Preview

ВИЧ-инфекция и иммуносупрессии

Расширенный поиск

Генетический профиль ВИЧ-1 в Вологодской области: доминирование CRF03_AB и быстрое распространение URFs

https://doi.org/10.22328/2077-9828-2020-12-2-79-88

Полный текст:

Аннотация

Проведен молекулярно-эпидемиологический анализ ВИЧ-1 в городах Северо-Западного федерального округа — Вологде и Череповце. В исследовании использована коллекция мононуклеарных клеток периферической крови (МКПК), полученная от 80 ВИЧ-инфицированных пациентов: 52 образца были получены от пациентов, проживающих в г. Череповце, и 28 образцов — от проживающих в г. Вологде. Распределение генетических вариантов ВИЧ-1 в исследуемых городах было следующим: суб-субтип А6 — 51,25%; субтип В — 6,25%; рекомбинантная форма CRF_03AB — 32,5%; уникальные рекомбинантные формы (URFs) — 6,25%; 3,75% были представлены другими вариантами: G и CRF63_02A1. Филогенетический анализ подтвердил связь вирусов суб-субтипа А6 из Вологодской области с вариантом A6 (IDU-A), преобладающим в Украине, России и других странах бывшего Советского Союза; последовательности субтипа В образовывали на филограмме общую ветвь с референс-штаммами, характерными для мужчин, практикующих секс с мужчинами; 32,5% нуклеотидных последовательностей образовывали единый кластер с референс-штаммом CRF03_AB. Помимо данных субтипов, также обнаружено наличие уникальных рекомбинантных форм ВИЧ-1, содержащих сегменты вирусов суб-субтипа А6 и IDU-B. Результаты молекулярно-эпидемиологического исследования в Вологодской области также продемонстрировали существенные различия в генетических профилях ВИЧ-1 на территории двух близко расположенных городов — Вологды и Череповца. Таким образом, эволюция ВИЧ-1 на территории Вологодской области продолжается, при этом основными источниками изменчивости являются взаимное проникновение вирусов между группами риска и рекомбинационные процессы.

Об авторах

Е. Н. Ожмегова
ФГБУ «Национальный исследовательский центр эпидемиологии и микробиологии имени почетного академика Н. Ф. Гамалеи» МЗ РФ
Россия

Ожмегова Екатерина Никитична — младший научный сотрудник лаборатории вирусов лейкозов

123098, Москва, ул. Гамалеи, д. 16



А. А. Антонова
ФГБУ «Национальный исследовательский центр эпидемиологии и микробиологии имени почетного академика Н. Ф. Гамалеи» МЗ РФ
Россия

Антонова Анастасия Александровна — младший научный сотрудник лаборатории вирусов лейкозов

123098, Москва, ул. Гамалеи, д. 16



А. В. Лебедев
ФГБУ «Национальный исследовательский центр эпидемиологии и микробиологии имени почетного академика Н. Ф. Гамалеи» МЗ РФ
Россия

Лебедев Алексей Владимирович — научный сотрудник лаборатории вирусов лейкозов

123098, Москва, ул. Гамалеи, д. 16



Т. Н. Мельникова
БУЗ «Вологодский областной Центр по профилактике и борьбе со СПИД и инфекционными заболеваниями»
Россия

Мельникова Татьяна Николаевна — главный врач заведующая лабораторией клинической иммунологии

160002, Вологодская область, Вологда, ул. Щетинина, д. 17-А



Т. В. Крылова
Вологодская областная клиническая больница № 2
Россия

Крылова Татьяна Валентиновна — кандидат медицинских наук, заведующая Центром профилактики и борьбы со СПИДом

160002, Вологодская область, Вологда, Лечебная ул., д. 17



А. В. Казачек
БУЗ «Вологодский областной Центр по профилактике и борьбе со СПИД и инфекционными заболеваниями»
Россия

Казачек Андрей Владимирович — заместитель главного врача по медицинской части заведующая лабораторией клинической иммунологии

160002, Вологодская область, Вологда, ул. Щетинина, д. 17-А



Н. А. Ширяева
БУЗ «Вологодский областной Центр по профилактике и борьбе со СПИД и инфекционными заболеваниями»
Россия

