<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>
<!DOCTYPE article PUBLIC "-//NLM//DTD JATS (Z39.96) Journal Publishing DTD v1.3 20210610//EN" "JATS-journalpublishing1-3.dtd">
<article article-type="research-article" dtd-version="1.3" xmlns:mml="http://www.w3.org/1998/Math/MathML" xmlns:xlink="http://www.w3.org/1999/xlink" xmlns:xsi="http://www.w3.org/2001/XMLSchema-instance" xml:lang="ru"><front><journal-meta><journal-id journal-id-type="publisher-id">aids</journal-id><journal-title-group><journal-title xml:lang="ru">ВИЧ-инфекция и иммуносупрессии</journal-title><trans-title-group xml:lang="en"><trans-title>HIV Infection and Immunosuppressive Disorders</trans-title></trans-title-group></journal-title-group><issn pub-type="ppub">2077-9828</issn><publisher><publisher-name>Baltic Medical Education Center</publisher-name></publisher></journal-meta><article-meta><article-id pub-id-type="doi">10.22328/2077-9828-2022-14-2-20-30</article-id><article-id custom-type="elpub" pub-id-type="custom">aids-718</article-id><article-categories><subj-group subj-group-type="heading"><subject>Research Article</subject></subj-group><subj-group subj-group-type="section-heading" xml:lang="ru"><subject>ОРИГИНАЛЬНЫЕ ИССЛЕДОВАНИЯ</subject></subj-group><subj-group subj-group-type="section-heading" xml:lang="en"><subject>ORIGINAL STUDIES</subject></subj-group></article-categories><title-group><article-title>Генетический профиль и характеристика мутаций лекарственной устойчивости ВИЧ-1 на территории Краснодарского края в период 2014–2019 гг.</article-title><trans-title-group xml:lang="en"><trans-title>Genetic profile and characteristics of HIV-1 drug resistance mutation in the Krasnodar region over the 2014 to 2019</trans-title></trans-title-group></title-group><contrib-group><contrib contrib-type="author" corresp="yes"><contrib-id contrib-id-type="orcid">https://orcid.org/0000-0002-9180-9846</contrib-id><name-alternatives><name name-style="eastern" xml:lang="ru"><surname>Антонова</surname><given-names>А. А.</given-names></name><name name-style="western" xml:lang="en"><surname>Antonova</surname><given-names>А. А.</given-names></name></name-alternatives><bio xml:lang="ru"><p>Антонова Анастасия Александровна — младший научный сотрудник лаборатории вирусов лейкозов</p><p>123098, Москва, ул. Гамалеи, д. 18</p></bio><bio xml:lang="en"><p>Anastasia A. Antonova </p><p>Moscow</p></bio><email xlink:type="simple">aantonova1792@gmail.com</email><xref ref-type="aff" rid="aff-1"/></contrib><contrib contrib-type="author" corresp="yes"><contrib-id contrib-id-type="orcid">https://orcid.org/0000-0002-6221-5678</contrib-id><name-alternatives><name name-style="eastern" xml:lang="ru"><surname>Туманов</surname><given-names>А. С.</given-names></name><name name-style="western" xml:lang="en"><surname>Tumanov</surname><given-names>А. S.</given-names></name></name-alternatives><bio xml:lang="ru"><p>Туманов Александр Сергеевич — научный сотрудник</p><p>123098, Москва, ул. Гамалеи, д. 18</p><p>SPIN 5393–9522 </p></bio><bio xml:lang="en"><p>Moscow</p></bio><email xlink:type="simple">desep@mail.ru</email><xref ref-type="aff" rid="aff-1"/></contrib><contrib contrib-type="author" corresp="yes"><contrib-id contrib-id-type="orcid">https://orcid.org/0000-0001-6787-9345</contrib-id><name-alternatives><name name-style="eastern" xml:lang="ru"><surname>Лебедев</surname><given-names>А. В.</given-names></name><name name-style="western" xml:lang="en"><surname>Lebedev</surname><given-names>А. V.</given-names></name></name-alternatives><bio xml:lang="ru"><p>Лебедев Алексей Владимирович — к.м.н., научный сотрудник </p><p>123098, Москва, ул. Гамалеи, д. 18</p><p>SPIN 3762–3285</p></bio><bio xml:lang="en"><p>Moscow</p></bio><email xlink:type="simple">lebedevalesha236@gmail.com</email><xref ref-type="aff" rid="aff-1"/></contrib><contrib contrib-type="author" corresp="yes"><contrib-id contrib-id-type="orcid">https://orcid.org/0000-0002-7912-4270</contrib-id><name-alternatives><name name-style="eastern" xml:lang="ru"><surname>Казеннова</surname><given-names>Е. В.