aidsВИЧ-инфекция и иммуносупрессииHIV Infection and Immunosuppressive Disorders2077-9828Baltic Medical Education Center10.22328/2077-9828-2020-12-2-79-88aids-544Research ArticleОРИГИНАЛЬНЫЕ ИССЛЕДОВАНИЯORIGINAL STUDIESГенетический профиль ВИЧ-1 в Вологодской области: доминирование CRF03_AB и быстрое распространение URFsGenetic Profile of HIV-1 in the Vologda Region: Domination of CRF03_AB and Rapid Distribution of URFsОжмеговаЕ. Н.OzhmegovaE. N.

Ожмегова Екатерина Никитична — младший научный сотрудник лаборатории вирусов лейкозов

123098, Москва, ул. Гамалеи, д. 16

Ozhmegova Ekaterina Nikitichna

belokopytova.01@mail.ruАнтоноваА. А.AntonovaA. A.

Антонова Анастасия Александровна — младший научный сотрудник лаборатории вирусов лейкозов

123098, Москва, ул. Гамалеи, д. 16

anastaseika95@mail.ruЛебедевА. В.LebedevA. V.

Лебедев Алексей Владимирович — научный сотрудник лаборатории вирусов лейкозов

123098, Москва, ул. Гамалеи, д. 16

swan_236@mail.ruМельниковаТ. Н.MelnikovaT. N.

Мельникова Татьяна Николаевна — главный врач заведующая лабораторией клинической иммунологии

160002, Вологодская область, Вологда, ул. Щетинина, д. 17-А

antispid@vologda.ruКрыловаТ. В.KrylovaТ. V.

Крылова Татьяна Валентиновна — кандидат медицинских наук, заведующая Центром профилактики и борьбы со СПИДом

160002, Вологодская область, Вологда, Лечебная ул., д. 17

Rodnik_krylov@mail.ruКазачекА. В.KazachekA. V.

Казачек Андрей Владимирович — заместитель главного врача по медицинской части заведующая лабораторией клинической иммунологии

160002, Вологодская область, Вологда, ул. Щетинина, д. 17-А

Kazachek.83@mail.ruШиряеваН. А.ShiryaevaN. A.

Ширяева Наталья Александровна — заведующая клинико-диагностической лабораторией заведующая лабораторией клинической иммунологии

160002, Вологодская область, Вологда, ул. Щетинина, д. 17-А

Nataly1366@yandex.ruКирилловаИ. Л.KirillovaI. L.

Кириллова Ирина Львовна — кандидат медицинских наук, заведующая лабораторией клинической иммунологии

160002, Вологодская область, Вологда, Лечебная ул., д. 17

Il.kirillova@chgb1.ruКазенноваЕ. В.KazennovaE. V.

Казеннова Елена Валерьевна — доктор биологических наук, ведущий научный сотрудник лаборатории вирусов лейкозов

123098, Москва, ул. Гамалеи, д. 16

kazennova@rambler.ruБобковаМ. Р.BobkovaM. R.

Бобкова Марина Ридовна — доктор биологических наук, заведующая лабораторией вирусов лейкозов

123098, Москва, ул. Гамалеи, д. 16

mrbobkova@mail.ruФГБУ «Национальный исследовательский центр эпидемиологии и микробиологии имени почетного академика Н. Ф. Гамалеи» МЗ РФРоссияFederal Research Centre for Epidemiology and Microbiology named after the honorary academician N. F. GamaleyaRussian FederationБУЗ «Вологодский областной Центр по профилактике и борьбе со СПИД и инфекционными заболеваниями»РоссияVologda regional AIDS centerRussian FederationВологодская областная клиническая больница № 2РоссияVologda Regional Clinical Hospital No 2Russian Federation2020120820201227988Copyright © Ожмегова Е.Н., Антонова А.А., Лебедев А.В., Мельникова Т.Н., Крылова Т.В., Казачек А.В., Ширяева Н.А., Кириллова И.Л., Казеннова Е.В., Бобкова М.Р., 20202020Ожмегова Е.Н., Антонова А.А., Лебедев А.В., Мельникова Т.Н., Крылова Т.В., Казачек А.В., Ширяева Н.А., Кириллова И.Л., Казеннова Е.В., Бобкова М.Р.Ozhmegova E.N., Antonova A.A., Lebedev A.V., Melnikova T.N., Krylova Т.V., Kazachek A.V., Shiryaeva N.A., Kirillova I.L., Kazennova E.V., Bobkova M.R.Данная работа распространяется под лицензией Creative Commons Attribution 4.0.This work is licensed under a Creative Commons Attribution 4.0 License.https://hiv.bmoc-spb.ru/jour/article/view/544

