Peeters M. Primate immunodeficiency virus classification and nomenclature: Review // Infect Genet Evol. 2016. Vol. 46. Р. 150–158. DOI: 10.1016/j.meegid.2016.10.018.Лаповок И.А., Лопатухин А.Э., Киреев Д.Е., Казеннова Е.В., Лебедев А.В., Бобкова М.Р., Коломеец А.Н., Турбина Г.И., Шипулин Г.А., Ладная Н.Н., Покровский В.В. Молекулярно-эпидемиологический анализ вариантов ВИЧ-1, циркулировавших в России в 1987–2015 гг. // Терапевтический архив. 2017. Т. 89 (11). С. 44–49.Lapovok I.A., Lopatukhin A.E., Kireev D.E., Kazennova E.V., Lebedev A.V., Bobkova M.R., Kolomeets A.N., Turbina G.I., Shipulin G.A., Ladnaya N.N., Pokrovsky V.V. Molecular epidemiological analysis of HIV-1 variants circulating in Russia in 1987–2015. Ter. Arkh. 2017. Vol. 89, No. 11, рр. 44–49 (In Russ.)]. DOI: 10.17116/terarkh2017891144-49.Baryshev P., Bogachev V., Gashnikova N. HIV-1 genetic diversity in Russia: CRF63_02A1, a new HIV type 1 genetic variant spreading in Siberia // AIDS Res Hum Retroviruses. 2014. Vol. 30, No. 6. Р. 592–597. DOI: 10.1089/AID.2013.0196.Baryshev P., Bogachev V., Gashnikova N. HIV-1 genetic diversity in Russia: CRF63_02A1, a new HIV type 1 genetic variant spreading in Siberia // AIDS Res Hum Retroviruses. 2014. Vol. 30, No. 6. Р. 592–597. DOI: 10.1089/AID.2013.0196.WHO Prequalification of Diagnostics Programme PUBLIC REPORT. Product: Abbott RealTime HIV-1 (Manual). Number: PQDx 0146-027-00. Geneva: World Health Organization, 2018: 56. URL: https://www.who.int/diagnostics_laboratory/evaluations/pq-list/hiv-vrl/180423_amended_final_pqpr_0146_027_00_v5.pdf?ua=1 (April 2018).WHO Prequalification of Diagnostics Programme PUBLIC REPORT. Product: Abbott RealTime HIV-1 (Manual). Number: PQDx 0146-027-00. Geneva: World Health Organization, 2018: 56. URL: https://www.who.int/diagnostics_laboratory/evaluations/pq-list/hiv-vrl/180423_amended_final_pqpr_0146_027_00_v5.pdf?ua=1 (April 2018).Luft L.M., Gill M.J., Church D.L. HIV-1 viral diversity and its implications for viral load testing: review of current platforms // Int. J. Infect. Dis. 2011; 15 (10): 661–670. DOI: 10.1016/j.ijid.2011.05.013.Luft L.M., Gill M.J., Church D.L. HIV-1 viral diversity and its implications for viral load testing: review of current platforms // Int. J. Infect. Dis. 2011; 15 (10): 661–670. DOI: 10.1016/j.ijid.2011.05.013.Ивченко Г.И., Медведев Ю.И. Математическая статистика: учебник. М.: Книжный дом «ЛИБРОКОМ», 2014. 352 с.Ivchenko G.I., Medvedev Yu.I. Mathematical Statistics: Textbook. Moscow: Book House «Librocom» 2014, 352 р. (In Russ.)]. ISBN: 978–5-397–04141–6.COBAS® AmpliPrep/COBAS® TaqMan® HIV-1 Test Manual. USA 2007: 36. URL: https://www.fda.gov/media/73824/downloadCOBAS® AmpliPrep/COBAS® TaqMan® HIV-1 Test Manual. USA 2007: 36. URL: https://www.fda.gov/media/73824/downloadArtus® HI Virus-1 RG RT-PCR Kit Handbook. QIAGEN 2011: 46. URL: https://www.qiagen.com/resourcedetail.Artus® HI Virus-1 RG RT-PCR Kit Handbook. QIAGEN 2011: 46. URL: https://www.qiagen.com/resourcedetail.Hatzakis A., Papachristou H., Nair S.J. et al. Analytical characteristics and comparative evaluation of Aptima HIV-1 Quant Dx assay with Ampliprep/COBAS TaqMan HIV-1 testv2.0 // Virol J. 2016. Vol. 13, No. 176, рр. 9. DOI: 10.1186/s12985-016-0627-y.Hatzakis A., Papachristou H., Nair S.J. et al. Analytical characteristics and comparative evaluation of Aptima HIV-1 Quant Dx assay with Ampliprep/COBAS TaqMan HIV-1 testv2.0 // Virol J. 2016. Vol. 13, No. 176, рр. 9. DOI: 10.1186/s12985-016-0627-y.Демидович Б.П., Кудрявцев В.А. Краткий курс высшей математики: учебное пособие для вузов. М.: АСТ, Астрель, 2001, 656 c.Demidovich B.P., Kudravcev V.A. Short course in higher mathematics. Textbook for universities. Moscow: AST, Astrel, 2001, 656 р. (In Russ.)]