ТОЧНОСТЬ ОПРЕДЕЛЕНИЯ СУБТИПА ВИЧ-1 НА ОСНОВАНИИ АНАЛИЗА НУКЛЕОТИДНЫХ ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТЕЙ V3 ПЕТЛИ ГЕНА gp120

Аннотация

Введение в рутинную лабораторную практику в России секвенирования гена gp120 белка оболочки ВИЧ-1, необходимого перед назначением препарата маравирок, относящегося к классу CCR5-антагонистов, позволит накопить достаточное количество нуклеотидных последовательностей региона env. Эта информация может оказаться полезной не только для назначения эффективной схемы терапии, но и для эпидемиологического надзора. «Золотым» стандартом при определении субтипа вируса является филогенетический метод, однако в практике в силу ряда сложностей он используется довольно редко. Значительно чаще применяется автоматическое субтипирование с использованием специальных программ, основанных на различных статистических или математических подходах. В настоящее время достоверность определения субтипа ВИЧ-1 при анализе нуклеотидных последовательностей V3 петли с помощью автоматических алгоритмов вариантов ВИЧ, циркулирующих в России, изучена недостаточно. В этой работе мы определили, насколько точно анализ фрагмента гена gp120, расположенного в регионе env, позволяет определить субтип ВИЧ-1. Совпадение результатов автоматического субтипирования по регионам pol и env составило 84,7%. Дискордантные результаты были связаны в первую очередь, с недостаточной чувствительностью в отношении рекомбинантных вариантов ВИЧ-1 при субтипировании по региону env, а также некорректной работой алгоритмов автоматического субтипирования.