Preview

ВИЧ-инфекция и иммуносупрессии

Расширенный поиск

СОЗДАНИЕ КОЛЛЕКЦИИ СОВРЕМЕННЫХ ИЗОЛЯТОВ ВИЧ-1, ВКЛЮЧАЮЩЕЙ ОСНОВНЫЕ РОССИЙСКИЕ ГЕНЕТИЧЕСКИЕ ВАРИАНТЫ ВИРУСА

https://doi.org/10.22328/2077-9828-2017-9-1-65-76

Полный текст:

Аннотация

Целью работы являлась отработка методик выделения изолятов ВИЧ-1 из клинического материала периферической крови ВИЧ-инфицированных пациентов, создание коллекции первичных изолятов ВИЧ-1,  изучение биологических особенностей современных генетических вариантов ВИЧ-1  субтипов А, В и циркулирующей рекомбинантной формы CRF63_02A1. Выделение изолятов ВИЧ-1 и изучение их биологических свойств крайне важны для более глубокого понимания биологии вируса и мониторинга характеристик распространяющихся вариантов ВИЧ-1. Материалы и методы. Выделение МПК проводили центрифугированием цельной крови (325 g, 30 мин) на градиенте Ficoll 1,077–1,080 г/мл (MPBiomedicals, USA) с последующей двукратной отмывкой средой RPMI-1640. Стимуляцию донорских МПК проводили в среде RPMI-1640. Отобранную культуральную жидкость анализировали на содержание вирусного белка р24 и криоконсервировали. Репродукцию вируса определяли по накоплению вирусспецифического белка p24 в культуральной жидкости, концентрацию которого выявляли с использованием тест-системы «ВИЧ-1 р24-антиген-ИФА-БЕСТ». Вирусную РНК выделяли из плазмы крови ВИЧ-инфицированных пациентов. Для выделения РНК использовали наборы «РеалБест ДельтаМаг ВГВ/ВГС/ВИЧ», «Вектор-Бест», Россия. «ОТ-ПЦР» — «РеалБест  Мастер микс ОТ», «Вектор-Бест», Россия, «ПЦР»  — «БиоМастер HS-Taq ПЦР-Color (2×)»,  «Билабмикс», Россия. Генетическую характеризацию выделенных изолятов осуществляли методом определения нуклеотидных последовательностей фрагментов генома ВИЧ-1, кодирующих области гена pol и основного белка оболочки (ген env). Для определения и анализа нуклеотидной последовательности гена pol использовали наборы BigDyeTerminatorv31, USA. Выделено и описано 67 инфекционных вариантов ВИЧ-1: CRF63_02А1, субтипа А, ВиCRF02_АG.

Об авторах

Н. В. Богачева
Вектор, Государственный научный центр
Россия

Богачева Наталья Владимировна — младший научный сотрудник отдела ретровирусов.

+7 (383 363-48-40, 630559, р. п. Кольцово, Новосибирская область, e-mail: unagaeva_nv@vector.nsc.ru



Н. А. Бледных
Вектор, Государственный научный центр
Россия

Бледных  Наталья Анатольевна — младший научный сотрудник отдела ретровирусов.

630559, р. п. Кольцово, Новосибирская область


А. В. Тотменин
Вектор, Государственный научный центр
Россия

Тотменин Алексей  Владимирович — начальник лаборатории отдела ретровирусов.

+7 (383) 363-48-40, 630559, р. п. Кольцово, Новосибирская область, e-mail: totmenin_av@vector.nsc.ru



Ф. О. Мирджамалова
Центр по профилактике и борьбе со СПИД и инфекционными заболеваниями
Россия

Мирджамалова Феруза  Одилжоновна — врач-инфекционист.

+7 383 336-72-74, 630049, Новосибирск, ул. Дуси Ковальчук, 272/2, офис 202, e-mail: fira2709dobs@mail.ru



Ю. В. Соколов
Центр по профилактике и борьбе со СПИД и инфекционными заболеваниями
Россия

Соколов Юрий Владимирович — заместитель главного врача.

+7 (383) 336-75-10, 630049, Новосибирск, ул. Дуси Ковальчук, 272/2, офис 202, е-mail: topnsk@.mail.ru



Н. М. Гашникова
Вектор, Государственный научный центр
Россия

Гашникова Наталья Матвеевна — кандидат биологических наук, заведующая отделом ретровирусов.