</given-names></name><name name-style="western" xml:lang="en"><surname>Kozyennova</surname><given-names>Е. V.</given-names></name></name-alternatives><bio xml:lang="ru"><p>Казеннова Елена Валерьевна — д.м.н., ведущий научный сотрудник</p><p>123098, Москва, ул. Гамалеи, д. 18</p><p>SPIN 4171–1578 </p></bio><bio xml:lang="en"><p>Moscow</p></bio><email xlink:type="simple">kazennova@rambler.ru</email><xref ref-type="aff" rid="aff-1"/></contrib><contrib contrib-type="author" corresp="yes"><name-alternatives><name name-style="eastern" xml:lang="ru"><surname>Глинкина</surname><given-names>Л. Н.</given-names></name><name name-style="western" xml:lang="en"><surname>Glinkina</surname><given-names>L. N.</given-names></name></name-alternatives><bio xml:lang="ru"><p>Глинкина Лариса Николаевна — научный сотрудник</p><p>123098, Москва, ул. Гамалеи, д. 18</p></bio><bio xml:lang="en"><p>Moscow</p></bio><email xlink:type="simple">laress77@bk.ru</email><xref ref-type="aff" rid="aff-1"/></contrib><contrib contrib-type="author" corresp="yes"><name-alternatives><name name-style="eastern" xml:lang="ru"><surname>Кулагин</surname><given-names>В. В.</given-names></name><name name-style="western" xml:lang="en"><surname>Kulagin</surname><given-names>V. V.</given-names></name></name-alternatives><bio xml:lang="ru"><p>Кулагин Валерий Викторович — к.м.н., главный врач</p><p>350015, Краснодарский край, г. Краснодар, ул. Митрофана Седина, д. 204/2</p></bio><bio xml:lang="en"><p>Krasnodar</p></bio><email xlink:type="simple">aidskuban@mail.ru</email><xref ref-type="aff" rid="aff-2"/></contrib><contrib contrib-type="author" corresp="yes"><contrib-id contrib-id-type="orcid">https://orcid.org/0000-0003-1637-4229</contrib-id><name-alternatives><name name-style="eastern" xml:lang="ru"><surname>Шемшура</surname><given-names>А. Б.</given-names></name><name name-style="western" xml:lang="en"><surname>Shemshura</surname><given-names>А. B.</given-names></name></name-alternatives><bio xml:lang="ru"><p>Шемшура Андрей Борисович — к.м.н., врач клинической лабораторной диагностики клинико-диагностической лаборатории </p><p>350015, Краснодарский край, г. Краснодар, ул. Митрофана Седина, д. 204/2</p><p>SPIN 6151–1351</p></bio><bio xml:lang="en"><p>Krasnodar</p></bio><email xlink:type="simple">shemsh@mail.ru</email><xref ref-type="aff" rid="aff-2"/></contrib><contrib contrib-type="author" corresp="yes"><name-alternatives><name name-style="eastern" xml:lang="ru"><surname>Лебедев</surname><given-names>П. В.</given-names></name><name name-style="western" xml:lang="en"><surname>Lebedev</surname><given-names>P. V.</given-names></name></name-alternatives><bio xml:lang="ru"><p>Лебедев Павел Васильевич — к.м.н., заместитель главного врача по эпидемиологическим вопросам</p><p>350015, Краснодарский край, г. Краснодар, ул. Митрофана Седина, д. 204/2</p></bio><bio xml:lang="en"><p>Krasnodar</p></bio><email xlink:type="simple">pavel.lebedev@inbox.ru</email><xref ref-type="aff" rid="aff-2"/></contrib><contrib contrib-type="author" corresp="yes"><name-alternatives><name name-style="eastern" xml:lang="ru"><surname>Хотелева</surname><given-names>Л. В.</given-names></name><name name-style="western" xml:lang="en"><surname>Khoteleva</surname><given-names>L. V.</given-names></name></name-alternatives><bio xml:lang="ru"><p>Хотелева Людмила Валерьевна — заведующая клинико-диагностической лабораторией</p><p>350015, Краснодарский край, г. Краснодар, ул. Митрофана Седина, д. 204/2</p></bio><bio xml:lang="en"><p>Krasnodar</p></bio><email xlink:type="simple">hoteleval@mail.ru</email><xref ref-type="aff" rid="aff-2"/></contrib><contrib contrib-type="author" corresp="yes"><contrib-id contrib-id-type="orcid">https://orcid.org/0000-0001-5481-8957</contrib-id><name-alternatives><name name-style="eastern" xml:lang="ru"><surname>Бобкова</surname><given-names>М. Р.</given-names></name><name name-style="western" xml:lang="en"><surname>Bobkova</surname><given-names>M. R.</given-names></name></name-alternatives><bio xml:lang="ru"><p>Бобкова Марина Ридовна — д.м.