aidsВИЧ-инфекция и иммуносупрессииHIV Infection and Immunosuppressive Disorders2077-9828Baltic Medical Education Center10.22328/2077-9828-2023-15-3-73-83aids-827Research ArticleОРИГИНАЛЬНЫЕ СТАТЬИORIGINAL RESEARCHГенетический профиль ВИЧ-1 на территории Республики Саха, ЯкутияGenetic profile of HIV-1 in the Republic Sakha, Yakutiahttps://orcid.org/0000-0001-9824-7025КотоваВ. О.KotovaV. O.

Котова Валерия Олеговна  — заведующая лабораторией эпидемиологии и  профилактики вирусных гепатитов и  СПИДа 

680610, г. Хабаровск, ул. Шевченко, д. 2

Khabarovsk

dvaids@mail.ruhttps://orcid.org/0000-0003-3050-4472ТроценкоО. Е.TrotsenkoO. E.

Троценко Ольга Евгеньевна — доктор медицинских наук, директор

680610, г. Хабаровск, ул. Шевченко, д. 2

Khabarovsk

adm@hniiem.ruhttps://orcid.org/0000-0002-3209-7623БалахонцеваЛ. А.BalakhontsevaL. A.

Балахонцева Людмила Анатольевна — руководитель Дальневосточного окружного центра по профилактике и борьбе со СПИД

680610, г. Хабаровск, ул. Шевченко, д. 2

Khabarovsk

dvaids@mail.ruhttps://orcid.org/0000-0002-5695-6752БазыкинаЕ. А.BazykinaE. A.

Базыкина Елена Анатольевна — младший научный сотрудник лаборатории эпидемиологии и профилактики вирусных гепатитов и СПИДа

680610, г. Хабаровск, ул. Шевченко, д. 2

 

Khabarovsk

dvaids@mail.ruhttps://orcid.org/0009-0006-2918-8678СоколоваЛ. С.SokolovaL. S.

Соколова Лариса Степановна — врач-лаборант высшей квалификационной категории централизованной клинико-диагностической лаборатории

 677005, г. Якутск, ул. Стадухина, д. 81/8;

Yakutsk

aids200l@mai1.ruhttps://orcid.org/0009-0006-3678-892XКулагинаВ. Н.KulaginaV. N.

Кулагина Валентина Николаевна  — врач-терапевт

677005, г. Якутск, ул. Стадухина, д. 81/8

Yakutsk

aids200l@mai1.ruhttps://orcid.org/0009-0007-4090-9285ФедороваР. Н.FedorovaR. N.

Федорова Регина Николаевна — врач-терапевт 

677005, г. Якутск, ул. Стадухина, д. 81/8

Yakutsk

aids200l@mai1.ruХабаровский научно-исследовательский институт эпидемиологии и микробиологииРоссияKhabarovsk research institute of epidemiology and microbiologyRussian FederationЯкутский республиканский центр по профилактике и борьбе со СПИДРоссияYakutsk republican center for prevention and combat against AIDSRussian Federation2023211020231537383Copyright © Котова В.О., Троценко О.Е., Балахонцева Л.А., Базыкина Е.А., Соколова Л.С., Кулагина В.Н., Федорова Р.Н., 20232023Котова В.О., Троценко О.Е., Балахонцева Л.А., Базыкина Е.А., Соколова Л.С., Кулагина В.Н., Федорова Р.Н.Kotova V.O., Trotsenko O.E., Balakhontseva L.A., Bazykina E.A., Sokolova L.S., Kulagina V.N., Fedorova R.N.Данная работа распространяется под лицензией Creative Commons Attribution 4.0.This work is licensed under a Creative Commons Attribution 4.0 License.https://hiv.bmoc-spb.ru/jour/article/view/827Цель

Цель. Проведение молекулярно-генетического анализа вариантов ВИЧ-1, циркулирующих на территории Республики Саха (Якутия), включая анализ мутаций лекарственной устойчивости.