+7 (383) 363-48-40, 630559, р. п. Кольцово, Новосибирская область, Россия, e-mail: ngash@ngs.ru, ngash@vector.nsc.ru



Список литературы

1. Беляков Н.А., Рахманова А.Г. Вирус иммунодефицита человека — медицина // Балтийский медицинский образовательный центр, 2011. 656 с. [Belyakov N.A., Rakhmanova A.G. HIV — medicine. Saint-Petersburg: The Baltic Medical Education Center, 2011, 656 p. (In Russ.)].

2. Саухат С.Р., Шемшура А.Б., Колпаков Д.С., Кучеренко И.Б., Кудря Е.В., Свечникова Л.В., Тотменин А.В., Гашникова Н.М. Выявление случаев инфицирования рекомбинантными формами 02_AG ВИЧ-1 на территории ЮФО и СКФО РФ // Инфекция и иммунитет. 2012. Т. 2, № 1–2. С. 423. [Saukhat S.R., Shemshura A.B., Kolpakov D.S., Kucherenko I.B., Kudrya E.V., Svechnikova L.V., Tokmenin A.V., Gashnikova N.M. Identifying infections 02_AG recombinant forms of HIV-1 on the territory of the southern Federal district and North Caucasus Federal district of the Russian Federation. Infection and Immunity, 2012, Vol. 2, No. 1–2, pp. 423 (In Russ.)].

3. Butler I.F., Pandrea I., Marx P.A. HIV genetic diversity: biological and public health consequences. Curr. HIV Res., 2007, Vol. 5, pp. 23–45.

4. Zhang M., Foley B., Schultz A.K., Macke J.P., Bulla I., Stanke M., Morgenstern B., Korber B., Leitner T. The role of recombination in the emergence of a complex and dynamic HIV epidemic. Retrovirology, 2010, Vol. 7, pp. 25.

5. Nora T., Charpentier C., Tenaillon O., Hoede C., Clavel F., Hance A.J. Contribution of recombination to the evolution of human immunodeficiency viruses expressing resistance to antiretroviral treatment. J. Virol., 2007, Vol. 81, pp. 7620–7628.

6. Hemelaar J., Gouws E., Ghys P.D., Osmanov S. Global and regional distribution of HIV-1 genetic subtypes and recombinants in 2004. AIDS, 2006, Vol. 20, pp. 13–23.

7. Abecasis A.B., Vandamme А.М., Lemey Р. Quantifying differences in the tempo of human immunodeficiency virus type 1 subtype evolution. J. Virol., 2009, Vol. 83, pp. 12917–12924.

8. Easterbrook P.J., Smith M., Mullen J., O’Shea S., Chrystie I., de Ruiter A., Tatt I.D., Geretti A.M., Zuckerman M. Impact of HIV-1 viral subtype on disease progression and response to antiretroviral therapy. J. Int. AIDS Soc., 2010, Vol. 13, pp. 13–14.

9. Fernández-García A., Cuevas M.T., Muñoz-Nieto M., Ocampo A., Pinilla M., García V., Serrano-Bengoechea E., Lezaun M.J., Delgado E. Development of a panel of well-characterized human immunodeficiency virus type 1 isolates from newly diagnosed patients. AIDS Research and Human Retroviruses, 2009, Vol. 25, pp. 93–102.

10. Njai H.F., Gali Y., Vanham G., Clybergh C., Jennes W., Vidal N., Butel C., Mpoudi-Ngolle E., Peeters M., Ariën K.K. The predominance of Human Immunodeficiency Virus type 1 (HIV-1) circulating recombinant form 02 (CRF02_AG) in West Central Africa may be related to its replicative fitness. Retrovirology, 2006, Vol. 3, pp. 3–40.

11. Kouri V., Khouri R., Alemán Y., Abrahantes Y., Vercauteren J., Pineda-Peña A.C., Theys K., Megens S., Moutschen M., Pfeifer N. CRF19_cpx is an Evolutionary fit HIV-1 Variant Strongly Associated With apid Progression to AIDS in Cuba. EBioMedicine, 2015, Vol. 2, No. 3, pp. 244–254.

12. Esbjörnsson J., Månsson F., Martínez-Arias W., Vincic E., Biague A.J., da Silva Z.J., Fenyö E.M., Norrgren H., Medstrand P. Frequent CXCR4 tropism of HIV-1 subtype A and CRF02_AG during late-stage disease-indication of an evolving epidemic in West Africa. Retrovirology, 2010, Vol. 22, pp. 2.

13. Brown B.K., Darden J.M., Tovanabutra S., Oblander T., Frost J., Sanders-Buell E., de Souza M.S., Birx D.L., McCutchan F.E., Polonis V.R. Biologic and genetic characterization of a panel of 60 human immunodeficiency virus type 1 isolates, representing clades A, B, C, D, CRF01_AE, and CRF02_AG, for the development and assessment of candidate vaccines. J. Virol., 2005, Vol. 79, pp. 6089–6101.