н., заведующая лабораторией вирусов лейкозов</p><p>123098, Москва, ул. Гамалеи, д. 18</p><p>SPIN 3912–8165 </p></bio><bio xml:lang="en"><p>Moscow</p></bio><email xlink:type="simple">mrbobkova@mail.ru</email><xref ref-type="aff" rid="aff-1"/></contrib></contrib-group><aff-alternatives id="aff-1"><aff xml:lang="ru"><institution>Национальный исследовательский центр эпидемиологии и микробиологии имени почетного академика Н. Ф. Гамалеи</institution><country>Россия</country></aff><aff xml:lang="en"><institution>The National Research Centre of Epidemiology and Microbiology of Honorary Academician N. F. Gamaley</institution><country>Russian Federation</country></aff></aff-alternatives><aff-alternatives id="aff-2"><aff xml:lang="ru"><institution>Клинический центр профилактики и борьбы со СПИД</institution><country>Россия</country></aff><aff xml:lang="en"><institution>Clinical Centre of AIDS Prevention and Control</institution><country>Russian Federation</country></aff></aff-alternatives><pub-date pub-type="collection"><year>2022</year></pub-date><pub-date pub-type="epub"><day>30</day><month>08</month><year>2022</year></pub-date><volume>14</volume><issue>2</issue><fpage>20</fpage><lpage>30</lpage><permissions><copyright-statement>Copyright &amp;#x00A9; Антонова А.А., Туманов А.С., Лебедев А.В., Казеннова Е.В., Глинкина Л.Н., Кулагин В.В., Шемшура А.Б., Лебедев П.В., Хотелева Л.В., Бобкова М.Р., 2022</copyright-statement><copyright-year>2022</copyright-year><copyright-holder xml:lang="ru">Антонова А.А., Туманов А.С., Лебедев А.В., Казеннова Е.В., Глинкина Л.Н., Кулагин В.В., Шемшура А.Б., Лебедев П.В., Хотелева Л.В., Бобкова М.Р.</copyright-holder><copyright-holder xml:lang="en">Antonova А.А., Tumanov А.S., Lebedev А.V., Kozyennova Е.V., Glinkina L.N., Kulagin V.V., Shemshura А.B., Lebedev P.V., Khoteleva L.V., Bobkova M.R.</copyright-holder><license xml:lang="ru" license-type="creative-commons-attribution" xlink:href="https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/" xlink:type="simple"><license-p>Данная работа распространяется под лицензией Creative Commons Attribution 4.0.</license-p></license><license xml:lang="en" license-type="creative-commons-attribution" xlink:href="https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/" xlink:type="simple"><license-p>This work is licensed under a Creative Commons Attribution 4.0 License.</license-p></license></permissions><self-uri xlink:href="https://hiv.bmoc-spb.ru/jour/article/view/718">https://hiv.bmoc-spb.ru/jour/article/view/718</self-uri><abstract><p>Цель. Молекулярно-генетический анализ вариантов ВИЧ-1, циркулировавших на территории Краснодарского края в период с 2014 по 2019 г., включая анализ мутаций лекарственной устойчивости.Материалы и методы. В исследовании были использованы коллекции образцов, полученные в период с 2014 по 2019 г. от 478 ВИЧ-инфицированных лиц, проживавших на территории Краснодарского края, из них 155 получали антиретровирусную терапию (АРТ). Проведено генотипирование полученных образцов с последующим филогенетическим анализом, а также детальный анализ выявленных уникальных рекомбинантных форм ВИЧ-1.Результаты. Показано, что на территории Краснодарского края продолжает доминировать ВИЧ-1 суб-субтипа A6 (80,5%), вторым по частоте встречаемости является генетический вариант B (9,2%). Также были обнаружены 11 уникальных рекомбинантных форм (URFs), 10 из которых являются результатом рекомбинации генетических вариантов A6 и В. Мутации лекарственной устойчивости были зарегистрированы у 114 пациентов, получающих АРТ (73,6%); основные мутации — M184V и A62V. Условный показатель передающейся лекарственной устойчивости в популяции наивных пациентов составил 4,6% (15/323); основные мутации — K103N и G190S.Заключение. Выполнен анализ генетического профиля и мутаций лекарственной устойчивости ВИЧ-1 на территории Краснодарского края в период с 2014 по 2019 г.