Генетический профиль ВИЧ-1 на территории Республики Саха, Якутия

Цель. Проведение молекулярно-генетического анализа вариантов ВИЧ-1, циркулирующих на территории Республики Саха (Якутия), включая анализ мутаций лекарственной устойчивости.

Материалы и методы. Обследованы 123 пациента с диагнозом «ВИЧ-инфекция». Мутации резистентности выявляли методом секвенирования амплифицированных фрагментов гена pol, кодирующих протеазу и часть обратной транскриптазы ВИЧ-1, с использованием тест-системы «АмплиСенс® HIV-Resist-Seq». Филогенетический анализ выполняли с помощью программы MEGA версии 7.0.

Результаты и их обсуждение. В обследованной группе преобладал характерный для России суб-субтип A6 (78,0%), в 4 случаях был обнаружен субтип В (3,3%), зафиксированы единичные случаи инфицирования субтипами С, G и субсубтипом А7. В  16,2% случаев (n=20) были обнаружены рекомбинантные формы вируса. Мутации лекарственной устойчивости (ЛУ), а значит, и необходимость замены терапии были выявлены у 65 пациентов (52,8%), получающих антиретровирусную терапию (АРТ).

Заключение. Результаты исследования выявили изменения в генетическом профиле вариантов ВИЧ-1, циркулирующих в последние годы на территории Республики Саха (Якутия).

1. Yamaguchi J., Vallari A., McArthur C., Sthreshle L., Cloherty G.A., Berg M.G., Rodgers M.A. Brief Report: Complete Genome Sequence of CG0018a-01 Establishes HIV-1 Subtype L // J. Acquir. Immune Defic. Syndr. 2020. Vol. 83, No. 3. P. 319–322. doi: 10.1097/QAI.0000000000002246.

2. Foley B.T., Leitner T., Paraskevis D., Peeters M. Primate immunodeficiency virus classification and nomenclature // Infect. Genet. Evol. 2016. Vol. 46. P. 150–158. doi: 10.1016/j.meegid.2016.10.018.

3. Schlösser M., Kartashev V.V., Mikkola V.H., Shemshura A., Saukhat S., Kolpakov D., Suladze A., Tverdokhlebova T., Hutt K., Heger E., Knops E., Böhm M., Di Cristanziano V., Kaiser R., Sönnerborg A., Zazzi M., Bobkova M., Sierra S. HIV-1 Sub-Subtype A6: Settings for Normalised Identification and Molecular Epidemiology in the Southern Federal District, Russia // Viruses. 2020. Vol. 12, No. 4. v12040475. doi: 10.3390/v12040475.

4. Bobkova M. Current status of HIV-1 diversity and drug resistance monitoring in the former USSR // AIDS Rev. 2013. Vol. 15, No. 4. P. 204–212.

5. Diez-Fuertes F., Cabello M., Thomson M.M. Bayesian phylogeographic analyses clarify the origin of the HIV-1 subtype A variant circulating in former Soviet Union’s countries // Infect. Genet. Evol. 2015. Vol. 33. P. 197–205. doi: 10.1016/j.meegid.2015.05.003.

6. Thomson M.M., de Parga E.V., Vinogradova A., Sierra M., Yakovlev A., Rakhmanova A., Delgado E., Casado G., Munoz M., Carmona R., et al. New insights into the origin of the HIV type 1 subtype A epidemic in former Soviet Union’s countries derived from sequence analyses of preepidemically transmitted viruses // AIDS Res. Hum. Retrovir. 2007. Vol. 23. P. 1599–1604. doi: 10.1089/aid.2007.0166.

7. Baryshev P.B., Bogachev V.V., Gashnikova N.M. HIV-1 Genetic Diversity in Russia: CRF63_02A1, a New HIV Type 1 Genetic Variant Spreading in Siberia // AIDS Res. Hum. Retroviruses. 2014. Vol. 30, No. 6. Р. 592–597. doi: 10.1089/aid.2013.0196.

8. Лаповок И.А., Лопатухин А.Э., Киреев Д.Е., Казеннова Е.В., Лебедев А.В., Бобкова М.Р., Коломеец А.Н., Турбина Г.И., Шипулин Г.А., Ладная Н.Н., Покровский В.В. Молекулярно-эпидемиологический анализ вариантов ВИЧ-1, циркулировавших в России в 1987–2015 гг. // Терапевтический архив. 2017. Т. 89, № 11. С. 44–49. doi: 10.17116/terarkh2017891144-49.

9. Антонова А.А., Туманов А.С., Лебедев А.В., Казеннова Е.В., Глинкина Л.Н., Кулагин В.В., Шемшура А.Б., Лебедев П.В., Хотелева Л.В., Бобкова М.Р. Генетический профиль и характеристика мутаций лекарственной устойчивости ВИЧ-1 на территории Краснодарского края в период 2014–2019 гг. // ВИЧ-инфекция и иммуносупрессии. 2022. Т. 14, № 2. С. 20–30. doi: http://dx.doi.org/10.22328/2077-9828-2022-14-2-20-30.

