References

aids

ВИЧ-инфекция и иммуносупрессии

HIV Infection and Immunosuppressive Disorders

2077-9828

Baltic Medical Education Center

10.22328/2077-9828-2015-7-2-55-60

aids-84

Research Article

ОРИГИНАЛЬНЫЕ СТАТЬИ

ORIGINAL RESEARCH

ТЕСТЫ ДЛЯ ВЫЯВЛЕНИЯ ЛЕКАРСТВЕННОЙ УСТОЙЧИВОСТИ ВИЧ: НАСТОЯЩЕЕ И БУДУЩЕЕ

HIV DRUG RESISTANCE TESTS: THE PRESENT AND THE FUTURE

Лободанов

Сергей Александрович

Lobodanov

S. A.

lobodanov@cmd.su

Центральный НИИ эпидемиологии РоспотребнадзораРоссияCentral Research Institute for EpidemiologyRussian Federation

2015

30062015

725560

2015

Лободанов С.А.

Lobodanov S.A.

Данная работа распространяется под лицензией Creative Commons Attribution 4.0.

This work is licensed under a Creative Commons Attribution 4.0 License.

https://hiv.bmoc-spb.ru/jour/article/view/84

Антиретровирусная терапия позволяет увеличить продолжительность и качество жизни ВИЧ-инфицированных. Однако использование такой терапии приводит к формированию лекарственной устойчивости, которая выражается увеличением вирусной нагрузки. Для назначения или изменения схемы лечения необходимо знать профиль устойчивости ВИЧ у пациента. Тестирование на резистентность ВИЧ значительно облегчает и оптимизирует выбор режимов антиретровирусной терапии. В обзоре кратко описываются современные тест-системы для выявления лекарственной устойчивости ВИЧ, а также предлагается подход, в основе которого лежит технология секвенирования нового поколения.

Antiretroviral therapy can increase lifetime and quality of life HIV-positive patient. But the use such a therapy leads to the development of HIV drug resistance, it is expressed increasing viral load. HIV drug resistance profile needs to know for prescription or change therapy regimen. Drug resistance testing significantly improves choice antiretroviral therapy regimen. The review briefly describes modern assays for determining HIV drug resistance and proposed approach next-generation-based HIV drug resistance genotyping technique.

ВИЧантиретровирусная терапиялекарственная устойчивостьопределение устойчивоститест-системысеквенирование нового поколенияHIVantiretroviral therapydrug resistancedrug resistance testingassay kitnext-generation sequencing

References1

Справка: ВИЧ-инфекция в Российской Федерации на 31 декабря 2014 г.- М.: Федеральный научно-методический центр по профилактике и борьбе со СПИДом.- 2015.- 4 с.- URL: http://www.hivrussia.org/files/spravkaHIV2014.pdf

Надзор за распространением штаммов ВИЧ, резистентных к антиретровирусным препаратам. Методические рекомендации. МР 3.1.5.0075/1-13.- М.: Федеральная служба по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека.- 2013.- 36 с.

Hogg R.S., Heath K.V., Yip B., Craib K.J., O'Shaughnessy M.V., Schechter M.T., Montaner J.S. Improved survival among HIV-infected individuals following initiation of antiviral therapy // JAMA.- 1998.- Vol. 279 (6).- P 450-454.

Palella F.J., Delaney K.M., Moorman A.C., Loveless M.O., Fuhrer J., Satten G.A., Aschman D.J., Holmberg S.D. Declining morbidity and mortality among patients with advanced human immunodeficiency virus infection // N. Engl. J. Med.- 1998.- Vol. 338 (13).- P. 853-860.

Ладная Н.Н., Киреев Д.Е., Лопатухин А.Э., Куевда Д.А., Кравченко А.В., Юрин О.Г., Покровский В.В. Основные компоненты системы надзора за циркуляцией штаммов ВИЧ, резистентных к антиретровирусным препаратам, по рекомендациям ВОЗ: Сборник трудов / под ред. академика В.И. Покровского // Молекулярная диагностика, 2014.- Т. 1.- М., 2014.- C. 74-75.