</p></abstract><trans-abstract xml:lang="en"><p>Objective. Molecular genetic analysis of AIDS-1, having spread in the territory of Krasnodar region over the 2014 to 2019, including analysis of drug resistance mutationMaterials and methods. The study used the collection of samples, obtained from 478 HIV-infected people, living in the territory of Krasnodar region over the 2014 to 2019; out of them 155 received antiretroviral therapy (ART). Genotyping of the obtained samples was carried out with the further phylogenetic analysis, including detailed analysis of identified unique recombinant forms of HIV-1.Results. It is shown that HIV-1 sub-subtype A6 (80,5%) continues dominating in the territory of Krasnodar region, genetic variant B (9,2%) is the second most common one. Also 11 unique recombinant forms (URFs) were discovered, 10 out of which are the result of A6 and B genetic variants recombination. Drug resistance mutations were registered with 114 patients, received ART (73,6%); primary mutations — M184V and A62V. Provisional indicator of transmissible drug resistance in the population of naïve patients is 4,6% (15/323); primary mutations — K103N и G190S. Conclusion. The analysis of genetic profile and HIV-1 drug resistance mutation is carried out in the territory of Krasnodar region over the 2014 to 2019.</p></trans-abstract><kwd-group xml:lang="ru"><kwd>ВИЧ-1</kwd><kwd>субтипы ВИЧ-1</kwd><kwd>филогенетический анализ</kwd><kwd>уникальные рекомбинантные формы</kwd><kwd>мутации лекарственной устойчивости</kwd></kwd-group><kwd-group xml:lang="en"><kwd>HIV-1</kwd><kwd>subtype HIV-1</kwd><kwd>phylogenetic analysis</kwd><kwd>unique recombinant forms</kwd><kwd>drug resistance mutation</kwd></kwd-group><funding-group><funding-statement xml:lang="ru">Исследование выполнено за счет средств гранта Российского научного фонда № 22-15-00117, https://rscf.ru/project/22-15-00117.</funding-statement></funding-group></article-meta></front><back><ref-list><title>References</title><ref id="cit1"><label>1</label><citation-alternatives><mixed-citation xml:lang="ru">Foley B.T., Leitner T., Paraskevis D., Peeter M. Primate immunodeficiency virus classification and nomenclature // Infect Genet Evol. 2016. Vol. 46. Р. 150–158. doi: 10.1016/j.meegid.2016.10.018.</mixed-citation><mixed-citation xml:lang="en">Foley B.T., Leitner T., Paraskevis D., Peeter M. Primate immunodeficiency virus classification and nomenclature // Infect Genet Evol. 2016. Vol. 46. Р. 150–158. doi: 10.1016/j.meegid.2016.10.018.</mixed-citation></citation-alternatives></ref><ref id="cit2"><label>2</label><citation-alternatives><mixed-citation xml:lang="ru">Yamaguchi J., Vallari A., McArthur C., Sthreshley L., Cloherty G.A., Berg M.G., Rodgers M.A. Brief Report: Complete Genome Sequence of CG- 0018a-01 Establishes HIV-1 Suptype L // J. Acquir. Immune Defic Syndr. 2020. Vol. 83, No. 3. Р. 319–322. doi: 10.1097/QAI.0000000000002246.</mixed-citation><mixed-citation xml:lang="en">Yamaguchi J., Vallari A., McArthur C., Sthreshley L., Cloherty G.A., Berg M.G., Rodgers M.A. Brief Report: Complete Genome Sequence of CG- 0018a-01 Establishes HIV-1 Suptype L // J. Acquir. Immune Defic Syndr. 2020. Vol. 83, No. 3. Р. 319–322. doi: 10.1097/QAI.0000000000002246.</mixed-citation></citation-alternatives></ref><ref id="cit3"><label>3</label><citation-alternatives><mixed-citation xml:lang="ru">Lau K.A., Wong J.J.L. Current Trends of HIV Recombination Worldwide // Infect. Dis. Rep. 2013. Vol. 5 (Suppl. 1). doi: 10.4081/idr.2013.s1.e4.</mixed-citation><mixed-citation xml:lang="en">Lau K.A., Wong J.J.L. Current Trends of HIV Recombination Worldwide // Infect. Dis. Rep. 2013. Vol. 5 (Suppl. 1). doi: 10.4081/idr.2013.s1.e4.</mixed-citation></citation-alternatives></ref><ref id="cit4"><label>4</label><citation-alternatives><mixed-citation xml:lang="ru">Baryshev P.B., Bogachev V.V., Gashnikova N.M. HIV-1 Genetic Diversity in Russia: CRF63_02A1, a New HIV Type 1 Genetic Variant Spreading in Siberia // AIDS Res. Hum. Retroviruses. 2014. Vol. 30, No. 6. Р. 592–597. doi: 10.1089/aid.2013.0196.</mixed-citation><mixed-citation xml:lang="en">Baryshev P.B., Bogachev V.V., Gashnikova N.M. HIV-1 Genetic Diversity in Russia: CRF63_02A1, a New HIV Type 1 Genetic Variant Spreading in Siberia // AIDS Res. Hum. Retroviruses. 