Ширяева Наталья Александровна — заведующая клинико-диагностической лабораторией заведующая лабораторией клинической иммунологии

160002, Вологодская область, Вологда, ул. Щетинина, д. 17-А



И. Л. Кириллова
Вологодская областная клиническая больница № 2
Россия

Кириллова Ирина Львовна — кандидат медицинских наук, заведующая лабораторией клинической иммунологии

160002, Вологодская область, Вологда, Лечебная ул., д. 17



Е. В. Казеннова
ФГБУ «Национальный исследовательский центр эпидемиологии и микробиологии имени почетного академика Н. Ф. Гамалеи» МЗ РФ
Россия

Казеннова Елена Валерьевна — доктор биологических наук, ведущий научный сотрудник лаборатории вирусов лейкозов

123098, Москва, ул. Гамалеи, д. 16



М. Р. Бобкова
ФГБУ «Национальный исследовательский центр эпидемиологии и микробиологии имени почетного академика Н. Ф. Гамалеи» МЗ РФ
Россия

Бобкова Марина Ридовна — доктор биологических наук, заведующая лабораторией вирусов лейкозов

123098, Москва, ул. Гамалеи, д. 16



Список литературы

1. Hemelaar J., Gouws E., Ghys P.D., Osmanov S. Global trends in molecular epidemiology of HIV-1 during 2000–2007 // AIDS. 2011. Vol. 25, No. 5. P. 679–689.

2. Salemi M. Toward a robust monitoring of HIV subtypes distribution worldwide // AIDS. 2011. Vol. 25. No. 5. P. 713–714.

3. Bobkov A., Kazennova E., Selimova L. et al. A sudden epidemic of HIV type 1 among injecting drug users in the former Soviet Union: Identification of subtype A, subtype B, and novel gagA/envB recombinants // AIDS Res. Hum. Retroviruses. 1998. Vol. 14. P. 669–676.

4. Бобков А.Ф., Казеннова Е.В., Селимова Л.М. и др. Молекулярно-вирусологические особенности эпидемии ВИЧ-инфекции в России и других странах СНГ // Вестник РАМН. 2003. Т. 17, № 12. С. 83–85.

5. Гришечкин А.Е., Казеннова Е.В., Суханова А.Л. и др. Молекулярно-эпидемиологическая характеристика ВИЧ-инфекции на территории Алтайского края // Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии. 2006. Т. 1. С. 15–19.

6. Rumyantseva O.A., Olkhovskiy I.A., Malysheva M.A. et al. Epidemiological networks and drug resistance of HIV type 1 in Krasnoyarsk region, Russia // AIDS Res Hum Retroviruses. 2009. Vol. 25, No. 9. P. 31–36.

7. Казеннова Е.В., Антонова О.В., Кузин С.Н. и др. Молекулярно-эпидемиологическое исследование распространения ВИЧ-1 на территории Республики Саха (Якутия) // Вопросы вирусологии. 2011. Т. 56, № 5. C. 30–34.

8. Богачев В.В., Тотменин А.В., Барышев П.Б. и др. Молекулярно-генетическая характеристика вариантов ВИЧ-1 субтипов А и В, выделенных на территории Новосибирской области // Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии. 2012. Т. 6. С. 45–52.

9. Smolskaya T., Liitsola K., Zetterberg V. et al. HIV Epidemiology in the Northwestern Federal District of Russia: Dominance of HIV Type 1 Subtype A // AIDS Res Hum Retroviruses. 2006. Vol. 22. P. 1074–1080.

10. Казеннова Е.В., Бронникова А.В., Кузин С.Н. и др. Молекулярно-генетическая характеристика вариантов ВИЧ-1, циркулирующих в г.Череповце Вологодской области: второй случай эпидемической вспышки, вызванной рекомбинантом gagAenvB // Вопросы вирусологии. 2008. Т. 53, № 5. С. 23–27.