. ISBN: 5-17-004601-4.Hopkins M., Hau S., Tiernan C. et al. Comparative performance of the new Aptima HIV-1 Quant Dx assay with three commercial PCR-based HIV-1 RNA quantitation assays // J. Clin. Virol. 2015. Vol. 69. Р. 56–62. DOI: 10.1016/j.jcv.2015.05.020.Hopkins M., Hau S., Tiernan C. et al. Comparative performance of the new Aptima HIV-1 Quant Dx assay with three commercial PCR-based HIV-1 RNA quantitation assays // J. Clin. Virol. 2015. Vol. 69. Р. 56–62. DOI: 10.1016/j.jcv.2015.05.020.Altman D., Bland J. Measurement in Medicine: the Analysis of Method Comparison Studies // The Statistician. 1983. Vol. 32. Р. 307–317. URL: http://people.stat.sfu.ca/~raltman/stat300/AltmanBland.pdf.Altman D., Bland J. Measurement in Medicine: the Analysis of Method Comparison Studies // The Statistician. 1983. Vol. 32. Р. 307–317. URL: http://people.stat.sfu.ca/~raltman/stat300/AltmanBland.pdf.Brazdzionyte J., Macas A. Bland-Altman analysis as an alternative approach for statistical evaluation of agreement between two methods for measuring hemodynamics during acute myocardial infarction // Medicina (Kaunas). 2007. Vol. 43, No. 3. Р. 208–214. PMID: 17413249.Brazdzionyte J., Macas A. Bland-Altman analysis as an alternative approach for statistical evaluation of agreement between two methods for measuring hemodynamics during acute myocardial infarction // Medicina (Kaunas). 2007. Vol. 43, No. 3. Р. 208–214. PMID: 17413249.Смирнихина С.А., Цаур Г.А., Челышева Е.Ю., Яковлева Ю.А, Лавров А.В., Абдуллаев А.О., Бедерак Н.В., Шухов О.А., Солодовников А.Г., Попов А.М., Адильгереева Э.П., Фечина Л.Г., Туркина А.Г., Куцев С.И. Сравнительный анализ использования полимеразной цепной реакции в режиме реального времени и автоматизированной системы Genexpert DX System для оценки экспрессии гена BCR-ABL у пациентов с хроническим миелоидным лейкозом, находящихся в большом и полном молекулярном ответе // Онкогематология. 2013. Т. 8, № 3. С. 16–21. ISSN: 1818–8346.Smirnikhina S.A., Tsaur G.A., Chelysheva E.Yu., Yakovleva Yu.A., Lavrov A.V., Abdullaev A.O., Bederak N.V., Shukhov O.A., Solodovnikov A.G., Popov A.M., Adilgereeva E.P., Fechina L.G., Turkina A.G., Kutsev S.I. Comparative analysis of the use of real-time polymerase chain reaction and the Genexpert DX System automated system for evaluating the expression of the BCR-ABL gene in patients with chronic myeloid leukemia in a large and complete molecular response. Oncohematology, 2013, Vol. 8, No. 3, рр. 16–21 (In Russ.). ISSN: 1818–8346.Report on an International Collaborative Study to Establish the 2nd WHO International Subtype Reference panel for HIV-1 NAT Assays (WHO/BS/2012.2209). Geneva: World Health Organization, 2012, 31 p. URL: https://apps.who.int/iris/handle/10665/78050 (October 2012).Report on an International Collaborative Study to Establish the 2nd WHO International Subtype Reference panel for HIV-1 NAT Assays (WHO/BS/2012.2209). Geneva: World Health Organization, 2012, 31 p. URL: https://apps.who.int/iris/handle/10665/78050 (October 2012).Report on an International Collaborative Study to Establish the 1st WHO International Reference Panel for HIV-1 Circulating Recombinant Forms for NAT Assays (WHO/BS/2013.2226). Geneva: World Health Organization 2013: 32. URL: https://www.who.int/biologicals/ expert_committee/BS_2226_HIV_CRF_Panel.pdf (October 2013).Report on an International Collaborative Study to Establish the 1st WHO International Reference Panel for HIV-1 Circulating Recombinant Forms for NAT Assays (WHO/BS/2013.2226). Geneva: World Health Organization 2013: 32. URL: https://www.who.int/biologicals/ expert_committee/BS_2226_HIV_CRF_Panel.pdf (October 2013).

The authors declare that there are no conflicts of interest present.