aidsВИЧ-инфекция и иммуносупрессииHIV Infection and Immunosuppressive Disorders2077-9828Baltic Medical Education Center10.22328/2077-9828-2021-13-1-106-114aids-615Research ArticleОРИГИНАЛЬНЫЕ ИССЛЕДОВАНИЯORIGINAL STUDIESИспользование метода филогенетического анализа при проведении эпидемиологического расследования случая заражения ВИЧ-инфекцией в педиатрической практикеUse of the method of phylogenetic analysis in an epidemiological investigation in case of HIV infection in pediatric practiceКруглякС. П.KruglyakS. P.

Кругляк Светлана Петровна — кандидат медицинских наук, заведующий лабораторным отделением

690000, Владивосток, ул. Борисенко, д. 50

Vladivostok

ms.eva2009@mail.ruКотоваВ. О.KotovaV. O.

Котова Валерия Олеговна — заведующий лабораторией эпидемиологии и профилактики вирусных гепатитов и СПИДа

680610, Хабаровск, ул. Шевченко, д. 2

SPIN-код: 5424–8491

Khabarovsk

dvaids@mail.ruМирошниченкоЕ. И.MiroshnichenkoE. I.

Елена Ивановна — заведующий отделом эпидемиологического надзора

690000, Владивосток, ул. Борисенко, д. 50

Vladivostok

reva-vl@yandex.ruСкалийО. А.SkalyO. A.

Скалий Ольга Артуровна — врач-педиатр

690000, Владивосток, ул. Борисенко, д. 50

Vladivostok

kcspid@mail.ruМахноЕ. С.MakhnoE. S.

Махно Екатерина Савельевна — врач-лаборант

690000, Владивосток, ул. Борисенко, д. 50

Vladivostok

Katerina196150@gmail.comГришкевичТ. В.GrishkevichT. V.

Гришкевич Татьяна Владиславовна — врач-эпидемиолог отдела эпидемиологического надзора

690000, Владивосток, ул. Борисенко, д. 50

Vladivostok

tanya050765@mail.ruhttps://orcid.org/0000-0001-8466-2826СклярЛ. Ф.SklyarL. F.

Скляр Лидия Федоровна — доктор медицинских наук, заместитель главного врача; профессор

690000, Владивосток, ул. Борисенко, д. 50

690091, Приморский край, г. Владивосток, ул. Суханова, д. 8

SPIN-код: 7001–8975

Vladivostok

lidiya.sklyar@hotmail.comБениоваС. Н.BeniovaS. N.

Бениова Светлана Николаевна — доктор медицинских наук, профессор, главный врач; профессор

690105, Владивосток, ул. Русская, д. 55

690091, Приморский край, г. Владивосток, ул. Суханова, д. 8

SPIN-код: 9715–7742

Vladivostok

office@kkb2.ruhttps://orcid.org/0000-0003-3746-5875ГригорянО. М.GrigorianO. M.

Григорян Ованнес Мнацаканович — врач ультразвуковой диагностики; аспирант

690000, Владивосток, ул. Борисенко, д. 50

690091, Приморский край, г. Владивосток, ул. Суханова, д. 8

SPIN-код: 3102–2994

Vladivostok

ov.grigorian@mail.ruБалахонцеваЛ. А.BalakhontsevaL. A.

Балахонцева Людмила Анатольевна — руководитель Дальневосточного окружного центра по профилактике и борьбе со СПИД

680610, Хабаровск, ул. Шевченко, д. 2

SPIN-код: 6061–0551

Khabarovsk

dvaids@mail.ruТроценкоО. Е.TrotsenkoO. E.