11. Курганова Т.Ю., Мельникова Т.Н., Огурцова С.В., Белякова Н.А. Доминирующие причины повышенной заболеваемости ВИЧ-инфекцией, новая волна срединаркопотребителей в Вологодской области // ВИЧ-инфекция и иммуносупрессии. 2018. Т. 10, № 4. С. 83–89.

12. Беляков Н.А., Лиознов Д.А., Коновалова Н.В. и др. Эпидемиология и тенденции развития эпидемии ВИЧ-инфекции на Северо-Западе Российской Федерации // Медицинский академический журнал. 2015. Т. 15. № 4. С. 59–69.

13. ВИЧ-инфекция и коморбидные состояния в Северо-Западном федеральном округе Российской Федерации в 2016 году: аналитический обзор / под ред. Н.А.Белякова. СПб.: ФБУН НИИЭМ имени Пастера, 2017. 52 c.

14. Miller SA, Dykes DD, Polesky HF. A simple salting out procedure for extracting DNA from human nucleated cellsTamura K., Stecher G., Peterson D., Filipski A., Kumar S. MEGA6: Molecular Evolutionary Genetics Analysis version 6.0 // Mol. Biol. Evol. 2013. Vol. 30, No. 12. P. 2725–2729.

15. Nguyen LT., Schmidt HA., von Haeseler A., Minh BQ. IQ-TREE: a fast and effective stochastic algorithm for estimating maximumlikelihood phylogenies // Mol Biol Evol. 2015. Vol. 32, No. 1. P. 268–274.

16. Baryshev P., Bogachev V., Gashnikova No Genetic characterization of an isolate of HIV type 1 AG recombinant form circulating in Siberia, Russia // Arch. Virol. 2012. Vol. 157, No. 12. P. 2335–2341.

17. Esteves, A., Parreira, R., Venenno, T., Franco, M., Piedade, J., Germano de Sousa, J., & Canas-Ferreira, W. F. (2002). Molecular Epidemiology of HIV Type 1 Infection in Portugal: High Prevalence of Non-B Subtypes // AIDS Research and Human Retroviruses. 2002. Vol. 18, No. 5. P. 313–325.

18. Delatorre E, Mir D, Bello G. Spatiotemporal dynamics of the HIV-1 subtype G epidemic in West and Central Africa // PLoS One. 2014. No. 9. e98908.

19. Streeck H., Li B., Poon A.F. et al. Immune-driven recombination and loss of control after HIVsuperinfection // J. Exp. Med. 2008. Vol. 205, No. 8. P. 1789–1796.

20. Kellam P., Larder B.A. Retroviral recombination can lead to linkage of reverse transcriptase mutations that confer increased zidovudine resistance // J. Virol. 1995. Vol. 69, No. 2. P. 669–674.

21. Woo J., Robertson D.L., Lovell S. C. Constraints from protein structure and intra-molecular coevolution influence the fitness of HIV-1 recombinants // Virology. 2014. Vol. 454–455. P. 34–39.


Для цитирования:


Ожмегова Е.Н., Антонова А.А., Лебедев А.В., Мельникова Т.Н., Крылова Т.В., Казачек А.В., Ширяева Н.А., Кириллова И.Л., Казеннова Е.В., Бобкова М.Р. Генетический профиль ВИЧ-1 в Вологодской области: доминирование CRF03_AB и быстрое распространение URFs. ВИЧ-инфекция и иммуносупрессии. 2020;12(2):79-88. https://doi.org/10.22328/2077-9828-2020-12-2-79-88

For citation:


Ozhmegova E.N., Antonova A.A., Lebedev A.V., Melnikova T.N., Krylova Т.V., Kazachek A.V., Shiryaeva N.A., Kirillova I.L., Kazennova E.V., Bobkova M.R. Genetic Profile of HIV-1 in the Vologda Region: Domination of CRF03_AB and Rapid Distribution of URFs. HIV Infection and Immunosuppressive Disorders. 2020;12(2):79-88. (In Russ.) https://doi.org/10.22328/2077-9828-2020-12-2-79-88

Просмотров: 101


Creative Commons License
Контент доступен под лицензией Creative Commons Attribution 4.0 License.


ISSN 2077-9828 (Print)