Материалы и методы

Материалы и методы. Обследованы 123 пациента с диагнозом «ВИЧ-инфекция». Мутации резистентности выявляли методом секвенирования амплифицированных фрагментов гена pol, кодирующих протеазу и часть обратной транскриптазы ВИЧ-1, с использованием тест-системы «АмплиСенс® HIV-Resist-Seq». Филогенетический анализ выполняли с помощью программы MEGA версии 7.0.

Результаты и их обсуждение. В обследованной группе преобладал характерный для России суб-субтип A6 (78,0%), в 4 случаях был обнаружен субтип В (3,3%), зафиксированы единичные случаи инфицирования субтипами С, G и субсубтипом А7. В  16,2% случаев (n=20) были обнаружены рекомбинантные формы вируса. Мутации лекарственной устойчивости (ЛУ), а значит, и необходимость замены терапии были выявлены у 65 пациентов (52,8%), получающих антиретровирусную терапию (АРТ).

Заключение

Заключение. Результаты исследования выявили изменения в генетическом профиле вариантов ВИЧ-1, циркулирующих в последние годы на территории Республики Саха (Якутия).

Aim

Aim. To perform molecular-genetic analysis of HIV-1 variants circulation in the Republic Sakha (Yakutia) and analysis of drug resistance mutations.

Materials and methods

Materials and methods. 123 patients diagnosed with HIV infection were examined. Mutations of drug resistance were detected via sequencing of amplified fragments of pol gene that is coding protease and a part of reverse transcriptase of HIV-1 using «Amplisens® HIV-Resist-Seq» test-system. Phylogenetic analysis was performed with software MEGA version 7.0.

Results and discussion

Results and discussion. Sub-subtype A6 that is prevalent in the Russian Federation was revealed most frequently (78.0%) in the examined group. Subtype B was detected in four cases (3.3%). Isolated cases of infection due to subtypes C, G and subsubtype A7 were revealed. Recombinant forms of the virus were found in 16.2% of the patients (n=20). Drug resistance mutations were revealed in 65 patients (52.8%) that were undergoing antiretroviral therapy (ART) which dictates a necessity of changing ART drugs.

Conclusion

Conclusion. The results of the research state changes in the genetic profile of HIV-1 variants that were circulating during the last years in the Republic Sakha (Yakutia).