Троценко Ольга Евгеньевна — доктор медицинских наук, директор

680610, Хабаровск, ул. Шевченко, д. 2

SPIN-код: 1088–8195

Khabarovsk

adm@hniiem.ruКраевая клиническая больница № 2, Центр по профилактике и борьбе со СПИД и инфекционными заболеваниямиРоссияRegional Clinical Hospital No 2 — Center for Prevention and Control of AIDS and Infectious DiseasesRussian FederationХабаровский научно-исследовательский институт эпидемиологии и микробиологииРоссияKhabarovsk Research Institute of Epidemiology and Microbiology of RospotrebnadzorRussian FederationКраевая клиническая больница № 2, Центр по профилактике и борьбе со СПИД и инфекционными заболеваниями; Дальневосточный федеральный университет, Школа биомедициныРоссияRegional Clinical Hospital No 2 — Center for Prevention and Control of AIDS and Infectious Diseases; Far Eastern Federal University, School of BiomedicineRussian Federation202127042021131106114Copyright © Кругляк С.П., Котова В.О., Мирошниченко Е.И., Скалий О.А., Махно Е.С., Гришкевич Т.В., Скляр Л.Ф., Бениова С.Н., Григорян О.М., Балахонцева Л.А., Троценко О.Е., 20212021Кругляк С.П., Котова В.О., Мирошниченко Е.И., Скалий О.А., Махно Е.С., Гришкевич Т.В., Скляр Л.Ф., Бениова С.Н., Григорян О.М., Балахонцева Л.А., Троценко О.Е.Kruglyak S.P., Kotova V.O., Miroshnichenko E.I., Skaly O.A., Makhno E.S., Grishkevich T.V., Sklyar L.F., Beniova S.N., Grigorian O.M., Balakhontseva L.A., Trotsenko O.E.Данная работа распространяется под лицензией Creative Commons Attribution 4.0.This work is licensed under a Creative Commons Attribution 4.0 License.https://hiv.bmoc-spb.ru/jour/article/view/615

Целью исследования было изучение основных путей и факторов риска инфицирования ребенка ВИЧ, установление вероятного источника его инфицирования, а также исключение возможности криминального или нозокомиального заражения.

Материалы и методы

Материалы и методы. На первом этапе выполнялось эпидемиологическое расследование. Затем проводился молекулярно-генетический анализ двух исследуемых образцов плазмы крови (ребенка и матери) и группы сравнения с использованием 18 нуклеотидных последовательностей вариантов ВИЧ-1, полученных от пациентов, проживающих в Приморском крае, и 8 охарактеризованных нуклеотидных последовательностей, дополнительно взятых из международной базы данных GenBank. Расчет дистанций и филогенетический анализ выполняли путем построения филогенетических деревьев методом Maximum Likelihood с использованием модели эволюции GTR.

Результаты исследований

Результаты исследований. Полученные данные свидетельствуют, что нуклеотидная последовательность, полученная от ребенка, наиболее сходна с нуклеотидной последовательностью, полученной от матери (потенциального источника), они достоверно группируются на филогенетическом дереве, образуя общий кластер, отличный от образцов группы сравнения. Это свидетельствует о вероятности наличия эпидемиологической связи между случаями ВИЧ-инфекции у матери и ее ребенка.

Заключение

Заключение. По результатам данного исследования можно сделать вывод о заражении ребенка от ВИЧ-инфицированной матери, ориентировочно в возрасте старше 4 лет, когда у него был получен последний отрицательный результат тестирования на маркеры ВИЧ.

The aim of the study is to study the main pathways and risk factors for HIV infection in a child, to establish a probable source of infection for a child, as well as to exclude the possibility of criminal or nosocomial infection.

Materials and methods

Materials and methods. At the first stage, an epidemiological investigation was conducted. Next, a molecular genetic analysis of two blood plasma samples studied (child and mother) and a comparison group were used, in which 18 nucleotide sequences of HIV-1 variants were used, obtained from patients living in the Primorsky Region, and 8 characterized nucleotide sequences additionally taken from GenBank international database. Distance calculation and phylogenetic analysis were performed by constructing phylogenetic trees using the Maximum Likelihood method using the GTR evolution model.

Research results

Research results. The data obtained indicate that the nucleotide sequence from the child is most similar to the nucleotide sequence from the mother (potential source) and reliably grouped on the phylogenetic tree, forming a common cluster that is different from the samples of the comparison group. This indicates the likelihood of an epidemiological link between HIV infections in the mother and her child.

Conclusion

Conclusion. According to the results of this study, we can conclude that the child is infected from an HIV-infected mother, approximately at the age of a child older than 4 years old, when he received the last negative test result for HIV markers.