Проведен молекулярно-эпидемиологический анализ ВИЧ-1 в городах Северо-Западного федерального округа — Вологде и Череповце. В исследовании использована коллекция мононуклеарных клеток периферической крови (МКПК), полученная от 80 ВИЧ-инфицированных пациентов: 52 образца были получены от пациентов, проживающих в г. Череповце, и 28 образцов — от проживающих в г. Вологде. Распределение генетических вариантов ВИЧ-1 в исследуемых городах было следующим: суб-субтип А6 — 51,25%; субтип В — 6,25%; рекомбинантная форма CRF_03AB — 32,5%; уникальные рекомбинантные формы (URFs) — 6,25%; 3,75% были представлены другими вариантами: G и CRF63_02A1. Филогенетический анализ подтвердил связь вирусов суб-субтипа А6 из Вологодской области с вариантом A6 (IDU-A), преобладающим в Украине, России и других странах бывшего Советского Союза; последовательности субтипа В образовывали на филограмме общую ветвь с референс-штаммами, характерными для мужчин, практикующих секс с мужчинами; 32,5% нуклеотидных последовательностей образовывали единый кластер с референс-штаммом CRF03_AB. Помимо данных субтипов, также обнаружено наличие уникальных рекомбинантных форм ВИЧ-1, содержащих сегменты вирусов суб-субтипа А6 и IDU-B. Результаты молекулярно-эпидемиологического исследования в Вологодской области также продемонстрировали существенные различия в генетических профилях ВИЧ-1 на территории двух близко расположенных городов — Вологды и Череповца. Таким образом, эволюция ВИЧ-1 на территории Вологодской области продолжается, при этом основными источниками изменчивости являются взаимное проникновение вирусов между группами риска и рекомбинационные процессы.

The work was carried out molecular-epidemiological analysis of HIV-1 in the cities of the North-West Federal District — Vologda and Cherepovets. The study used a collection of peripheral blood mononuclear cells (PBMC) obtained from 80 HIVinfected patients: 52 samples were obtained from patients living in Cherepovets, and 28 samples — from Vologda. The distribution of the HIV-1 genetic variants in the studied cities was as follows: sub-subtype A6 — 51,25%; subtype B — 6,25%; the recombinant form of CRF_03AB — 32,5%; unique recombinant forms (URFs) — 6,25%, and 3,75% were represented by other subtypes: G and CRF63_02A1. A phylogenetic analysis confirmed the relationship of the sub-subtype A6 viruses with the A6 (IDU-A) variant predominating in Ukraine, Russia and other former Soviet Union (FSU) countries; the sequences of subtype B formed a common branch on the phylogram with reference strains characteristic of men who have sex with men; 32,5% of the nucleotide sequences formed a single cluster with the reference strain CRF03_AB. In addition to these subtypes, the presence of unique recombinant forms of HIV-1 containing segments of the sub-subtype A6 and IDU-B viruses were also found. The results of the molecular epidemiological analysis in the Vologda Oblast also showed significant differences in the genetic profile of HIV-1 in two nearby cities — Vologda and Cherepovets. Thus, the evolution of HIV-1 in the Vologda Oblast continues, with the main source of variability being the mutual penetration of viruses between risk groups and recombination processes.