Республика Саха (Якутия)ВИЧ-инфекциясубтипы ВИЧ-1филогенетический анализлекарственная устойчивостьантиретровирусная терапия (АРТ)Republic Sakha (Yakutia)HIV-infectionHIV-1 subtypesphylogenetic analysisdrug resistance mutationsantiretroviral therapy (ART)ReferencesYamaguchi J., Vallari A., McArthur C., Sthreshle L., Cloherty G.A., Berg M.G., Rodgers M.A. Brief Report: Complete Genome Sequence of CG0018a-01 Establishes HIV-1 Subtype L // J. Acquir. Immune Defic. Syndr. 2020. Vol. 83, No. 3. P. 319–322. doi: 10.1097/QAI.0000000000002246.Yamaguchi J., Vallari A., McArthur C., Sthreshle L., Cloherty G.A., Berg M.G., Rodgers M.A. Brief Report: Complete Genome Sequence of CG0018a-01 Establishes HIV-1 Subtype L // J. Acquir. Immune Defic. Syndr. 2020. Vol. 83, No. 3. P. 319–322. doi: 10.1097/QAI.0000000000002246.Foley B.T., Leitner T., Paraskevis D., Peeters M. Primate immunodeficiency virus classification and nomenclature // Infect. Genet. Evol. 2016. Vol. 46. P. 150–158. doi: 10.1016/j.meegid.2016.10.018.Foley B.T., Leitner T., Paraskevis D., Peeters M. Primate immunodeficiency virus classification and nomenclature // Infect. Genet. Evol. 2016. Vol. 46. P. 150–158. doi: 10.1016/j.meegid.2016.10.018.Schlösser M., Kartashev V.V., Mikkola V.H., Shemshura A., Saukhat S., Kolpakov D., Suladze A., Tverdokhlebova T., Hutt K., Heger E., Knops E., Böhm M., Di Cristanziano V., Kaiser R., Sönnerborg A., Zazzi M., Bobkova M., Sierra S. HIV-1 Sub-Subtype A6: Settings for Normalised Identification and Molecular Epidemiology in the Southern Federal District, Russia // Viruses. 2020. Vol. 12, No. 4. v12040475. doi: 10.3390/v12040475.Schlösser M., Kartashev V.V., Mikkola V.H., Shemshura A., Saukhat S., Kolpakov D., Suladze A., Tverdokhlebova T., Hutt K., Heger E., Knops E., Böhm M., Di Cristanziano V., Kaiser R., Sönnerborg A., Zazzi M., Bobkova M., Sierra S. HIV-1 Sub-Subtype A6: Settings for Normalised Identification and Molecular Epidemiology in the Southern Federal District, Russia // Viruses. 2020. Vol. 12, No. 4. v12040475. doi: 10.3390/v12040475.Bobkova M. Current status of HIV-1 diversity and drug resistance monitoring in the former USSR // AIDS Rev. 2013. Vol. 15, No. 4. P. 204–212.Bobkova M. Current status of HIV-1 diversity and drug resistance monitoring in the former USSR // AIDS Rev. 2013. Vol. 15, No. 4. P. 204–212.Diez-Fuertes F., Cabello M., Thomson M.M. Bayesian phylogeographic analyses clarify the origin of the HIV-1 subtype A variant circulating in former Soviet Union’s countries // Infect. Genet. Evol. 2015. Vol. 33. P. 197–205. doi: 10.1016/j.meegid.2015.05.003.Diez-Fuertes F., Cabello M., Thomson M.M. Bayesian phylogeographic analyses clarify the origin of the HIV-1 subtype A variant circulating in former Soviet Union’s countries // Infect. Genet. Evol. 2015. Vol. 33. P. 197–205. doi: 10.1016/j.meegid.2015.05.003.Thomson M.M., de Parga E.V., Vinogradova A., Sierra M., Yakovlev A., Rakhmanova A., Delgado E., Casado G., Munoz M., Carmona R., et al. New insights into the origin of the HIV type 1 subtype A epidemic in former Soviet Union’s countries derived from sequence analyses of preepidemically transmitted viruses // AIDS Res. Hum. Retrovir. 