Генотипическая и фармакорезистентная характеристика ВИЧ у пациентов в Социалистической Республике Вьетнам

Цель. Для оценки молекулярно-эпидемиологической структуры и фармакорезистентных вариантов ВИЧ у ВИЧ-инфицированных лиц в Хошимине (Социалистическая Республика Вьетнам) у 42 пациентов (4 человека с впервые выявленной инфекцией ВИЧ и 38 с вирусологической неэффективностью антиретровирусной терапии) проводили анализ нуклеотидных последовательностей фрагмента гена полимеразы (pol) ВИЧ.

Результаты. В обследованной группе преобладал ВИЧ циркулирующей рекомбинантной формы CRF01_AE (92,2%) по сравнению с генотипом В (5,3%), CRF08_BC был выявлен у одного пациента (2,6%). Среди лиц с впервые выявленной ВИЧ-инфекцией 75% составил геновариант CRF01_AE и 25% — генотип В. Мутации лекарственной устойчивости к каким-либо препаратам были выявлены у 76,2% пациентов. Среди образцов с выявленной фармакорезистентностью у 43,75% были одиночные мутации. Мутации лекарственной устойчивости к ингибиторам обратной транскрипции встречались чаще (84,8%), чем мутации к ИП (15,2%). Чаще всего встречались мутации устойчивости к ННИОТ — 47,8%, далее — к НИОТ (37%) и ИП (15,2%). Образцы с фармакорезистентностью только к НИОТ составили 9,4% (7,1% от общей группы), только к ННИОТ — 28,1% (21,4% от общей группы), только к ИП — 12,5% (9,5% от общей группы), одновременно к ИП и НИОТ — 6,25% (4,8% от общей группы), к ИП и ННИОТ — 3,1% (2,4% от общей группы), к НИОТ и ННИОТ — 37,5% (28,6% от общей группы), образцов с мутациями устойчивости ко всем трем группам препаратов одновременно не выявлено. Встречаемость мутаций лекарственной устойчивости и количество естественных полиморфных вариантов у пациентов с двумя/тремя схемами АРВТ достоверно превышали таковые у пациентов с одной схемой, независимо от длительности применения терапии. Выявлена мутация фармакорезистентности у АРВТ-наивного пациента. С учетом вышесказанного представляется необходимым надзор за лекарственной устойчивостью ВИЧ во Вьетнаме как у получающих АРВТ, так и у АРВТ-наивных лиц.

1. UNAIDS. Global HIV and AIDS statistics-2018 fact sheet [Online] 2019; Available from: http://www.unaids.org/en/resources/fact-sheet/. [Accessed 10 08 2019]

2. European Centre for Disease Prevention and Control. HIV/AIDS surveillance in Europe 2015. (ECDC, Stockholm, 2016).

3. Keele B.F., Van Heuverswyn F., Li Y., Bailes E., Takehisa J., Santiago M.L. Chimpanzee reservoirs of pandemic and nonpandemic HIV-1 // Science. 2006. Vol. 313. P. 523–526. doi: 10.1126/science.1126531.

4. D’arc M., Ayouba A., Esteban A., Learn G.H., Boué V., Liegeois F. Origin of the HIV-1 group O epidemic in western lowland gorillas // Proc. Natl. Acad. Sci. 2015. Vol. 112. P. E1343–E1352. doi: 10.1073/pnas.1502022112.

5. Peeters M., D’Arc M., Delaporte E. Origin and diversity of human retroviruses // AIDS Rev. 2014. Vol. 16 (1). Р. 23–34.

6. Foley B.T., Leitner T., Paraskevis D., Peeters M. Primate immunodeficiency virus classification and nomenclature: Review // Infect Genet Evol. 2016. Vol. 46. Р. 150–158. doi: 10.1016/j.meegid.2016.10.018.

7. McCutchan F.E. Global epidemiology of HIV // J. Med. Virol. 2006. Vol. 78. P. S7–S12.

8. Hemelaar J., Gouws E., Ghys P.D., Osmanov S. WHO-UNAIDS Network for HIV Isolation and Characterisation 2011. Global trends in molecular epidemiology of HIV-1 during 2000–2007 // AIDS. 2011. Vol. 25. Р. 679–689.

9. Hemelaar J. The origin and diversity of the HIV-1 pandemic // Trends Mol. Med. 2012. Vol. 18 (3). P. 182–192.

10. Buonaguro L., Tornesello M.L., Buonaguro F.M. Human immunodeficiency virus type 1 subtype distribution in the worldwide epidemic: pathogenetic and therapeutic implications // J. Virol. 2007. Vol. 81 (19). P. 10209–10219.

11. UNAIDS. Global AIDS Update 2016. 2016. Available from: http://www.unaids.org/en/resources/documents/2016/Global-AIDS-update-2016.

12. De Mendoza C. Hot News: HIV Epidemics — Current Burden and Future Prospects // AIDS Rev. 2017. Vol. 19 (4). P. 239.

13. Scherrer A., von Wyl V., Yan W., Emergence of Acquired HIV-1 Drug Resistance Almost Stopped in Switzerland: A 15-Year Prospective Cohort Analysis // Clin. Infect. Dis. 2016. 15. Vol. 62 (10). P. 1310–1317.

14. Gupta R.K., Jordan M.R., Sultan B.J., Hill A., Davis D.H., Gregson J., Sawyer A.W., Hamers R.L., Ndembi N., Pillay D., Bertagnolio S. Global trends in antiretroviral resistance in treatment-naive individuals with HIV after rollout of antiretroviral treatment in resource-limited settings: a global collaborative study and meta-regression analysis // Lancet. 2012. Vol. 380. P. 1250–1258.

