Генетический профиль ВИЧ-1 в Вологодской области: доминирование CRF03_AB и быстрое распространение URFs

Проведен молекулярно-эпидемиологический анализ ВИЧ-1 в городах Северо-Западного федерального округа — Вологде и Череповце. В исследовании использована коллекция мононуклеарных клеток периферической крови (МКПК), полученная от 80 ВИЧ-инфицированных пациентов: 52 образца были получены от пациентов, проживающих в г. Череповце, и 28 образцов — от проживающих в г. Вологде. Распределение генетических вариантов ВИЧ-1 в исследуемых городах было следующим: суб-субтип А6 — 51,25%; субтип В — 6,25%; рекомбинантная форма CRF_03AB — 32,5%; уникальные рекомбинантные формы (URFs) — 6,25%; 3,75% были представлены другими вариантами: G и CRF63_02A1. Филогенетический анализ подтвердил связь вирусов суб-субтипа А6 из Вологодской области с вариантом A6 (IDU-A), преобладающим в Украине, России и других странах бывшего Советского Союза; последовательности субтипа В образовывали на филограмме общую ветвь с референс-штаммами, характерными для мужчин, практикующих секс с мужчинами; 32,5% нуклеотидных последовательностей образовывали единый кластер с референс-штаммом CRF03_AB. Помимо данных субтипов, также обнаружено наличие уникальных рекомбинантных форм ВИЧ-1, содержащих сегменты вирусов суб-субтипа А6 и IDU-B. Результаты молекулярно-эпидемиологического исследования в Вологодской области также продемонстрировали существенные различия в генетических профилях ВИЧ-1 на территории двух близко расположенных городов — Вологды и Череповца. Таким образом, эволюция ВИЧ-1 на территории Вологодской области продолжается, при этом основными источниками изменчивости являются взаимное проникновение вирусов между группами риска и рекомбинационные процессы.

1. Hemelaar J., Gouws E., Ghys P.D., Osmanov S. Global trends in molecular epidemiology of HIV-1 during 2000–2007 // AIDS. 2011. Vol. 25, No. 5. P. 679–689.

2. Salemi M. Toward a robust monitoring of HIV subtypes distribution worldwide // AIDS. 2011. Vol. 25. No. 5. P. 713–714.

3. Bobkov A., Kazennova E., Selimova L. et al. A sudden epidemic of HIV type 1 among injecting drug users in the former Soviet Union: Identification of subtype A, subtype B, and novel gagA/envB recombinants // AIDS Res. Hum. Retroviruses. 1998. Vol. 14. P. 669–676.

4. Бобков А.Ф., Казеннова Е.В., Селимова Л.М. и др. Молекулярно-вирусологические особенности эпидемии ВИЧ-инфекции в России и других странах СНГ // Вестник РАМН. 2003. Т. 17, № 12. С. 83–85.

5. Гришечкин А.Е., Казеннова Е.В., Суханова А.Л. и др. Молекулярно-эпидемиологическая характеристика ВИЧ-инфекции на территории Алтайского края // Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии. 2006. Т. 1. С. 15–19.

6. Rumyantseva O.A., Olkhovskiy I.A., Malysheva M.A. et al. Epidemiological networks and drug resistance of HIV type 1 in Krasnoyarsk region, Russia // AIDS Res Hum Retroviruses. 2009. Vol. 25, No. 9. P. 31–36.

7. Казеннова Е.В., Антонова О.В., Кузин С.Н. и др. Молекулярно-эпидемиологическое исследование распространения ВИЧ-1 на территории Республики Саха (Якутия) // Вопросы вирусологии. 2011. Т. 56, № 5. C. 30–34.

8. Богачев В.В., Тотменин А.В., Барышев П.Б. и др. Молекулярно-генетическая характеристика вариантов ВИЧ-1 субтипов А и В, выделенных на территории Новосибирской области // Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии. 2012. Т. 6. С. 45–52.

9. Smolskaya T., Liitsola K., Zetterberg V. et al. HIV Epidemiology in the Northwestern Federal District of Russia: Dominance of HIV Type 1 Subtype A // AIDS Res Hum Retroviruses. 2006. Vol. 22. P. 1074–1080.

10. Казеннова Е.В., Бронникова А.В., Кузин С.Н. и др. Молекулярно-генетическая характеристика вариантов ВИЧ-1, циркулирующих в г.Череповце Вологодской области: второй случай эпидемической вспышки, вызванной рекомбинантом gagAenvB // Вопросы вирусологии. 2008. Т. 53, № 5. С. 23–27.

11. Курганова Т.Ю., Мельникова Т.Н., Огурцова С.В., Белякова Н.А. Доминирующие причины повышенной заболеваемости ВИЧ-инфекцией, новая волна срединаркопотребителей в Вологодской области // ВИЧ-инфекция и иммуносупрессии. 2018. Т. 10, № 4. С. 83–89.

12. Беляков Н.А., Лиознов Д.А., Коновалова Н.В. и др. Эпидемиология и тенденции развития эпидемии ВИЧ-инфекции на Северо-Западе Российской Федерации // Медицинский академический журнал. 2015. Т. 15. № 4. С. 59–69.

13. ВИЧ-инфекция и коморбидные состояния в Северо-Западном федеральном округе Российской Федерации в 2016 году: аналитический обзор / под ред. Н.А.Белякова. СПб.: ФБУН НИИЭМ имени Пастера, 2017. 52 c.

14. Miller SA, Dykes DD, Polesky HF. A simple salting out procedure for extracting DNA from human nucleated cellsTamura K., Stecher G., Peterson D., Filipski A., Kumar S. MEGA6: Molecular Evolutionary Genetics Analysis version 6.0 // Mol. Biol. Evol. 2013. Vol. 30, No. 12. P. 2725–2729.

15. Nguyen LT., Schmidt HA., von Haeseler A., Minh BQ. IQ-TREE: a fast and effective stochastic algorithm for estimating maximumlikelihood phylogenies // Mol Biol Evol. 2015. Vol. 32, No. 1. P. 268–274.

16. Baryshev P., Bogachev V., Gashnikova No Genetic characterization of an isolate of HIV type 1 AG recombinant form circulating in Siberia, Russia // Arch. Virol. 2012. Vol. 157, No. 12. P. 2335–2341.

17. Esteves, A., Parreira, R., Venenno, T., Franco, M., Piedade, J., Germano de Sousa, J., & Canas-Ferreira, W. F. (2002). Molecular Epidemiology of HIV Type 1 Infection in Portugal: High Prevalence of Non-B Subtypes // AIDS Research and Human Retroviruses. 2002. Vol. 18, No. 5. P. 313–325.

18. Delatorre E, Mir D, Bello G. Spatiotemporal dynamics of the HIV-1 subtype G epidemic in West and Central Africa // PLoS One. 2014. No. 9. e98908.

19. Streeck H., Li B., Poon A.F. et al. Immune-driven recombination and loss of control after HIVsuperinfection // J. Exp. Med. 2008. Vol. 205, No. 8. P. 1789–1796.

20. Kellam P., Larder B.A. Retroviral recombination can lead to linkage of reverse transcriptase mutations that confer increased zidovudine resistance // J. Virol. 1995. Vol. 69, No. 2. P. 669–674.

21. Woo J., Robertson D.L., Lovell S. C. Constraints from protein structure and intra-molecular coevolution influence the fitness of HIV-1 recombinants // Virology. 2014. Vol. 454–455. P. 34–39.