2007. Vol. 23. P. 1599–1604. doi: 10.1089/aid.2007.0166.Thomson M.M., de Parga E.V., Vinogradova A., Sierra M., Yakovlev A., Rakhmanova A., Delgado E., Casado G., Munoz M., Carmona R., et al. New insights into the origin of the HIV type 1 subtype A epidemic in former Soviet Union’s countries derived from sequence analyses of preepidemically transmitted viruses // AIDS Res. Hum. Retrovir. 2007. Vol. 23. P. 1599–1604. doi: 10.1089/aid.2007.0166.Baryshev P.B., Bogachev V.V., Gashnikova N.M. HIV-1 Genetic Diversity in Russia: CRF63_02A1, a New HIV Type 1 Genetic Variant Spreading in Siberia // AIDS Res. Hum. Retroviruses. 2014. Vol. 30, No. 6. Р. 592–597. doi: 10.1089/aid.2013.0196.Baryshev P.B., Bogachev V.V., Gashnikova N.M. HIV-1 Genetic Diversity in Russia: CRF63_02A1, a New HIV Type 1 Genetic Variant Spreading in Siberia // AIDS Res. Hum. Retroviruses. 2014. Vol. 30, No. 6. Р. 592–597. doi: 10.1089/aid.2013.0196.Лаповок И.А., Лопатухин А.Э., Киреев Д.Е., Казеннова Е.В., Лебедев А.В., Бобкова М.Р., Коломеец А.Н., Турбина Г.И., Шипулин Г.А., Ладная Н.Н., Покровский В.В. Молекулярно-эпидемиологический анализ вариантов ВИЧ-1, циркулировавших в России в 1987–2015 гг. // Терапевтический архив. 2017. Т. 89, № 11. С. 44–49. doi: 10.17116/terarkh2017891144-49.Lapovok I.A., Lopatukhin A.E., Kireev D.E., Kazennova E.V., Lebedev A.V., Bobkova M.R. Molecular epidemiological analysis of HIV-1 variants circulating in Russia in 1987–2015. Therapeutic archive, 2017, Vol. 89, No. 11, рр. 44–49 (In Russ.) doi: 10.17116/terarkh2017891144-49.Антонова А.А., Туманов А.С., Лебедев А.В., Казеннова Е.В., Глинкина Л.Н., Кулагин В.В., Шемшура А.Б., Лебедев П.В., Хотелева Л.В., Бобкова М.Р. Генетический профиль и характеристика мутаций лекарственной устойчивости ВИЧ-1 на территории Краснодарского края в период 2014–2019 гг. // ВИЧ-инфекция и иммуносупрессии. 2022. Т. 14, № 2. С. 20–30. doi: http://dx.doi.org/10.22328/2077-9828-2022-14-2-20-30.Antonova А.А., Tumanov А.S., Lebedev А.V., Kozyennova Е.V., Glinkina L.N., Kulagin V.V., Shemshura А.B., Lebedev P., Khoteleva L.V., Bobkova M.R. Genetic profile and characteristics of HIV-1 drug resistance mutation in the Krasnodar region over the 2014 to 2019. HIV Infection and Immunosuppressive Disorders, 2022, Vol. 14, No. 2, рp. 20–30 (In Russ.) doi: http://dx.doi.org/10.22328/2077-9828-2022-14-2-20-30.Щемелев А.Н., Семенов А.В., Останкова Ю.В., Найденова Е.В., Зуева Е.Б., Валутите Д.Э., Чурина М.А., Виролайнен П.А., Тотолян А.А. Генетическое разнообразие вируса иммунодефицита человека (ВИЧ-1) в Калининградской области // Вопросы вирусологии. 2022. Т. 67, № 4. С. 310–321. doi: 10.36233/0507-4088-119.Shchemelev A.N., Semenov A.V., Ostankova Yu.V., Naidenova E.V., Zueva E.B., Valutite D.E., Churina M.A., Virolainen P.A., Totolian A.A. Genetic diversity of the human immunodeficiency virus (HIV-1) in the Kaliningrad region. Problems of Virology, 2022, Vol. 67, No. 4, pp. 310–321 (In Russ.) doi: 10.36233/0507-4088-119.Казеннова Е.В., Нешумаев Д.А., Рукавицин Д.В., Лаповок И.А., Лага В.Ю., Ракчеева О.В., Васильева А.В., Туманов А.С., Воронцова Г.А., Кузнецова А.В., Лойфман Е.А., Старухина И.Н., Кустова О.И., Половица Н.В., Липская Н.А., Бобкова М.Р. Молекулярно-эпидемиологический анализ эпидемии ВИЧ-инфекции в Благовещенске и Хабаровске (Дальний Восток России) // Вопросы вирусологии. 