ВИЧ-1молекулярно-эпидемиологический анализсубтипы ВИЧфилогенетический анализуникальные рекомбинантные формы (URF)HIV-1molecular epidemiological analysisHIV subtypesphylogenetic analysisunique recombinant forms (URF)ReferencesHemelaar J., Gouws E., Ghys P.D., Osmanov S. Global trends in molecular epidemiology of HIV-1 during 2000–2007 // AIDS. 2011. Vol. 25, No. 5. P. 679–689.Hemelaar J., Gouws E., Ghys P.D., Osmanov S. Global trends in molecular epidemiology of HIV-1 during 2000–2007 // AIDS. 2011. Vol. 25, No. 5. P. 679–689.Salemi M. Toward a robust monitoring of HIV subtypes distribution worldwide // AIDS. 2011. Vol. 25. No. 5. P. 713–714.Salemi M. Toward a robust monitoring of HIV subtypes distribution worldwide // AIDS. 2011. Vol. 25. No. 5. P. 713–714.Bobkov A., Kazennova E., Selimova L. et al. A sudden epidemic of HIV type 1 among injecting drug users in the former Soviet Union: Identification of subtype A, subtype B, and novel gagA/envB recombinants // AIDS Res. Hum. Retroviruses. 1998. Vol. 14. P. 669–676.Bobkov A., Kazennova E., Selimova L. et al. A sudden epidemic of HIV type 1 among injecting drug users in the former Soviet Union: Identification of subtype A, subtype B, and novel gagA/envB recombinants // AIDS Res. Hum. Retroviruses. 1998. Vol. 14. P. 669–676.Бобков А.Ф., Казеннова Е.В., Селимова Л.М. и др. Молекулярно-вирусологические особенности эпидемии ВИЧ-инфекции в России и других странах СНГ // Вестник РАМН. 2003. Т. 17, № 12. С. 83–85.Bobkov A.F., Kazennova E.V., Selimova L.M. et al. Molecular virological features of the HIV epidemic in Russia and other CIS countries. Vestnik RAMS, 2003, Vol. 17, No. 12, pp. 83–85 (In Russ.).Гришечкин А.Е., Казеннова Е.В., Суханова А.Л. и др. Молекулярно-эпидемиологическая характеристика ВИЧ-инфекции на территории Алтайского края // Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии. 2006. Т. 1. С. 15–19.Grishechkin A.E., Kazennova E.V., Sukhanova A.L. et al. Molecular and epidemiological characteristics of HIV infection in the Altai Territory. Journal of Microbiology, Epidemiology and Immunobiology, 2006, Vol. 1, pp. 15–19 (In Russ.).Rumyantseva O.A., Olkhovskiy I.A., Malysheva M.A. et al. Epidemiological networks and drug resistance of HIV type 1 in Krasnoyarsk region, Russia // AIDS Res Hum Retroviruses. 2009. Vol. 25, No. 9. P. 31–36.Rumyantseva O.A., Olkhovskiy I.A., Malysheva M.A. et al. Epidemiological networks and drug resistance of HIV type 1 in Krasnoyarsk region, Russia // AIDS Res Hum Retroviruses. 2009. Vol. 25, No. 9. P. 31–36.Казеннова Е.В., Антонова О.В., Кузин С.Н. и др. Молекулярно-эпидемиологическое исследование распространения ВИЧ-1 на территории Республики Саха (Якутия) // Вопросы вирусологии. 2011. Т. 56, № 5. C. 30–34.Kazennova E.V., Antonova O.V., Kuzin S.N. et al. Molecular epidemiological study of the spread of HIV-1 in the Republic of Sakha (Yakutia). Issues of Virology, 2011, Vol. 56, No. 5, pp. 30–34 (In Russ.).Богачев В.В., Тотменин А.В., Барышев П.Б. и др. Молекулярно-генетическая характеристика вариантов ВИЧ-1 субтипов А и В, выделенных на территории Новосибирской области // Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии. 2012. Т. 6. С. 45–52.Bogachev V.V., Tumanin A.V., Baryshev P.B., etc. Molecular and genetic characteristics of HIV-1 subtypes a and B isolated on the territory of the Novosibirsk region // Journal of Microbiology, epidemiology and Immunobiology. 2012. Vol. 6. pp. 45–52. (In Russ.).Smolskaya T., Liitsola K., Zetterberg V. et al. HIV Epidemiology in the Northwestern Federal District of Russia: Dominance of HIV Type 1 Subtype A // AIDS Res Hum Retroviruses. 2006. Vol. 22. P. 1074–1080.Smolskaya T., Liitsola K., Zetterberg V. et al. HIV Epidemiology in the Northwestern Federal District of Russia: Dominance of HIV Type 1 Subtype A // AIDS Res Hum Retroviruses. 2006. Vol. 22. P. 1074–1080.Казеннова Е.В., Бронникова А.В., Кузин С.Н. и др. Молекулярно-генетическая характеристика вариантов ВИЧ-1, циркулирующих в г.Череповце Вологодской области: второй случай эпидемической вспышки, вызванной рекомбинантом gagAenvB // Вопросы вирусологии. 2008. Т. 53, № 5. С. 23–27.Kazennova E.V., Bronnikova A.V., Kuzin S.N. et al. Molecular genetic characteristics of HIV-1 variants circulating in the city of Cherepovets, Vologda Oblast: the second case of an epidemic outbreak caused by the recombinant gagAenvB. Issues in Virology, 2008, Vol. 53, No. 5, pp. 23–27 (In Russ.).Курганова Т.Ю., Мельникова Т.Н., Огурцова С.В., Белякова Н.А. Доминирующие причины повышенной заболеваемости ВИЧ-инфекцией, новая волна срединаркопотребителей в Вологодской области // ВИЧ-инфекция и иммуносупрессии. 