Вариабельность белка Rev ВИЧ-1 суб-субтипа А6 у пациентов с различными стадиями ВИЧ-инфекции

Цель. Сравнение генетического разнообразия белка Rev ВИЧ-1 суб-субтипа А6 у людей, живущих с ВИЧ (ЛЖВ), c разными стадиями заболевания.

Материалы и методы. Анализировались клинические образцы цельной крови, полученные от 227 ЛЖВ, ранее не получавших лечения, которые наблюдались в ГКУЗ Московской области «Центр по профилактике и борьбе со СПИДом и инфекционными заболеваниями». Проводили экстракцию провирусной ДНК, амплификацию области первого и второго экзона гена rev с последующим секвенированием продуктов амплификации. Генотипирование полученных последовательностей выполняли путем анализа второго экзона гена rev. Затем проводили сравнение консервативности и аминокислотных замен в последовательностях белка Rev у пациентов из различных групп.

Результаты и их обсуждение. 220 из 227 (96,9%) образцов содержали ВИЧ-1 суб-субтипа А6. У пациентов с IV стадией консервативность в белке Rev была меньше. Обнаружены две замены (L13I, S113P), которые встречались со статистически значимой разницей у ЛЖВ с разными стадиями ВИЧ-инфекции.

Заключение. Полученные результаты подтверждают гипотезу о корреляции между аминокислотной последовательностью белка Rev и течением ВИЧ-инфекции и обозначают необходимость дальнейших исследований этого вопроса.

1. Ogarkova D., Antonova A., Kuznetsova A., Adgamov R., Pochtovyi A., Kleimenov D., Tsyganova E., Gushchin V., Gintsburg A., Mazus A. Current

2. Trends of HIV Infection in the Russian Federation // Viruses. 2023. Vol. 15. Р. 2156. https://doi.org/10.3390/v15112156.

3. Antiretroviral Therapy Cohort Collaboration. Survival of HIV-positive patients starting antiretroviral therapy between 1996 and 2013: a collaborative analysis of cohort studies // Lancet HIV. 2017. Vol. 4 (8). e349–56. https://doi.org/10.1016/s2352-3018(17)30066-8.

4. Toljić B., Milašin J., De Luka S.R., Dragović G., Jevtović D., Maslać A., Ristić-Djurović J.L., Trbovich A.M. HIV-Infected Patients as a Model of Aging // Microbiol Spectr. 2023. Vol. 11 (3). e0053223. doi: 10.1128/spectrum.00532-23.

5. Nanditha N.G.A., Paiero A., Tafessu H.M., St-Jean M., McLinden T., Justice A.C., Kopec J., Montaner J.S.G., Hogg R.S., Lima V.D. Excess burden of age-associated comorbidities among people living with HIV in British Columbia, Canada: a population-based cohort study // BMJ Open. 2021. Vol. 11 (1). e041734. doi: 10.1136/bmjopen-2020-041734.

6. Sarma P., Cassidy R., Corlett S., Katusiime B. Ageing with HIV: Medicine Optimisation Challenges and Support Needs for Older People Living with HIV: A Systematic Review // Drugs Aging. 2023. Vol. 40 (3). Р. 179–240. doi: 10.1007/s40266-022-01003-3.

7. Webel A.R., Schexnayder J., Cioe P.A., Zuñiga J.A. A. Review of Chronic Comorbidities in Adults Living With HIV: State of the Science // J.Assoc Nurses AIDS Care. 2021. Vol. 32 (3). Р. 322–346. doi: 10.1097/JNC.0000000000000240.

8. Elsheikh M.M., Tang Y., Li D., Jiang G. Deep latency: A new insight into a functional HIV cure // EBioMedicine. 2019. Vol. 45. Р. 624–629. doi: 10.1016/j.ebiom.2019.06.020.

9. Кузнецова А.И. Роль полиморфизма ВИЧ-1 в патогенезе // ВИЧ-инфекция и иммуносупрессии. 2023. Т. 15 (3). С. 26–37. doi:http://dx.doi.org/10.22328/2077-9828-2023-15-3-26-37

10. Kuznetsova A., Kim K., Tumanov A., Munchak I., Antonova A., Lebedev A., Ozhmegova E., Orlova-Morozova E., Drobyshevskaya E., Pronin A., Prilipov A. and Kazennova E. Features of Tat Protein in HIV-1 Sub-Subtype A6 Variants Circulating in the Moscow Region, Russia // Viruses. 2023. Vol. 15. Р. 2212. https://doi.org/10.3390/v15112212.

11. Truman CT.S., Järvelin A., Davis I., Castello A. HIV Rev-isited // Open Biol. 2020. Vol. 10. Р. 200320. https://doi.org/10.1098/rsob.200320.

12. Jayaraman B, Fernandes J.D., Yang S., Smith C., Frankel A.D. Highly Mutable Linker Regions Regulate HIV-1 Rev Function and Stability // Sci Rep. 2019. Vol. 9. Р. 5139. https://doi.org/10.1038/s41598-019-41582-7.