14. Konings F.A., Burda S.T., Urbanski M.M., Zhong P., Nadas A., Nyambi P.N. Human immunodeficiency virus type 1 (HIV-1) circulating recombinant form 02_AG (CRF02_AG) has a higher in vitro replicative capacity than its parental subtypes A and G. J. Med. Virol., 2006, Vol. 78 (5), pp. 523–534.

15. Fischetti L., Opare-Sem O., Candotti D., Lee H., Allain J.P. Higher viral load may explain the dominance of CRF02_AG in the molecular epidemiology of HIV in Ghana. AIDS, 2004, Vol. 18, pp. 1208–1210.

16. Гашникова Н.М., Сафронов П.Ф., Никонорова Ю.В., Унагаева Н.В., Лаптева Т.А., Богачев В.В., Барышев П.Б., Тотменин А.В., Букин Е.К., Бочаров Е.Ф., Черноусова Н.Я., Ставский Е.А. Изучение свойств изолятов CRF02_AG ВИЧ-1, циркулирующих на территории Новосибирской области // Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии. 2011. № 3. С. 38–43. [Gashnikova N.M., Safronov P.F., Nikonorova Yu.V., Unagaeva N.V., Lapteva T.A., Bogachev V.V., Baryshev P.B., Totmenin A.V., Bukin E.K., Bocharov E.F., Chernousova N.Ya., Stavsky E.A. the study of the properties of isolates of CRF02_AG HIV-1 circulating on the territory of Novosibirsk region. Journal of Microbiology, Epidemiology and Immunobiology, 2011, No. 3, pp. 38–43 (In Russ.)].

17. Коломеец А.Н., Довгополюк Е.С., Сергеева И.В. Анализ распространённости лекарственной устойчивости ВИЧ-1 в регионах Сибирского федерального округа // ВИЧ-инфекция и иммуносупрессии. 2011. Т. 3, № 4. С. 51–56. [Kolomeets A.N., Dovgopolyuk E.S., Sergeeva I.V. The Analysis of the prevalence of drug resistance HIV-1 in regions of the Siberian Federal district. HIV Infection and Immunosuppressive Disorders, 2011, Vol. 3, No. 4, pp. 51–56 (In Russ.)].

18. Bobkova M. Current status of HIV-1 diversity and drug resistance monitoring in the former USSR. AIDS Rev., 2013, Vol. 15 (4), pp. 204–212.

19. Москалейчик Ф.Ф., Лага В.Ю., Дельгадо Е., Вега И., Фернандес-Гарсия А., Перес-Альварес Л., Корнилаева Г.В., Пронин А.Ю., Жернов Ю.В., Томсон М.М., Бобкова М.Р., Карамов Э.В. Стремительное распространение циркулирующей рекомбинантной формы CRF02-AG ВИЧ-1 на территории России и сопредельных стран // Вопросы вирусологии. 2015. Т. 60 (6). С. 14–19. [Moskalyuk F.F., Laga V.Yu., Delgado E., Vega I., Fernandez-Garcia A., Perez-Alvarez L., Kornilaeva G.V., Pronin A.Yu., Zhernov Yu.V., Thompson M.M., Bobkova M.R., Karamov E.V. The Rapid expansion of circulating recombinant form, CRF02-AG HIV-1 on the territory of Russia and adjacent countries. Problems of Virology, 2015, Vol. 60 (6), pp. 14–19 (In Russ.)].

20. Baryshev P.B., Bogachev V.V., Gashnikova N.M. Genetic characterization of an isolate of HIV type 1 AG recombinant form circulating in Siberia, Russia. Arch. Virol., 2012, Vol. 157 (12), pp. 2335–2341.

21. Gashnikova N.M., Safronov P.F., Nikonorova Yu.V., Unagaeva N.V., Lapteva T.A. Properties CRF02_AG isolates of HIV-1 circulating in the Novosibirsk Region. Journal Mikrobiologii, Epidemiologii i Immunobiologii, 2011, Vol. 3, pp. 38–43.

22. Gashnikova N.M., Astakhova E.M., Gashnikova M.P., Bocharov E.F., Petrova S.V., Pun’ko O.A., Popkov A.V., Totmenin A.V. HIV-1 Epidemiology, Genetic Diversity, and Primary Drug Resistance in the Tyumen Oblast, Russia. BioMed Research International, 2016, Vol. 2016, pp. 13.

