ТОЧНОСТЬ ОПРЕДЕЛЕНИЯ СУБТИПА ВИЧ-1 НА ОСНОВАНИИ АНАЛИЗА НУКЛЕОТИДНЫХ ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТЕЙ V3 ПЕТЛИ ГЕНА gp120

Введение в рутинную лабораторную практику в России секвенирования гена gp120 белка оболочки ВИЧ-1, необходимого перед назначением препарата маравирок, относящегося к классу CCR5-антагонистов, позволит накопить достаточное количество нуклеотидных последовательностей региона env. Эта информация может оказаться полезной не только для назначения эффективной схемы терапии, но и для эпидемиологического надзора. «Золотым» стандартом при определении субтипа вируса является филогенетический метод, однако в практике в силу ряда сложностей он используется довольно редко. Значительно чаще применяется автоматическое субтипирование с использованием специальных программ, основанных на различных статистических или математических подходах. В настоящее время достоверность определения субтипа ВИЧ-1 при анализе нуклеотидных последовательностей V3 петли с помощью автоматических алгоритмов вариантов ВИЧ, циркулирующих в России, изучена недостаточно. В этой работе мы определили, насколько точно анализ фрагмента гена gp120, расположенного в регионе env, позволяет определить субтип ВИЧ-1. Совпадение результатов автоматического субтипирования по регионам pol и env составило 84,7%. Дискордантные результаты были связаны в первую очередь, с недостаточной чувствительностью в отношении рекомбинантных вариантов ВИЧ-1 при субтипировании по региону env, а также некорректной работой алгоритмов автоматического субтипирования.

ВИЧ-1, V3 петля, gp120, регион env, субтипирование, geno2pheno, REGA, HIV-1, env gene, subtyping, Geno2pheno, REGA

1. Global report: UNAIDS Report on global AIDS epidemic 2013 / WHO Library Cataloguing-in-Publication Data. - Geneva: UNAIDS, 2013. - 198 р.

2. Покровский В.В., Ладная Н.Н., Соколова Е.В., Буравцова Е.В. ВИЧ-инфекция: Информационный бюллетень № 38. - М.: Федеральный научно-методический центр по профилактике и борьбе со СПИДом, 2013. - 53 с. - URL: http://hivrussia.ru/files/bul_38.pdf (дата обращения 07.07.2014) г.

3. HIV DATABASES. - URL: www.hiv.lanl.gov (дата обращения 5.06.2014).

4. Hemelaar J. Implications of HIV diversity for the HIV-1 pandemic // Journal of Infections. - 2013. - Vol. 66. - P. 391-400.

5. Bobkova M. Current status of HIV-1 diversity and drug resistance monitoring in the former USSR // AIDS Rev. - 2013. - Vol. 15. - P. 204-212.

6. Santoro M.M., Perno C.F. HIV-1 genetic variability and clinical implication // ISRN Microbioilogy. - 2013. - 2013. - Р. 481314, doi: 10.1155/2013/481314.

7. de Oliveira T., Deforche K., Cassol S., Salminen M., Paraskevis D., Seebregts C., Snoeck J., van Rensburg E.J., Wensing A.M., van de Vijver D.A., Boucher C.A., Camacho R., Vandamme A.M. An automated genotyping system for analysis of HIV-1 and other microbial sequences // Bioinformatics. - 2005. - Vol. 21 (19). - p. 3797-3800.

8. Lengauer T. Bioinformatical assistance of selecting anti-HIV therapies: where do we stand? // Intervirology. - 2012. - Vol. 55. - P. 108-112.

9. Tamura K., Stecher G., Peterson D., Filipski A., Kumar S. MEGA6: Molecular Evolutionary Genetics Analysis Version 6.0 // Molecular Biology and Evolution. - 2013. - Vol. 30. - P. 2725-2729.

10. Lengauer T., Sander O., Sierra S., Thielen A., Kaiser R. Bioinformatics prediction of HIV coreceptor usage // Nat Biotechnol. - 2007. - Vol. 25. - P. 1407-1410.

11. Liitsola K., Holm K., Bobkov A., Pokrovsky V., Smolskaya T., Leinikki P., Osmanov S., Salminen M. An AB recombinant and its parental HIV type 1 strains in the area of the former Soviet Union: low requirements for sequence identity in recombination. UNAIDS Virus Isolation Network // AIDS Res. Hum. Retroviruses. - 2000. - Vol. 16 (11). - P. 1047-1053.

12. Yebra G., Mulder M., Martin L., Perez-Cachafeiro S., Rodriguez C., Labarga P. Sensitivity of seven HIV subtyping tools differs among subtypes/recombinants in the Spanish cohort of naïve HIV-infected patients (CoRIS) // Antiviral Res. - 2011. - Vol. 89. - P. 19-25.

13. Snoeck J.I., Kantor R., Shafer R.W., Van Laethem K., Deforche K., Carvalho A.P. Discordances between interpretation algorithms for genotypic resistance to protease and reverse transcriptase inhibitors of human immunodeficiency virus are subtype dependent // Antimicrob Agents Chemother. - 2006. - Vol. 50. - P. 694-701.

14. Struck D., Lawyer G., Ternes A.M., Schmit J.C., Perez Bercoff D. COMET: adaptive context-based modeling for ultrafast HIV-1 subtype identification// Nucleic Acids Research 2014. doi 10.1093/nar/gku739.