2014. Т. 59, № 4. С. 31– 36.Kazennova E.V., Neshumaev D.A., Rukavitsyn D.V., Lapovok I.A., Laga V.Yu., Rakcheeva O.V., Vasilyev A.V., Tumanov A.S., Vorontsova G.A., Kuznetsova A.V., Loyfman E.A., Staruchina I.N., Kustova O.I., Polovica N.V., Lipskaya N.A., Bobkova M.R. Molecular epidemiological analysis of the HIV infection in the Blagoveshchensk and Khabarovsk Area (Russian Far East). Problems of Virology, 2014, Vol. 59, No. 4, pp. 31–36 (In Russ.)Котова В.О., Балахонцева Л.А., Базыкина Е.А., Троценко О.Е. Циркулирующие рекомбинантные формы ВИЧ-1 на территориях Дальневосточного федерального округа // Дальневосточный журнал инфекционной патологии. 2021. № 40. С. 79–87.Kotova V.O., Balakhontseva L.A., Bazykina E.A., Trotsenko O.E. Circulating recombinant forms of HIV-1 in constituent entities of the far eastern federal district. The Far eastern Journal of Infectious Pathology, 2021, No. 40, pp. 79–87 (In Russ)Казеннова Е.В., Лага В.Ю., Громов К.Б., Санков М.Н., Попова Е.С., Игумнова Е.Г., Опарина Е.Н., Сорокина Т.А., Бобкова М.Р. Молекулярно-эпидемиологический анализ ВИЧ-инфекции в северных портовых городах России // Вопросы вирусологии. 2017. Т. 62, № 4. С. 154–161. doi: 10.18821/0507-4088-2017-62-4-154-161.Kazennova E.V., Laga V.Y., Gromov K.B., Sankov M.N., Popova E.S., Igumnova E.G., Oparina E.N., Sorokina T.A., Bobkova M.R. Molecular epidemiological analysis of HIV infection in Northern seaports of Russia). Problems of Virology, 2017, Vol. 62, No. 4, pp. 154– 161 (In Russ.) doi: 10.18821/0507-4088-2017-62-4-154-161.Туманов А.С., Казеннова Е.В., Громов К.Б., Ломакина Е.А., Зозуля Е.Ю., Берсенев П.Г., Бобкова М.Р. Молекулярно-эпидемиологический анализ ВИЧ-инфекции в Сахалинской области // ВИЧ-инфекция и иммуносупрессии. 2017. Т. 9, № 3. С. 113–120. doi: 10.22328/2077-9828-2017-9-3-113-120.Tumanov A.S., Kazennova E.V., Gromov K.B., Lomakina E.A., Zozylya E.Yu., Bersenev P.G., Bobkova M.R. The Molecular epidemiological analysis of HIV infection in Sakhalin region, Russia. HIV Infection and Immunosuppressive Disorders, 2017, Vol. 9, No. 3, pp. 113–120 (In Russ.) doi: 10.22328/2077-9828-2017-9-3-113-120.Котова В.О., Троценко О.Е., Балахонцева Л.А., Базыкина Е.А. Молекулярно-генетическая характеристика вариантов ВИЧ-1, выделенных в субъектах Дальневосточного федерального округа // Вопросы вирусологии. 2019. Т. 64, № 2. С. 79–89. doi: 10.18821/0507-4088-2019-64-2-79-89.Kotova V.O., Trotsenko O.E., Balakhontseva L.A., Bazykina E.A. Molecular genetic characteristics of HIV-1 variants isolated in the subjects of the Russian Far East. Problems of Virology, 2019, Vol. 64, No. 2, pp. 79–89 (In Russ.) doi: 10.18821/0507-4088-2019-64-2-79-89.Котова В.О., Троценко О.Е., Балахонцева Л.А., Базыкина Е.А., Янович О.А., Щиканов Ю.В., Павлова М.Н., Шмакова Т.И. Молекулярноэпидемиологическая характеристика вариантов ВИЧ-1, циркулирующих на территории Еврейской автономной области // ВИЧ-инфекция и иммуносупрессии. 2018. № 4. С. 90–99. doi: 10.22328/2077-9828-2018-10-4-90-99.Kotova V.O., Trotsenko O.E., Balakhontseva L.A., Bazykina E.A., Yanovich O.A., Schikanov Yu.V., Pavlova M.N., Shmakova T.I. Molecular-epidemiological characteristics of HIV-1 variants circulating in the Jewish Autonomous Region territory. HIV Infection and Immunosuppressive Disorders, 2018, No. 4, рр. 90–99 (In Russ.) doi: 10.22328/2077-9828-2018-10-4-90-99.