2014. Vol. 30, No. 6. Р. 592–597. doi: 10.1089/aid.2013.0196.</mixed-citation></citation-alternatives></ref><ref id="cit5"><label>5</label><citation-alternatives><mixed-citation xml:lang="ru">Лаповок И.А., Лопатухин А.Э., Киреев Д.Е., Казеннова Е.В., Лебедев А.В., Бобкова М.Р., Коломеец А.Н., Турбина Г.И., Шипулин Г.А., Ладная Н.Н., Покровский В.В. Молекулярно-эпидемиологический анализ вариантов ВИЧ-1, циркулировавших в России в 1987–2015 гг. // Терапевтический архив. 2017. Т. 89, № 11. С. 44–49. [Lapovok I.A., Lopatukhin A.E., Kireev D.E., Kazennova E.V., Lebedev A.V., Bobkova M.R. Molecular epidemiological analysis of HIV-1 variants circulating in Russia in 1987–2015. Therapeutic archive, 2017, Vol. 89, No. 11, рр. 44–49. doi: 10.17116/terarkh2017891144–49 (In Russ.)].</mixed-citation><mixed-citation xml:lang="en">Лаповок И.А., Лопатухин А.Э., Киреев Д.Е., Казеннова Е.В., Лебедев А.В., Бобкова М.Р., Коломеец А.Н., Турбина Г.И., Шипулин Г.А., Ладная Н.Н., Покровский В.В. Молекулярно-эпидемиологический анализ вариантов ВИЧ-1, циркулировавших в России в 1987–2015 гг. // Терапевтический архив. 2017. Т. 89, № 11. С. 44–49. [Lapovok I.A., Lopatukhin A.E., Kireev D.E., Kazennova E.V., Lebedev A.V., Bobkova M.R. Molecular epidemiological analysis of HIV-1 variants circulating in Russia in 1987–2015. Therapeutic archive, 2017, Vol. 89, No. 11, рр. 44–49. doi: 10.17116/terarkh2017891144–49 (In Russ.)].</mixed-citation></citation-alternatives></ref><ref id="cit6"><label>6</label><citation-alternatives><mixed-citation xml:lang="ru">DeHovitz J., Uuskula A., El-Bassel N. The HIV Epidemic in Eastern Europe and Central Asia // CurrHIV/AIDSRep. 2014, Vol. 11, No. 2. Р. 168–176. doi: 10.1007/s11904-014-0202-3.</mixed-citation><mixed-citation xml:lang="en">DeHovitz J., Uuskula A., El-Bassel N. The HIV Epidemic in Eastern Europe and Central Asia // CurrHIV/AIDSRep. 2014, Vol. 11, No. 2. Р. 168–176. doi: 10.1007/s11904-014-0202-3.</mixed-citation></citation-alternatives></ref><ref id="cit7"><label>7</label><citation-alternatives><mixed-citation xml:lang="ru">Aibekova L., Foley B., Hortelano G., Raees M., Abdraimov S., Toichuev R. et al. Molecular epidemiology of HIV-1 subtype A in former Soviet Union countries // PLoS ONE. 2018. Vol. 13, No. 2. Р. e0191891. doi: 10.1371/journal.pone.0191891.</mixed-citation><mixed-citation xml:lang="en">Aibekova L., Foley B., Hortelano G., Raees M., Abdraimov S., Toichuev R. et al. Molecular epidemiology of HIV-1 subtype A in former Soviet Union countries // PLoS ONE. 2018. Vol. 13, No. 2. Р. e0191891. doi: 10.1371/journal.pone.0191891.</mixed-citation></citation-alternatives></ref><ref id="cit8"><label>8</label><citation-alternatives><mixed-citation xml:lang="ru">Пасечник О.А., Блох А.И. Распространенность рекомбинантных форм ВИЧ-1 в регионах Российской Федерации и странах СНГ: систематический обзор и метаанализ // Инфекция и иммунитет. 2018. Т. 8, № 2. С. 127–138. [Pasechnik O.A., Blokh A.I. The prevalence of HIV recombinant forms in Russia and countries of the CIS: systematic review and metaanalysis. Russian Journal of Infection and Immunity, 2018, Vol. 8, No. 2, рр. 127–138 (In Russ.)]. doi: 10.15789/2220-7619-2018-2-127-138.</mixed-citation><mixed-citation xml:lang="en">Пасечник О.А., Блох А.И. Распространенность рекомбинантных форм ВИЧ-1 в регионах Российской Федерации и странах СНГ: систематический обзор и метаанализ // Инфекция и иммунитет. 2018. Т. 8, № 2. С. 127–138. [Pasechnik O.A., Blokh A.I. The prevalence of HIV recombinant forms in Russia and countries of the CIS: systematic review and metaanalysis. Russian Journal of Infection and Immunity, 2018, Vol. 8, No. 2, рр. 127–138 (In Russ.)]. doi: 10.15789/2220-7619-2018-2-127-138.</mixed-citation></citation-alternatives></ref><ref id="cit9"><label>9</label><citation-alternatives><mixed-citation xml:lang="ru">Носик М.Н. Проблема резистентности вируса иммунодефицита человека к антиретровирусным препаратам // Вопросы вирусологии. 