23. Gashnikova N.M., Zyryanova D.P., Astakhova E.M., Ivlev V.V., Gashnikova M.P., Moskaleva N.M., Aikin S.S., Bulatova T.N., Pustylnikov S.V., Bocharov E.F., Totmenin A.V. Predominance of CRF63_02A1 and multiple patterns of unique 3 recombinant forms of CRF63_A1 among individuals with newly 4 diagnosed HIV-1 infection in Kemerovo Oblast, Russia. Arch. Virol., 2017, Vol. 162, pp. 379–390.

24. WHO-UNAIDS Guidelines for Standard HIV Isolation and Characterization Procedures. Second Edition, Produced by WHO-UNAIDS HIV Vaccine Initiative, 2002.

25. Quinones-Mateu M.E., Ball S.C., Marozsan A.J., Torre V.S., Albright J.L., Vanham G., van Der Groen G., Colebunders R.L., Arts E.J. A dual infection/competition assay shows a correlation between ex vivo human immunodeficiency virus type 1 fitness and disease progression. J. Virol., 2000, Vol. 74, pp. 9222–9233.

26. Troyer R.M., Collins K.R., Abraha A., Fraundorf E., Moore D.M., Krizan R.W., Toossi Z., Colebunders R.L., Jensen M.A., Mullins J.I. Changes in human immunodeficiency virus type 1 fitness and genetic diversity during disease progression. J. Virol., 2005, Vol. 79, pp. 9006–9018.

27. Хаитов Р.М., Игнатьева Г.А. СПИД. М.: Народная академия культуры и общечеловеческих ценностей, 1992. C. 329. [Khaitov R.M., Ignatyeva G.A. AIDS. Moscow: National Academy of culture and universal values, 1992, pp. 329 (In Russ.)].

28. Blaak H., Van’t Wout A.B., Brouwer M. In vivo HIV-1 infection of CD45RA_CD4_ T cells is established primarily by syncytium-inducing variants and correlates with he rate of CD4_ T cell decline. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 2000, Vol. 97, pp. 1269–1274.

29. Koot M., Keet I.P., Vos A.H., de Goede R.E., Roos M.T., Coutinho R.A., Miedema F., Schellekens P.T., Tersmette M. Prognostic value of HIV-1 syncytium-inducing phenotype for rate of CD4_ cell depletion and progression to AIDS. Ann. Intern. Med., 1993, Vol. 118, pp. 681–688.

30. Kwa D., Vingerhoed J., Boeser-Nunnink B., Broersen S. Cytopathic effects of non-syncytium-inducing and syncytium-inducing Human Immunodeficiency Virus type 1 variants on different cd4_– t-cell subsets are determined only by coreceptor expression. J. Virol., 2001, Vol. 75, pp. 10455–10459.

31. Björndal A., Deng H., Jansson M., Fiore J.R., Colognesi C., Karlsson A., Albert J., Scarlatti G., Littman D.R., Fenyö E.M. Coreceptor usage of primary Human Immunodeficiency Virus Type 1 isolates varies according to biological phenotype. J. Virol., 1997, Vol. 71, pp. 7478–7487.

32. Хофман К., Рокштро Ю.К. Лечение ВИЧ-инфекции. М.: Р.Валент, 2011. С. 736. [Hoffman K., Rockstroh Yu.K. Treatment of HIV infection. Moscow: R.Valent, 2011, pp. 736 (In Russ.)].


Для цитирования:


Богачева Н.В., Бледных Н.А., Тотменин А.В., Мирджамалова Ф.О., Соколов Ю.В., Гашникова Н.М. СОЗДАНИЕ КОЛЛЕКЦИИ СОВРЕМЕННЫХ ИЗОЛЯТОВ ВИЧ-1, ВКЛЮЧАЮЩЕЙ ОСНОВНЫЕ РОССИЙСКИЕ ГЕНЕТИЧЕСКИЕ ВАРИАНТЫ ВИРУСА. ВИЧ-инфекция и иммуносупрессии. 2017;9(1):65-76. https://doi.org/10.22328/2077-9828-2017-9-1-65-76

For citation:


Bogacheva N.V., Blednyh N.A., Totmenin A.V., Mirdzhamalova F.O., Sokolov J.V., Gashnikova N.M. CREATURE A COLLECTION OF UP-TO-DATE HIV-1 ISOLATES INCLUDING MAJOR RUSSIAN GENETIC VARIANTS OF VIRUS. HIV Infection and Immunosuppressive Disorders. 2017;9(1):65-76. (In Russ.) https://doi.org/10.22328/2077-9828-2017-9-1-65-76

Просмотров: 1582


Creative Commons License
Контент доступен под лицензией Creative Commons Attribution 4.0 License.


ISSN 2077-9828 (Print)