Coffin J.M. HIV population dynamics in vivo: implications for genetic variation, pathogenesis, and therapy // Science.- 1995.- Vol. 267 (5197).- P. 483-489.

Ho D.D., Neumann A.U., Perelson A.S., Chen W., Leonard J.M., Markowitz M. Rapid turnover of plasma virions and CD4 lymphocytes in HIV-1 infection // Nature.- 1995.- Vol. 373(6510).- P. 123-126.

Hoffmann C., Rockstroh J.K. HIV 2012/2013.- Hamburg: Medizin FokusVerlag, 2012.- 742 p.

ВИЧ-инфекция и СПИД: национальное руководство / Под ред. акад. РАМН В.В. Покровского.- М.: ГОЭТАР-Медиа, 2013.- 609 с.

Palella F.J., Armon C., Buchacz K., Cole S.R., Chmiel J.S., Novak R.M., Wood K., Moorman A.C., Brooks J.T. The association of HIV susceptibility testing with survival among HIV-infected patients receiving antiretroviral therapy: a cohort study // Ann. Intern. Med.- 2009.- Vol. 151 (2).- P. 73-84.

Johnson V.A., Calvez V., Gunthard H.F., Paredes R., Pillay D., Shafer R.W., Wensing A.M., Richman D.D. Update of the drug resistance mutations in HIV-1: March 2013 // Top Antivir. Med.- 2013.- Vol. 21(1).- P. 6-14.

Hirsch M.S., Günthard H.F., Schapiro J.M., Brun-Vézinet F., Clotet B., Hammer S.M., Johnson V.A., Kuritzkes D.R., Mellors J.W., Pillay D., Yeni P.G., Jacobsen D.M., Richman D.D. Antiretroviral drug resistance testing in adult HIV-1 infection: 2008 recommendations of an International AIDS Society-USA panel // Top HIV Med.- 2008.- Vol. 16 (3).- P 266-285.

Petropoulos C.J., Parkin N.T., Limoli K.L., Lie Y.S., Wrin T., Huang W., Tian H., Smith D., Winslow G.A., Capon D.J., Whitcomb J.M. A novel phenotypic drug susceptibility assay for human immunodeficiency virus type 1 // Antimicrob. Agents Chemother. - 2000. - Vol. 44 (4). - P 920-928.

Race E., Dam E., Obry V., Paulous S., Clavel F. Analysis of HIV cross-resistance to protease inhibitors using a rapid single-cycle recombinant virus assay for patients failing on combination therapies // AIDS.- 1999.- Vol. 13(15).- P 2061-2068.

Weber J., Vazquez A.C., Winner D., Rose J.D., Wylie D., Rhea A.M., Henry K., Pappas J., Wright A., Mohamed N., Gibson R., Rodriguez B., Soriano V., King K., Arts E.J., Olivo P.D., Quinones-Mateu M.E. Novel method for simultaneous quantification of phenotypic resistance to maturation, protease, reverse transcriptase, and integrase HIV inhibitors based on 3 Gag(p2/p7/p1/p6)/PR/RT/INT-recombinant viruses: a useful tool in the multitarget era of antiretroviral therapy // Antimicrob. Agents Chemother.- 2011.- Vol. 55 (8).- P. 3729-3742.

Pou C., Noguera-Julian M., Pérez-Álvarez S., García F., Delgado R., Dalmau D., Álvarez-Tejado M., Gonzalez D., Sayada C., Chueca N., Pulido F., Ibáñez L., Rodríguez C., Casadellà M., Santos J.R., Ruiz L., Clotet B., Paredes R. Improved prediction of salvage antiretroviral therapy outcomes using ultrasensitive HIV-1 drug resistance testing // Clin. Infect. Dis.- 2014.- Vol. 59 (4).- P 578-588.

Cunningham S., Ank B., Lewis D., Lu W., Wantman M., Dileanis J.A., Jackson J.B., Palumbo P., Krogstad P., Eshleman S.H. Performance of the applied biosystems ViroSeq human immunodeficiency virus type 1 (HIV-1) genotyping system for sequence-based analysis of HIV-1 in pediatric plasma samples // J. Clin. Microbiol. 2001.- Vol. 39 (4).- P 1254-1257.