2014. Т. 59, № 4. С. 5–9. [Nosik M.N. A problem of the HIV drug resistance. Vopr. Virusol. 2014. Vol. 59, No. 4, рр. 5–9 (In Russ.)].</mixed-citation><mixed-citation xml:lang="en">Носик М.Н. Проблема резистентности вируса иммунодефицита человека к антиретровирусным препаратам // Вопросы вирусологии. 2014. Т. 59, № 4. С. 5–9. [Nosik M.N. A problem of the HIV drug resistance. Vopr. Virusol. 2014. Vol. 59, No. 4, рр. 5–9 (In Russ.)].</mixed-citation></citation-alternatives></ref><ref id="cit10"><label>10</label><citation-alternatives><mixed-citation xml:lang="ru">Miller S.A., Dykes D.D., Polesky H.F. A simple salting out procedure for extracting DNA from human nucleated cells // Nucleic Acids Res. 1988. Vol. 16, No. 3. Р. 1215. doi: 10.1093/nar/16.3.1215.</mixed-citation><mixed-citation xml:lang="en">Miller S.A., Dykes D.D., Polesky H.F. A simple salting out procedure for extracting DNA from human nucleated cells // Nucleic Acids Res. 1988. Vol. 16, No. 3. Р. 1215. doi: 10.1093/nar/16.3.1215.</mixed-citation></citation-alternatives></ref><ref id="cit11"><label>11</label><citation-alternatives><mixed-citation xml:lang="ru">Лага В.Ю., Казеннова Е.В., Васильев А.В., Лаповок И. А., Исмаилова А., Бейшеева Н. Асыбалиева Н., Бобкова М.Р. Молекулярно-генетическая характеристика вариантов ВИЧ-1, распространенных на территории Киргизии // Вопросы вирусологии. 2012. Т. 57, № 5. С. 26– 32. [Laga V.Iu., Kazennova E.V., Vasil’ev A.V., Lapovok I.A., Ismailova A., Bejsheeva N., Asybalieva N., Bobkova M.R. Molecular genetic characterization of the HIV-1 variant sabundantin Kirgiziia. Questions of virology, 2012, Vol. 57, No. 5, рр. 26–32 (In Russ.)].</mixed-citation><mixed-citation xml:lang="en">Лага В.Ю., Казеннова Е.В., Васильев А.В., Лаповок И. А., Исмаилова А., Бейшеева Н. Асыбалиева Н., Бобкова М.Р. Молекулярно-генетическая характеристика вариантов ВИЧ-1, распространенных на территории Киргизии // Вопросы вирусологии. 2012. Т. 57, № 5. С. 26– 32. [Laga V.Iu., Kazennova E.V., Vasil’ev A.V., Lapovok I.A., Ismailova A., Bejsheeva N., Asybalieva N., Bobkova M.R. Molecular genetic characterization of the HIV-1 variant sabundantin Kirgiziia. Questions of virology, 2012, Vol. 57, No. 5, рр. 26–32 (In Russ.)].</mixed-citation></citation-alternatives></ref><ref id="cit12"><label>12</label><citation-alternatives><mixed-citation xml:lang="ru">Okonechnikov K., Golosova O., Fursov M., the UGENE team. Unipro UGENE: a unified bioinformatics toolkit // Bioinformatics. 2012. Vol. 15, No. 28. Р. 1166–1167. doi: 10.1093/bioinformatics/bts091.</mixed-citation><mixed-citation xml:lang="en">Okonechnikov K., Golosova O., Fursov M., the UGENE team. Unipro UGENE: a unified bioinformatics toolkit // Bioinformatics. 2012. Vol. 15, No. 28. Р. 1166–1167. doi: 10.1093/bioinformatics/bts091.</mixed-citation></citation-alternatives></ref><ref id="cit13"><label>13</label><citation-alternatives><mixed-citation xml:lang="ru">Larsson A. AliView: a fast and lightweight alightment viewer and editor for large datasets // Bioinformatics. 2014. Vol. 30, No. 22. Р. 3276–3278. doi: 10.1093/bioinformatics/btu531.</mixed-citation><mixed-citation xml:lang="en">Larsson A. AliView: a fast and lightweight alightment viewer and editor for large datasets // Bioinformatics. 2014. Vol. 30, No. 22. Р. 3276–3278. doi: 10.1093/bioinformatics/btu531.</mixed-citation></citation-alternatives></ref><ref id="cit14"><label>14</label><citation-alternatives><mixed-citation xml:lang="ru">Nguyen L.T., Schmidt H.A., von Haeseler A., Minh B.Q. IQ-TREE: a fast and effective stochastic algorithm for estimating maximum-likelihood phylogenies // Mol. Biol. Evol. 2015. Vol. 32, No. 1. Р. 268–274. doi: 10.1093/molbev/msu300.</mixed-citation><mixed-citation xml:lang="en">Nguyen L.T., Schmidt H.A., von Haeseler A., Minh B.Q. IQ-TREE: a fast and effective stochastic algorithm for estimating maximum-likelihood phylogenies // Mol. Biol. Evol. 2015. Vol. 32, No. 1. Р. 268–274. doi: 10.1093/molbev/msu300.