ВИЧ-инфекциягенотипированиефилогенетический анализпедиатрияHIV infectiongenotypingphylogenetic analysispediatricsReferencesЖенщина, ребенок и ВИЧ / под ред. Н.А.Белякова, Н.Ю.Рахманиной, А.Г.Рахмановой. СПб.: Балтийский медицинский образовательный центр, 2012. 600 с.Woman, child and HIV. Ed. N.A.Belyakov, N.Yu.Rakhmanina, A.G.Rakhmanova. Saint Petersburg: Baltic medical education center, 2012, 600 p. (In Russ.).Оказание помощи женщинам и детям с ВИЧ-инфекцией: медицинский тематический архив / под ред. Н.А.Белякова, А.В.Самариной. СПб.: Балтийский медицинский образовательный центр, 2013. № 3. 166 с.Assisting women and children with HIV infection: medical thematic archive, еd. N.A.Belyakov, A.V.Samarina. Saint Petersburg: Baltic medical education center, 2013, No. 3, 166 p. (In Russ.).Лопатухин А., Ладная Н., Кириллова Н., Киреев Д., Никотина Л., Щепинова О., Коннова Т. Применение методов генотипирования ВИЧ и филогенетического анализа при эпидемиологическом расследовании // Врач. 2015. № 2. С. 2–5.Lopatukhin A., Ladnaya N., Kirillova N., Kireev D., Nikotina L., Schepinova O., Konnova T. Application of HIV genotyping and phylogenetic analysis in epidemiological investigations. Doctor, 2015, No. 2, рp. 2–5. (In Russ.).Abecasis A.B., Pingarilho M., Vandamme A.M. Phylogenetic analysis as a forensic tool in HIV transmission investigations // AIDS. 2018. Vol. 32. No. 5. Р. 543–554.Abecasis A.B., Pingarilho M., Vandamme A.M. Phylogenetic analysis as a forensic tool in HIV transmission investigations // AIDS. 2018. Vol. 32. No. 5. Р. 543–554.Лопатухин А.Э., Киреев Д.Е., Поляков А.Н., Букин Е.К., Kaiser R., Luebke N., Куевда Д.А., Шипулин Г.А. Первый опыт применения стандартизированной генотипической методики определения тропизма ВИЧ // Клиническая лабораторная диагностика. 2013. № 6. C. 46–48.Lopatukhin A.E., Kireev D.E., Polyakov A.N., Bukin E.K., Kaiser R., Luebke N., Kuevda D.A., Shipulin G.A. The first experience of using a standardized genotypic technique for determining HIV tropism. Clinical laboratory diagnostics, 2013, No. 6, рp. 46–48 (In Russ.).Лага В.Ю., Казеннова Е.В., Васильев А.В., Лаповок И.А., Исмаилова А., Бейшеева Н., Асыбалиева Н., Бобкова М.Р. Молекулярно-генетическая характеристика вариантов ВИЧ-1, распространенных на территории Киргизии // Вопросы вирусологии. 2012. Т. 57, № 5. С. 26–32.Laga V.Yu., Kazennova E.V., Vasiliev A.V., Lapovok I.A., Ismailova A., Beisheeva N., Asybalieva N., Bobkova M.R. Molecular genetic characteristics of HIV-1 variants prevalent in Kyrgyzstan. Issues of Virology, 2012, Vol. 57, No. 5, рp. 26–32 (In Russ.).Tamura K., Stecher G., Peterson D., Filipski A., Kumar S. MEGA6: Molecular Evolutionary Genetics Analysis version 6.0 // Mol. Biol. Evol. 2013. Vol. 30, No. 12. Р. 2725–2729.Tamura K., Stecher G., Peterson D., Filipski A., Kumar S. MEGA6: Molecular Evolutionary Genetics Analysis version 6.0 // Mol. Biol. Evol. 2013. Vol. 30, No. 12. Р. 2725–2729.Лопатухин А.Э., Киреев Д.Е., Куевда Д.А. Возможности молекулярных методов при проведении эпидемиологического расследования случаев ВИЧ-инфекции // Материалы X съезда Всероссийского научно-практического общества эпидемиологов, микробиологов и паразитологов. М., 2012. С. 417–418.Lopatukhin A.E., Kireev D.E., Kuevda D.A. The possibilities of molecular methods in conducting an epidemiological investigation of HIV infections. Materials of the X Congress of the All-Russian Scientific and Practical Society of Epidemiologists, Microbiologists and Parasitologists. Moscow, 2012, рp. 417–418 (In Russ.).

The authors declare that there are no conflicts of interest present.