Grant R.M., Kuritzkes D.R., Johnson V.A., Mellors J.W., Sullivan J.L., Swanstrom R., D'Aquila R.T., Van Gorder M., Holodniy M., Lloyd R.M., Reid C., Morgan G.F., Winslow D.L. Accuracy of the TRUGENE HIV-1 genotyping kit // J. Clin. Microbiol.- 2003.- Vol. 41 (4).- P 1586-1593.

Lopatukhin A., Kireev D., Kuevda D., Shipulin G. The first HIV tropism determination kit development based on genotypic methodic for routine in vitro diagnostics in Russia // Reviews in Antiviral Therapy & Infectious Diseases.- 2013.- Vol. 2.- P 61-62.

Лопатухин А.Э., Киреев Д.Е., Поляков А.Н., Букин Е.К., Kaiser R., Luebke N., Куевда Д.А., Шипулин Г.А. Первый опыт применения стандартизированной генотипической методики определения тропизма ВИЧ // Клиническая лабораторная диагностика. - 2013. - № 6. - С. 46-48.

Gibson R.M., Schmotzer C.L., Quiñones-Mateu M.E. Next-generation sequencing to help monitor patients infected with HIV: ready for clinical use? // Curr. Infect. Dis. Rep.- 2014.- Vol. 16 (4).- P. 401.

HIV-1 Genotype [Электронный ресурс] URL. http://www.questdiagnostics.com/testcenter/testguide.action?dc=TS_HIV-1_Genotype&tabvi-ew=true (дата обращения 22.01.2015).

vircoTYPE HIV-1 [Электронный ресурс] URL. http://www.janssendiagnostics.com/virconet2/ifu (дата обращения 22.01.2015).

GenoSure PRIme [Электронный ресурс] URL. http://www.monogrambio.com/hiv-tests/genotypic-assays/genosure-prime (дата обращения 22.01.2015).

Halvas E.K., Aldrovandi G.M., Balfe P., Beck I.A., Boltz V.F., Coffin J.M., Frenkel L.M., Hazelwood J.D., Johnson V.A., Kearney M., Kovacs A., Kuritzkes D.R., Metzner K.J., Nissley D.V., Nowicki M., Palmer S., Ziermann R., Zhao R.Y., Jennings C.L., Bremer J., Brambilla D., Mellors J.W. Blinded, multicenter comparison of methods to detect a drug-resistant mutant of human immunodeficiency virus type 1 at low frequency // J. Clin. Microbiol.- 2006.- Vol. 44 (7).- P 2612-2614.

Paredes R., Lalama C.M., Ribaudo H.J., Schackman B.R., Shikuma C., Giguel F., Meyer W.A., Johnson V.A., Fiscus S.A., D’Aquila R.T., Gulick R.M., Kuritzkes D.R. Pre-existing minority drug-resistant HIV-1 variants, adherence, and risk of antiretroviral treatment failure // J. Infect. Dis.- 2010.- Vol. 201 (5).- P 662-671.

Johnson J.A., Li J.F., Wei X., Lipscomb J., Irlbeck D., Craig C., Smith A., Bennett D.E., Monsour M., Sandstrom P., Lanier E.R., Heneine W. MinorityHIV-1drug resistance mutations are present in antiretroviral treatment-naive populations and associate with reduced treatment efficacy // PLoS Med. - 2008.- Vol. 5 (7).- Р. 158.

Metzner K.J., Giulieri S.G., Knoepfel S.A., Rauch P., Burgisser P., Yerly S., Günthard H.F., Cavassini M. Minority quasispecies of drug resistant HIV-1 that lead to early therapy failure in treatment-naive and -adherent patients // Clin. Infect. Dis.- 2009.- Vol. 48 (2).- P 239-247.

Li J.Z., Kuritzkes D.R. Clinical implications of HIV-1 minority variants // Clin. Infect. Dis.- 2013.- V 56 (11).- P. 1667-1674.