10. Щемелев А.Н., Семенов А.В., Останкова Ю.В., Найденова Е.В., Зуева Е.Б., Валутите Д.Э., Чурина М.А., Виролайнен П.А., Тотолян А.А. Генетическое разнообразие вируса иммунодефицита человека (ВИЧ-1) в Калининградской области // Вопросы вирусологии. 2022. Т. 67, № 4. С. 310–321. doi: 10.36233/0507-4088-119.

11. Казеннова Е.В., Нешумаев Д.А., Рукавицин Д.В., Лаповок И.А., Лага В.Ю., Ракчеева О.В., Васильева А.В., Туманов А.С., Воронцова Г.А., Кузнецова А.В., Лойфман Е.А., Старухина И.Н., Кустова О.И., Половица Н.В., Липская Н.А., Бобкова М.Р. Молекулярно-эпидемиологический анализ эпидемии ВИЧ-инфекции в Благовещенске и Хабаровске (Дальний Восток России) // Вопросы вирусологии. 2014. Т. 59, № 4. С. 31– 36.

12. Котова В.О., Балахонцева Л.А., Базыкина Е.А., Троценко О.Е. Циркулирующие рекомбинантные формы ВИЧ-1 на территориях Дальневосточного федерального округа // Дальневосточный журнал инфекционной патологии. 2021. № 40. С. 79–87.

13. Казеннова Е.В., Лага В.Ю., Громов К.Б., Санков М.Н., Попова Е.С., Игумнова Е.Г., Опарина Е.Н., Сорокина Т.А., Бобкова М.Р. Молекулярно-эпидемиологический анализ ВИЧ-инфекции в северных портовых городах России // Вопросы вирусологии. 2017. Т. 62, № 4. С. 154–161. doi: 10.18821/0507-4088-2017-62-4-154-161.

14. Туманов А.С., Казеннова Е.В., Громов К.Б., Ломакина Е.А., Зозуля Е.Ю., Берсенев П.Г., Бобкова М.Р. Молекулярно-эпидемиологический анализ ВИЧ-инфекции в Сахалинской области // ВИЧ-инфекция и иммуносупрессии. 2017. Т. 9, № 3. С. 113–120. doi: 10.22328/2077-9828-2017-9-3-113-120.

15. Котова В.О., Троценко О.Е., Балахонцева Л.А., Базыкина Е.А. Молекулярно-генетическая характеристика вариантов ВИЧ-1, выделенных в субъектах Дальневосточного федерального округа // Вопросы вирусологии. 2019. Т. 64, № 2. С. 79–89. doi: 10.18821/0507-4088-2019-64-2-79-89.

16. Котова В.О., Троценко О.Е., Балахонцева Л.А., Базыкина Е.А., Янович О.А., Щиканов Ю.В., Павлова М.Н., Шмакова Т.И. Молекулярноэпидемиологическая характеристика вариантов ВИЧ-1, циркулирующих на территории Еврейской автономной области // ВИЧ-инфекция и иммуносупрессии. 2018. № 4. С. 90–99. doi: 10.22328/2077-9828-2018-10-4-90-99.

17. Казеннова Е.В., Васильев А.В. Лаповок И.А., Гришечкин А.Е., Лага В.Ю., Саламов Г.Г., Туманов А.С., Парыгина О.А., Рузаева Л.А., Грезина Л.А., Серкина Т.П., Кауфман О.А., Ооржак Н.Д., Лукашов В.В., Бобкова М.Р. Генетические варианты ВИЧ-1 в азиатской части России (2005–2010) // Вопросы вирусологии. 2013. Т. 58, № 4. С. 28–35.

18. Kumar S., Stecher G., Tamura K. MEGA7: Molecular Evolutionary Genetics Analysis Version 7.0 for Bigger Datasets // Mol. Biol. Evol. 2016. Vol. 33, No. 7. Р. 1870–1874. doi: 10.1093/molbev/msw054.

19. Kazennova E., Laga V., Lapovok I., Glushchenko N., Neshumaev D., Vasilyev A., Bobkova M. HIV-1 Genetic Variants in the Russian Far East // AIDS Res. Hum. Retroviruses. 2014. Vol. 30, No. 8. Р. 742–752. doi: 10.1089/aid.2013.0194.

20. Melikian G.L., Rhee S.Y., Taylor J., Fessel W.J., Kaufman D., Towner W., Troia-Cancio P.V., Zolopa A., Robbins G.K., Kagan R., Israelski D., Shafer R.W. Standardized Comparison of the Relative Impacts of HIV-1 ReverseTranscriptase (RT) Mutations on Nucleoside RT Inhibitor Susceptibility // Antimicrob. Agents Chemother. 2012. No. 5. Р. 2305–2313. doi: 10.1128/aac.05487-11.

21. Кириченко А.А., Киреев Д.Е., Шлыкова А.В., Лопатухин А.Э., Лаповок И.А., Салеева Д.В., Кравченко А.В., Покровский В.В. Лекарственная устойчивость ВИЧ-1 у пациентов с вирусологической неэффективностью АРТ в России (2013–2021 гг.) // Эпидемиология и инфекционные болезни. Актуальные вопросы. 2021. Т. 11, № 3. С. 53–62. doi: 10.18565/epidem.2021.11.3.53-62.