</mixed-citation></citation-alternatives></ref><ref id="cit15"><label>15</label><citation-alternatives><mixed-citation xml:lang="ru">Darriba D.D., Taboada G.L., Doallo R., Posada D. jModelTest2: more models, new heuristics and parallel computing // Nature Methods. 2012. Vol. 9, No. 8. Р. 772. doi: 10.1038/nmeth.2109.</mixed-citation><mixed-citation xml:lang="en">Darriba D.D., Taboada G.L., Doallo R., Posada D. jModelTest2: more models, new heuristics and parallel computing // Nature Methods. 2012. Vol. 9, No. 8. Р. 772. doi: 10.1038/nmeth.2109.</mixed-citation></citation-alternatives></ref><ref id="cit16"><label>16</label><citation-alternatives><mixed-citation xml:lang="ru">Letunic I., Bork P. Interactive tree of life (iTOL) v3: an online tool for the display and annotation of phylogenetic and other trees // Nucleic Acids Res. 2016. Vol. 44 (W1). Р. W242–5. doi: 10.1093/nar/gkw290.</mixed-citation><mixed-citation xml:lang="en">Letunic I., Bork P. Interactive tree of life (iTOL) v3: an online tool for the display and annotation of phylogenetic and other trees // Nucleic Acids Res. 2016. Vol. 44 (W1). Р. W242–5. doi: 10.1093/nar/gkw290.</mixed-citation></citation-alternatives></ref><ref id="cit17"><label>17</label><citation-alternatives><mixed-citation xml:lang="ru">Кулагин В.В., Палагута А.Е. Ситуация по ВИЧ-инфекции в Краснодарском крае // Главный врач Юга России. 2010. Т. 2, № 21. С. 19– 22. [Kulagin V.V., Palaguta A.E. The situation of HIV infection in the Krasnodar Territory. Chief physician of the South of Russia, 2010, Vol. 2, No. 21, рр. 19–22 (In Russ.)]</mixed-citation><mixed-citation xml:lang="en">Кулагин В.В., Палагута А.Е. Ситуация по ВИЧ-инфекции в Краснодарском крае // Главный врач Юга России. 2010. Т. 2, № 21. С. 19– 22. [Kulagin V.V., Palaguta A.E. The situation of HIV infection in the Krasnodar Territory. Chief physician of the South of Russia, 2010, Vol. 2, No. 21, рр. 19–22 (In Russ.)]</mixed-citation></citation-alternatives></ref><ref id="cit18"><label>18</label><citation-alternatives><mixed-citation xml:lang="ru">Лебедев П.В. Эпидемиологическая ситуация по ВИЧ-инфекции в Краснодарском крае // Инновационное развитие. 2017. Т. 12, № 17. С. 225–226 [Lebedev P.V. Epidemiological situation of HIV infection in the Krasnodar Territory. Innovative development. 2017, Vol. 12, No. 17, рр. 225–226 (In Russ.)]</mixed-citation><mixed-citation xml:lang="en">Лебедев П.В. Эпидемиологическая ситуация по ВИЧ-инфекции в Краснодарском крае // Инновационное развитие. 2017. Т. 12, № 17. С. 225–226 [Lebedev P.V. Epidemiological situation of HIV infection in the Krasnodar Territory. Innovative development. 2017, Vol. 12, No. 17, рр. 225–226 (In Russ.)]</mixed-citation></citation-alternatives></ref><ref id="cit19"><label>19</label><citation-alternatives><mixed-citation xml:lang="ru">Москалеичик Ф.Ф., Лага В.Ю., Дельгадо Е., Вега И., Фернандес-Гарсия А., Перес-Альварес Л., Корнилаева Г.В., Пронин А.Ю., Жернов Ю.В., Томсон М.М., Бобкова М.Р., Карамов Э.В. Стремительное распространение циркулирующеи рекомбинантнои формы CRF02-AG ВИЧ-1 на территории России и сопредельных стран // Вопросы вирусологии. 2015. Т. 60, № 6. С. 14–19. [Moskaleychik F.F., Laga V.Yu., Delgado E., Vega Y., Fernandez-Garcia A., Perez-Alvarez L., Kornilaeva G.V., Pronin A.Yu., Zhernov Yu.V., Thomson M.M., Bobkova M.R., Karamov E.V. Rapid spread of the HIV-1 circularrecombinant CRF02-AGinRussia and neighboring countries. Questions of virology, 2015, Vol. 60, Nо. 6, рр. 14–19 (In Russ.)].</mixed-citation><mixed-citation xml:lang="en">Москалеичик Ф.Ф., Лага В.Ю., Дельгадо Е., Вега И., Фернандес-Гарсия А., Перес-Альварес Л., Корнилаева Г.В., Пронин А.Ю., Жернов Ю.В., Томсон М.М., Бобкова М.Р., Карамов Э.В. Стремительное распространение циркулирующеи рекомбинантнои формы CRF02-AG ВИЧ-1 на территории России и сопредельных стран // Вопросы вирусологии. 2015. Т. 60, № 6. С. 14–19. [Moskaleychik F.F., Laga V.Yu., Delgado E., Vega Y., Fernandez-Garcia A., Perez-Alvarez L., Kornilaeva G.V., Pronin A.Yu., Zhernov Yu.V., Thomson M.M., Bobkova M.R., Karamov E.V. Rapid spread of the HIV-1 circularrecombinant CRF02-AGinRussia and neighboring countries. Questions of virology, 2015, Vol. 60, Nо. 6, рр. 14–19 (In Russ.)].