Казеннова Е.В., Васильев А.В. Лаповок И.А., Гришечкин А.Е., Лага В.Ю., Саламов Г.Г., Туманов А.С., Парыгина О.А., Рузаева Л.А., Грезина Л.А., Серкина Т.П., Кауфман О.А., Ооржак Н.Д., Лукашов В.В., Бобкова М.Р. Генетические варианты ВИЧ-1 в азиатской части России (2005–2010) // Вопросы вирусологии. 2013. Т. 58, № 4. С. 28–35.Kazennova E.V., Vasilyev A.V., Lapovok I.A., Grishechkin A.E., Laga V.Yu., Salamov G.G., Tumanov A.S., Parygina O.V., Ruzaeva L.A., Grezina L.A., Serkina T.P., Kaufman O.A., Oordjak N.D., Lukashov V.V., Bobkova M.R. HIV-1 Genetic Variants in the Asian Part of Russia: a Study (2005–2010). Problems of Virology, 2013, Vol. 58, No. 4, pp. 28–35 (In Russ.)Kumar S., Stecher G., Tamura K. MEGA7: Molecular Evolutionary Genetics Analysis Version 7.0 for Bigger Datasets // Mol. Biol. Evol. 2016. Vol. 33, No. 7. Р. 1870–1874. doi: 10.1093/molbev/msw054.Kumar S., Stecher G., Tamura K. MEGA7: Molecular Evolutionary Genetics Analysis Version 7.0 for Bigger Datasets // Mol. Biol. Evol. 2016. Vol. 33, No. 7. Р. 1870–1874. doi: 10.1093/molbev/msw054.Kazennova E., Laga V., Lapovok I., Glushchenko N., Neshumaev D., Vasilyev A., Bobkova M. HIV-1 Genetic Variants in the Russian Far East // AIDS Res. Hum. Retroviruses. 2014. Vol. 30, No. 8. Р. 742–752. doi: 10.1089/aid.2013.0194.Kazennova E., Laga V., Lapovok I., Glushchenko N., Neshumaev D., Vasilyev A., Bobkova M. HIV-1 Genetic Variants in the Russian Far East // AIDS Res. Hum. Retroviruses. 2014. Vol. 30, No. 8. Р. 742–752. doi: 10.1089/aid.2013.0194.Melikian G.L., Rhee S.Y., Taylor J., Fessel W.J., Kaufman D., Towner W., Troia-Cancio P.V., Zolopa A., Robbins G.K., Kagan R., Israelski D., Shafer R.W. Standardized Comparison of the Relative Impacts of HIV-1 ReverseTranscriptase (RT) Mutations on Nucleoside RT Inhibitor Susceptibility // Antimicrob. Agents Chemother. 2012. No. 5. Р. 2305–2313. doi: 10.1128/aac.05487-11.Melikian G.L., Rhee S.Y., Taylor J., Fessel W.J., Kaufman D., Towner W., Troia-Cancio P.V., Zolopa A., Robbins G.K., Kagan R., Israelski D., Shafer R.W. Standardized Comparison of the Relative Impacts of HIV-1 ReverseTranscriptase (RT) Mutations on Nucleoside RT Inhibitor Susceptibility // Antimicrob. Agents Chemother. 2012. No. 5. Р. 2305–2313. doi: 10.1128/aac.05487-11.Кириченко А.А., Киреев Д.Е., Шлыкова А.В., Лопатухин А.Э., Лаповок И.А., Салеева Д.В., Кравченко А.В., Покровский В.В. Лекарственная устойчивость ВИЧ-1 у пациентов с вирусологической неэффективностью АРТ в России (2013–2021 гг.) // Эпидемиология и инфекционные болезни. Актуальные вопросы. 2021. Т. 11, № 3. С. 53–62. doi: 10.18565/epidem.2021.11.3.53-62.Kirichenko A.A., Kireev D.E., Shlykova A.V., Lopatukhin A.E., Lapovok I.A., Saleeva D.V., Kravchenko A.V., Pokrovsky V.V. HIV-1 drug resistance in patients with virological inefficiency on art in Russia in 2013–20 21. Epidemiology and infectious diseases. Current items, 2021, Vol. 11, No. 3, рp. 53–62 (In Russ.)]. doi: 10.18565/epidem.2021.11.3.53-62.

The authors declare that there are no conflicts of interest present.