Монахов Никита Эдуардович — аспирант федерального государственного бюджетного учреждения «Научно-исследовательский институт гриппа имени А. А. Смородинцева» Министерства здравоохранения Российской Федерации; заведующий поликлиническим инфекционным отделением № 3, врач-инфекционист Санкт-Петербургского государственного бюджетного учреждения здравоохранения «Центр по профилактике и борьбе со СПИД и инфекционными заболеваниями»
190103, Санкт-Петербург, наб. Обводного канала, д. 179
St. Petersburg
Ермаков Алексей Игоревич — заведующий клинико-диагностической лабораторией
190103, Санкт-Петербург, наб. Обводного канала, д. 179
St. Petersburg
Обижаева Елена Сергеевна — врач-инфекционист
190103, Санкт-Петербург, наб. Обводного канала, д. 179
St. Petersburg
Виноградова Татьяна Николаевна — кандидат медицинских наук, главный врач
190103, Санкт-Петербург, наб. Обводного канала, д. 179
St. Petersburg
Лиознов Дмитрий Анатольевич — доктор медицинских наук, профессор, директор федерального государственного бюджетного учреждения «Научно-исследовательский институт гриппа имени А. А. Смородинцева» Министерства здравоохранения Российской Федерации; профессор, заведующий кафедрой инфекционных болезней и эпидемиологии федерального государственного бюджетного образовательного учреждения высшего образования «Первый Санкт-Петербургский государственный медицинский университет имени академика И. П. Павлова» Министерства здравоохранения Российской Федерации
197376, Санкт-Петербург, ул. Профессора Попова, д. 15/17
St. Petersburg
Цель: оценить в динамике генетическое разнообразие циркулирующих вариантов ВИЧ-1 на территории Санкт-Петербурга.
Материалы и методы. В исследование включили 289 пациентов с вирусологическим неуспехом антиретровирусной терапии (АРТ) в 2022 г., наблюдавшихся в СПб ГБУЗ «Центр СПИД и инфекционных заболеваний». На генетическом анализаторе выполнен анализ фрагментов гена pol, кодирующего ферменты интегразу, обратную транскриптазу и протеазу методом полимеразной цепной реакции с последующим секвенированием по Сэнгеру продуктов амплификации. Филогенетическое дерево построено методом присоединения соседей, а проверка достоверности топологии дерева оценивалась в 1000 повторов анализируемой выборки, значение бутстрэп-анализа >70. Для динамической оценки циркуляции геновариантов ВИЧ в Санкт-Петербурге использовались последовательности и клинико-лабораторные данные, полученные ранее от 544 пациентов, начиная с 2018 года. Общая выборка включала 833 образца (из них 289 собранные в 2022 г.), которая была сопоставлена с данными аналогичного исследования на базе Центра СПИД 2006–2011 гг. у 1104 больных ВИЧ-инфекцией.
Результаты и их обсуждение. Среди обследуемых (95,1%, 275 чел.) доминировали «чистые» геноварианты ВИЧ, а именно подтип А6 — 88,2% (255 чел.); подтип В — 5,9% (17 чел.); С — 0,3% (1 чел.); G — 0,7% (2 чел.), доля рекомбинантных форм составила 4,9% (14 чел.). Доля новых случаев инфицирования ВИЧ не-А субтипом составила в коллекции образцов 2006–2011 гг.— 13,3%, а в коллекции образцов 2018–2022 гг.— 11,1%. Выявлено достоверное увеличение частоты встречаемости рекомбинантных форм ВИЧ-1 с течением времени с 1,6% до 3,5% (c2=6,111; р=0,014). В группе (2018–2022 гг.) рекомбинантная форма CRF63_02A6 встречалась чаще (15/29 чел.).
Заключение. Филогенетический анализ позволяет не только идентифицировать подтиповую принадлежность ВИЧ, но и установить потенциальное географическое происхождение вируса, выявить кластеры передачи с учетом социальнодемографических показателей больных ВИЧ-инфекцией. Молекулярно-эпидемиологический мониторинг может быть использован для разработок и реализации программ противодействия распространению ВИЧ в популяции. Доминирующим генетическим вариантом ВИЧ, циркулирующим на территории Санкт-Петербурга, как и 10 лет назад, остается суб-субтип А6. Доля новых случаев инфицирования не-А субтипом ВИЧ остается стабильной, с тенденцией к снижению. Увеличение частоты обнаружения рекомбинантных форм ВИЧ-1, вероятно, связано с миграционными процессами населения.
The aim of the study: to assess the genetic diversity of HIV-1 variants circulating in St. Petersburg.
Materials and methods. The study included 289 patients with virological ART failure in 2022 in the St. Petersburg AIDS Center. Fragments of the pol gene encoding integrase, reverse transcriptase and protease were analyzed by polymerase chain reaction and Sanger sequencing. Phylogenetic tree created by the Neighbor-joining method with 1000 repeats of nucleotide sequences, bootstrap values >70. To assess the circulation of HIV genovariants in dynamics in St. Petersburg, sequences and clinical and laboratory parameters obtained from 544 patients since 2018. The total sample included 833 samples (289 were collected in 2022), compared with the results of a study from 1104 HIV-infected patients in 2006–2011.
Results and discussion. Monovariants of HIV dominated in the examined patients (95.1%, 275 people), subtype A6 — 88.2% (255 people); subtype B — 5.9% (17 people); C — 0.3% (1 person); G — 0.7% (2 people), the proportion of recombinant forms — 4.9% (14 people). In the sample collection, the proportion of new HIV cases of non-A subtype was 13.3% in 2006–2011, and 11.1% in 2018–2022. A significant increase in the incidence of recombinant forms of HIV-1 was revealed from 1.6% to 3.5% (c2=6.111; p=0.014). In the group (2018–2022), the recombinant form of CRF63_02A6 was more common (15/29 people).
Conclusion. Phylogenetic analyses makes it possible to determine HIV subtypes, but also to establish the potential geographical origin of the virus, to identify transmission clusters taking into account the socio-demographic indicators of HIV-infected patients. Molecular epidemiological monitoring can be used to develop and implement programs to counter the spread of HIV among the population. The dominant genetic variant of HIV circulating in St. Petersburg is sub-subtype A6, as it was 10 years ago. The proportion of new cases of infection with non-A subtype of HIV remains stable, with a downward trend. The increase in the frequency of detection of recombinant forms of HIV-1 is probably related to the migration processes of the population.
The authors declare that there are no conflicts of interest present.