13. Jackson P.E., Tebit D.M., Rekosh D., Hammarskjold M.L. Rev-RRE Functional Activity Differs Substantially Among Primary HIV-1 Isolates // AIDS Res Hum Retroviruses. 2016. Vol. 32 (9). Р. 923–934. doi: 10.1089/AID.2016.0047.

14. Kirichenko A., Kireev D., Lapovok I., Shlykova A., Lopatukhin A., Pokrovskaya A., Bobkova, M., Antonova A., Kuznetsova A., Ozhmegova E., Shtrek S., Sannikov A., Zaytseva N., Peksheva O., Piterskiy M., Semenov A., Turbina G., Filoniuk N., Shemshura A., Kulagin V., Kolpakov D., Suladze A., Kotova V., Balakhontseva L., Pokrovsky V., Akimkin V. HIV-1 Drug Resistance among Treatment-Naïve Patients in Russia: Analysis of the National Database, 2006–2022 // Viruses. 2023. Vol. 15. Р. 991. https://doi.org/10.3390/v15040991.

15. Antonova A., Kazennova E., Lebedev A., Ozhmegova E., Kuznetsova A., Tumanov A., Bobkova M. Recombinant Forms of HIV-1 in the Last Decade of the Epidemic in the Russian Federation // Viruses. 2023. Vol. 15. Р. 2312. https://doi.org/10.3390/v15122312.

16. Казеннова Е.В., Лаповок И.А., Лага В.Ю., Васильев А.В., Бобкова М.Р. Естественные полиморфизмы гена pol варианта ВИЧ 1 IDU A // ВИЧ-инфекция ииммуносупрессии. 2012. Т. 4 (4). С. 44–51.

17. Kirichenko A., Lapovok I., Baryshev P., van de Vijver D.A.M.C., van Kampen J.J.A., Boucher C.A.B., Paraskevis D, Kireev D. Genetic features of HIV-1 integrase sub-subtype A6 predominant in Russia and predicted susceptibility to INSTIs // Viruses. 2020. Vol. 12 (8). Р. 838. https://doi.org/10.3390/v12080838.

18. Министерство здравоохранения Российской Федерации. Клинические рекомендации. ВИЧ-инфекция у взрослых; 2020. Доступно: https://cr.minzdrav.gov.ru/recomend/79_1.

19. Miller S.A., Dykes D.D., Polesky H.F. A simple salting out procedure for extracting DNA from human nucleated cells // Nucleic. Acids. Res. 1988. Vol. 16 (3). Р. 1215. https://doi.org/10.1093/nar/16.3.1.

20. Nguyen L.T., Schmidt H.A., von Haeseler A., Minh B.Q. IQ-TREE: a fast and effective stochastic algorithm for estimating maximum-likelihood phylogenies // Mol. Biol. Evol. 2015. Vol. 32 (1). Р. 268–274. doi: 10.1093/molbev/msu300.

21. HIV Databases. 2022. URL: https://www.hiv.lanl.gov (дата обращения: 16.01.2024).

22. Darriba D., Taboada G.L., Doallo R., Posada D. jModelTest 2: more models, new heuristics and parallel computing // Nat. Methods. 2012. Vol. 9 (8). Р. 772. doi: 10.1038/nmeth.2109

23. Letunic I., Bork P. Interactive Tree Of Life (iTOL) v5: an online tool for phylogenetic tree display and annotation // Nucleic Acids Res. 2021. Vol.49 (W1): W293–W296. doi: 10.1093/nar/gkab301.

24. Lebedev A., Kim K., Ozhmegova E., Antonova A., Kazennova E., Tumanov A., Kuznetsova A. Rev Protein Diversity in HIV-1 Group M Clades // Viruses. 2024. Vol. 16. Р. 759. https://doi.org/10.3390/v16050759.

25. Rossenkhan R., Novitsky V., Sebunya T.K., Musonda R., Gashe B.A. et al. Viral Diversity and Diversification of Major Non-Structural Genes vif, vpr, vpu, tat exon 1 and rev exon 1 during Primary HIV-1 Subtype C Infection // PLoS ONE. 2012. Vol. 7 (5). e35491. doi:10.1371/journal.pone.0035491.

26. Антонова А.А., Лебедев А.В., Казеннова Е.В., Ким К.В., Ожмегова Е.Н., Туманов А.С., Мунчак Я.М., Орлова-Морозова Е.А., ПронинА.Ю., Прилипов A.Г., Кузнецова А.И. Вариабельность белка VPU ВИЧ-1 суб-субтипа А6 у пациентов c различными стадиями ВИЧ-инфекции // ВИЧ-инфекция и иммуносупрессии. 2024. Т. 16, № 2. С. 40–50. http://dx.doi.org/10.22328/2077-9828-2024-16-2-40-50.

27. Gondim M.V., da Silva J.X., Prosdocimi F., Leonardecz-Neto E., Franco O.L., Argañaraz E.R. Evidences for viral strain selection in late stages of HIV infection: an analysis of Vpu alleles // Protein J. 2012. Vol. 31 (2). Р. 184–193. doi: 10.1007/s10930-011-9389-y.