</mixed-citation></citation-alternatives></ref><ref id="cit20"><label>20</label><citation-alternatives><mixed-citation xml:lang="ru">Murzakova A., Kireev D., Baryshev P., Lopatukhin A., et al. Molecular Epidemiology of HIV-1 Subtype G in the Russian Federation // Viruses. 2019, Vol. 11, Nо. 4. Р. 348. doi: 10.3390/v11040348.</mixed-citation><mixed-citation xml:lang="en">Murzakova A., Kireev D., Baryshev P., Lopatukhin A., et al. Molecular Epidemiology of HIV-1 Subtype G in the Russian Federation // Viruses. 2019, Vol. 11, Nо. 4. Р. 348. doi: 10.3390/v11040348.</mixed-citation></citation-alternatives></ref><ref id="cit21"><label>21</label><citation-alternatives><mixed-citation xml:lang="ru">Liitsola K., Holm K., Bobkov A., Pokrovsky V., Smolskaya T., Leinikki P., Osmanov S., Salminen M. An AB recombinant and its parental HIV type 1 strains in the area of the Soviet Union: low requirements for sequence identity in recombination // AIDS Res. Hum. Retroviruses. 2000. Vol. 16, No. 11. Р. 1047–1053. doi: 10.1089/08892220050075309.</mixed-citation><mixed-citation xml:lang="en">Liitsola K., Holm K., Bobkov A., Pokrovsky V., Smolskaya T., Leinikki P., Osmanov S., Salminen M. An AB recombinant and its parental HIV type 1 strains in the area of the Soviet Union: low requirements for sequence identity in recombination // AIDS Res. Hum. Retroviruses. 2000. Vol. 16, No. 11. Р. 1047–1053. doi: 10.1089/08892220050075309.</mixed-citation></citation-alternatives></ref><ref id="cit22"><label>22</label><citation-alternatives><mixed-citation xml:lang="ru">Lukashov V., Huismans R., Rakhmanova A. Circulation of subtype A and gagA/envB recombinant HIV type 1 strains among injecting drug users in St. Petersburg, Russia, correlates with geographical origin of infections // AIDS Res. Hum. Retroviruses. 1999. Vol. 15, No. 17. Р. 1577–1583.</mixed-citation><mixed-citation xml:lang="en">Lukashov V., Huismans R., Rakhmanova A. Circulation of subtype A and gagA/envB recombinant HIV type 1 strains among injecting drug users in St. Petersburg, Russia, correlates with geographical origin of infections // AIDS Res. Hum. Retroviruses. 1999. Vol. 15, No. 17. Р. 1577–1583.</mixed-citation></citation-alternatives></ref><ref id="cit23"><label>23</label><citation-alternatives><mixed-citation xml:lang="ru">Tamura K., Stecher G., Peterson D., Filipski A., Kumar S. MEGA6: Molecular Evolutionary Genetics Analysis version 6.0 // Mol. Biol. Evol. 2013. Vol. 30, No. 12. Р. 2725–2729. doi: 10.1093/molbev/mst197.</mixed-citation><mixed-citation xml:lang="en">Tamura K., Stecher G., Peterson D., Filipski A., Kumar S. MEGA6: Molecular Evolutionary Genetics Analysis version 6.0 // Mol. Biol. Evol. 2013. Vol. 30, No. 12. Р. 2725–2729. doi: 10.1093/molbev/mst197.</mixed-citation></citation-alternatives></ref><ref id="cit24"><label>24</label><citation-alternatives><mixed-citation xml:lang="ru">Казеннова Е.В., Лаповок И.А., Лага В.Ю., Васильев А.В., Бобкова М.Р. Естественные полиморфизмы гена pol варианта ВИЧ-1 IDU-A // ВИЧ-инфекция и иммуносупрессии. 2012. Т. 4, № 4. С. 44–51. [Kazennova E.V., Lapovok I.A., Laga V.Yu., Vasil’ev A.V., Bobkova M.R. Natural polymorphisms of HIV-1 IDU-Avariant pol gene. HIV Infection and Immunosuppressive Disorders, 2012, Vol. 4, No. 4, рр. 44–51 (In Russ.)].</mixed-citation><mixed-citation xml:lang="en">Казеннова Е.В., Лаповок И.А., Лага В.Ю., Васильев А.В., Бобкова М.Р. Естественные полиморфизмы гена pol варианта ВИЧ-1 IDU-A // ВИЧ-инфекция и иммуносупрессии. 2012. Т. 4, № 4. С. 44–51. [Kazennova E.V., Lapovok I.A., Laga V.Yu., Vasil’ev A.V., Bobkova M.R. Natural polymorphisms of HIV-1 IDU-Avariant pol gene. HIV Infection and Immunosuppressive Disorders, 2012, Vol. 4, No. 4, рр. 44–51 (In Russ.)].</mixed-citation></citation-alternatives></ref></ref-list><fn-group><fn fn-type="conflict"><p>The authors declare that there are no conflicts of interest present.</p></fn></fn-group></back></article>