Dello Russo C., Di Giacomo G., Mesoraca A., D’Emidio L., Iaconianni P., Minutolo E., Lippa A., Giorlandino C. Next generation sequencing in the identification of a rare genetic disease from preconceptional couple screening to preimplantation genetic diagnosis // J. Prenat. Med.- 2014.- Vol. 8(1-2).- P. 17-24.

Sie D., Snijders P.J., Meijer G.A., Doeleman M.W., van Moorsel M.I., van Essen H.F., Eijk P.P., Grünberg K., van Grieken N.C., Thunnissen E., Verheul H.M., Smit E.F., Ylstra B., Heideman D.A. Performance of amplicon-based next generation DNA sequencing for diagnostic gene mutation profiling in oncopathology // Cell Oncol. (Dordr.).- 2014.- Vol. 37 (5).- P 353-361.

Trujillano D., Weiss M.E., Schneider J., Köster J., Papachristos E.B., Saviouk V., Zakharkina T., Nahavandi N., Kovacevic L., Rolfs A. Next-generation sequencing of the BRCA1 and BRCA2 genes for the genetic diagnostics of hereditary breast and/or ovarian cancer // J. Mol. Diagn.- 2015.- Vol. 17 (2).- P 162-170.

Stanford University HIV Resistance Data Base. [Электронный ресурс]. URL: http://hivdb.stanford.edu/ (дата обращения: 04.02.2015).

EuResist Integrated Data Base. [Электронный ресурс]. URL: http://www.euresist.org/ (дата обращения: 04.02.2015).

Geno2pheno. [Электронный ресурс]. URL: http://www.geno2pheno.org/ (дата обращения: 04.02.2015).

Rega D.B. [Электронный ресурс]. URL: http://rega.kuleuven.be/cev/regadb/ (дата обращения: 04.02.2015).

Surveillance of HIV drug resistance in adults receiving ART. Concept note.- WHO, 2014.- 52 p.

Dudley D.M., Chin E.N., Bimber B.N., Sanabani S.S., Tarosso L.F., Costa P.R., Sauer M.M., Kallas E.G., O’Connor D.H. Low-cost ultra-wide genotyping using Roche/454 pyrosequencing for surveillance of HIV drug resistance // PLoS One.- 2012.- Vol. 7 (5).- e36494.

Gall A., Ferns B., Morris C., Watson S, Cotten M., Robinson M., Berry N., Pillay D., Kellam P. Universal amplification, next-generation sequencing, and assembly of HIV-1 genomes // J. Clin. Microbiol.- 2012.- Vol. 50 (12).- P 3838-3844.

Gibson R.M., Meyer A.M., Winner D., Archer J., Feyertag F., Ruiz-Mateos E., Leal M., Robertson D.L., Schmotzer C.L., Quiñones-Mateu M.E. Sensitive deep-sequencing-based HIV-1 genotyping assay to simultaneously determine susceptibility to protease, reverse transcriptase, integrase, and maturation inhibitors, as well as HIV-1 coreceptor tropism // Antimicrob. Agents Chemother.- 2014.- Vol. 58 (4). -P. 2167-2185.

Simen B.B., Simons J.F., Hullsiek K.H., Novak R.M., Macarthur R.D., Baxter J.D., Huang C., Lubeski C., Turenchalk G.S., Braverman M.S., Desany B., Rothberg J.M., Egholm M., Kozal M.J. Low-abundance drug-resistant viral variants in chronically HIV-infected, antiretroviral treatment-naive patients significantly impact treatment outcomes // J. Infect. Dis.- 2009.- Vol. 199 (5).- P. 693-701.

Gonzalez S., Tully D.C., Gondwe C., Wood C. Low-abundance resistant mutations in HIV-1 subtype C antiretroviral therapy-naive individuals as revealed by pyrosequencing // Curr. HIV Res.- 2013.- Vol. 11 (1).- P. 43-49.

Бобкова М.Р. Лекарственная устойчивость ВИЧ.- М.: Человек, 2014.- 288 с.

The authors declare that there are no conflicts of interest present.