2018. Т. 10, № 4. С. 83–89.Kurganova T.Yu., Melnikova T.N., Ogurtsova S.V., Belyakova N.A. The dominant causes of increased incidence of HIV infection, a new wave of drug users in the Vologda region. HIV infection and immunosuppression, 2018, Vol. 10, No. 4, pp. 83–89 (In Russ.).Беляков Н.А., Лиознов Д.А., Коновалова Н.В. и др. Эпидемиология и тенденции развития эпидемии ВИЧ-инфекции на Северо-Западе Российской Федерации // Медицинский академический журнал. 2015. Т. 15. № 4. С. 59–69.Belyakov N.A., Lioznov D.A., Konovalova N.V. et al. Epidemiology and development trends of the HIV epidemic in the North-West of the Russian Federation. Medical Academic Journal, 2015, Vol. 15, No. 4, pp. 59–69 (In Russ.).ВИЧ-инфекция и коморбидные состояния в Северо-Западном федеральном округе Российской Федерации в 2016 году: аналитический обзор / под ред. Н.А.Белякова. СПб.: ФБУН НИИЭМ имени Пастера, 2017. 52 c.HIV infection and comorbid conditions in the Northwestern Federal District of the Russian Federation in 2016: an analytical review / ed. N.A.Belyakov. Saint Petersburg: FBSI NIIEM named after Pasteur, 2017, 52 p. (In Russ.).Miller SA, Dykes DD, Polesky HF. A simple salting out procedure for extracting DNA from human nucleated cellsTamura K., Stecher G., Peterson D., Filipski A., Kumar S. MEGA6: Molecular Evolutionary Genetics Analysis version 6.0 // Mol. Biol. Evol. 2013. Vol. 30, No. 12. P. 2725–2729.Miller SA, Dykes DD, Polesky HF. A simple salting out procedure for extracting DNA from human nucleated cellsTamura K., Stecher G., Peterson D., Filipski A., Kumar S. MEGA6: Molecular Evolutionary Genetics Analysis version 6.0 // Mol. Biol. Evol. 2013. Vol. 30, No. 12. P. 2725–2729.Nguyen LT., Schmidt HA., von Haeseler A., Minh BQ. IQ-TREE: a fast and effective stochastic algorithm for estimating maximumlikelihood phylogenies // Mol Biol Evol. 2015. Vol. 32, No. 1. P. 268–274.Nguyen LT., Schmidt HA., von Haeseler A., Minh BQ. IQ-TREE: a fast and effective stochastic algorithm for estimating maximumlikelihood phylogenies // Mol Biol Evol. 2015. Vol. 32, No. 1. P. 268–274.Baryshev P., Bogachev V., Gashnikova No Genetic characterization of an isolate of HIV type 1 AG recombinant form circulating in Siberia, Russia // Arch. Virol. 2012. Vol. 157, No. 12. P. 2335–2341.Baryshev P., Bogachev V., Gashnikova No Genetic characterization of an isolate of HIV type 1 AG recombinant form circulating in Siberia, Russia // Arch. Virol. 2012. Vol. 157, No. 12. P. 2335–2341.Esteves, A., Parreira, R., Venenno, T., Franco, M., Piedade, J., Germano de Sousa, J., & Canas-Ferreira, W. F. (2002). Molecular Epidemiology of HIV Type 1 Infection in Portugal: High Prevalence of Non-B Subtypes // AIDS Research and Human Retroviruses. 2002. Vol. 18, No. 5. P. 313–325.Esteves, A., Parreira, R., Venenno, T., Franco, M., Piedade, J., Germano de Sousa, J., & Canas-Ferreira, W. F. (2002). Molecular Epidemiology of HIV Type 1 Infection in Portugal: High Prevalence of Non-B Subtypes // AIDS Research and Human Retroviruses. 2002. Vol. 18, No. 5. P. 313–325.Delatorre E, Mir D, Bello G. Spatiotemporal dynamics of the HIV-1 subtype G epidemic in West and Central Africa // PLoS One. 2014. No. 9. e98908.Delatorre E, Mir D, Bello G. Spatiotemporal dynamics of the HIV-1 subtype G epidemic in West and Central Africa // PLoS One. 2014. No. 9. e98908.Streeck H., Li B., Poon A.F. et al. Immune-driven recombination and loss of control after HIVsuperinfection // J. Exp. Med. 2008. Vol. 205, No. 8. P. 1789–1796.Streeck H., Li B., Poon A.F. et al. Immune-driven recombination and loss of control after HIVsuperinfection // J. Exp. Med. 2008. Vol. 205, No. 8. P. 1789–1796.Kellam P., Larder B.A. Retroviral recombination can lead to linkage of reverse transcriptase mutations that confer increased zidovudine resistance // J. Virol. 1995. Vol. 69, No. 2. P. 669–674.Kellam P., Larder B.A. Retroviral recombination can lead to linkage of reverse transcriptase mutations that confer increased zidovudine resistance // J. Virol. 1995. Vol. 69, No. 2. P. 669–674.Woo J., Robertson D.L., Lovell S. C. Constraints from protein structure and intra-molecular coevolution influence the fitness of HIV-1 recombinants // Virology. 2014. Vol. 454–455. P. 34–39.Woo J., Robertson D.L., Lovell S. C. Constraints from protein structure and intra-molecular coevolution influence the fitness of HIV-1 recombinants // Virology. 2014. Vol. 454–455. P. 34–39.

The authors declare that there are no conflicts of interest present.