15. Pasquet A., Messou E., Gabillard D., Minga A., Depoulosky A., Deuffic-Burban S., Losina E., Freedberg K.A., Danel C., Anglaret X., Yazdanpanah Y. Impact of drug stock-outs on death and retention to care among HIV-infected patients on combination antiretroviral therapy in Abidjan // Cote d’Ivoire PLoS One. 2010. Р. 5. e13414.

16. Николенко Г.Н. Изучение механизмов лекарственной устойчивости ВИЧ-1 к ингибиторам обратной транскриптазы: дис. … д-ра биол. наук: 03.01.03. Кольцово, 2012. 182 с.: ил. РГБ ОД, 71 13–3/13.

17. Shafer R.W., Rhee S.Y., Bennett D.E. Consensus resistance mutations for epidemiological surveillance: basic principles and potential controversies // Antivir. Ther. 2008. Vol. 13. P. 59–68.

18. Hirsch M.S., Günthard H.F., Schapiro J.M., Brun-Vézinet F., Clotet B., Hammer S.M., Johnson V.A., Kuritzkes D.R., Mellors J.W., Pillay D., Yeni P.G., Jacobsen D.M., Richman D.D. Antiretroviral drug resistance testing in adult HIV-1 infection: 2008 recommendations of an international AIDS society–USA panel // Clin. Infect. Dis. 2008. Vol. 47 (2). Р. 266–285. doi: 10.1086/589297.

19. Nguyen T.H., Nguyen T.L., Trinh Q.H. HIV/AIDS epidemics in Vietnam: evolution and responses // AIDS Educ Prev. 2004. Vol. 16. P. 137– 154. DOI: 10.1521/aeap.16.3.5.137.35527.

20. Nguyen Ha P., Pharris A., Huong N.T., Chuc N.T., Brugha R., Thorson A. The evolution of HIV policy in Vietnam: from punitive control measures to a more rights-based approach // Glob Health Action. 2010. Vol. 3. doi: 10.3402/gha.v3i0.4625.

21. Plantier J.C., Leoz M., Dickerson J.E., de Oliveira F., Cordonnier F. A new human immunodeficiency virus derived from gorillas // Nat. Med. 2009. Vol. 15. Р. 871–872.

22. Kuiken C., Foley B., Leitner T., Apetrei C., Hahn B. HIV Sequence Compendium 2011. 2011. Los Alamos National Laboratory, Los Alamos, NM.

23. UNAIDS Vietnam. Legal documentation on HIV/AIDS. 2009.

24. Country Operational Plan (COP/ROP) Vietnam 2017 Strategic Direction Summary January 18, 2017. Available from: https://mz.usembassy.gov/wp-content/uploads/sites/182/2017/04/FINAL_COP17_guidance-1.pdf [Accessed 18 09 2019]

25. Country Operational Plan (COP/ROP) Vietnam 2019 Strategic Direction Summary April 12, 2019. Available from: https://www.state.gov/wpcontent/uploads/2019/09/Vietnam_COP19-Strategic-Directional-Summary_public.pdf [Accessed 18 09 2019]

26. WHO. Number of people (all ages) living with HIV. https://www.who.int/gho/hiv/epidemic_status/cases_all/en/

27. GFATM Viet Nam Overview https://www.theglobalfund.org/en/portfolio/country/?loc=VNM&k=90fb7820-b2f0-4401-bc77-067270585a9b

28. UNAIDS Country factsheets Viet Nam 2015 [UNAIDS website]. UNAIDS, 2015. http://aidsinfo.unaids.org/

29. Pineda-Pena A.C., Faria N.R., Imbrechts S., Libin P., Abecasis A.B., Deforche K., Gómez-López A., Camacho R.J., de Oliveira T., Vandamme A.M. Automated subtyping of HIV-1 genetic sequences for clinical and surveillance purposes: performance evaluation of the new REGA version 3 and seven other tools // Infect Genet Evol. 2013. Vol. 19. Р. 337–348. doi: 10.1016/j.meegid.2013.04.032.

30. Kumar S., Stecher G., Tamura K. MEGA7: Molecular Evolutionary Genetics Analysis Version 7.0 for Bigger Datasets // Mol. Biol. Evol. 2016. Vol. 33 (7). P. 1870–1874.

31. Schultz A.K., Bulla I., Abdou-Chekaraou M., Gordien E., Morgenstern B., Zoaulim F., Dény P., Stanke M. jpHMM: recombination analysis in viruses with circular genomes such as the hepatitis B virus // Nucleic Acids Res. 2012. Vol. 40 (Web Server issue). W193–198. doi: 10.1093/nar/gks414.

32. Bontell I., Cuong do D., Agneskog E., Diwan V., Larsson M., Sönnerborg A. Transmitted drug resistance and phylogenetic analysis of HIV CRF01_AE in Northern Vietnam // Infect Genet Evol. 2012. Vol. 12 (2). P. 448–452. doi: 10.1016/j.meegid.2011.04.034.

33. Do H.T., Nguyen D.T., Nguyen L.A.T., Do D.H., Le H.X., Trinh X.M.T., Ton H.V.N., Sawada I., Kitamura N., Le M.N., Yoshihara K., Phan T.H.T., Bui C.T., Ariyoshi K., Yoshida L.M. An Alarmingly High Proportion of HIV-1 Isolates Carrying Mutations Corresponding to Resistance to Antiretroviral Drugs among HIV-Positive High-Risk Groups in Central Vietnam: a Substudy of the National Sentinel Survey // Jpn. J. Infect Dis. 2017. Vol. 70 (6). P. 621–627. doi: 10.7883/yoken.JJID.2016.512.

34. Ishizaki A., Cuong N.H., Thuc P.V., Trung N.V., Saijoh K., Kageyama S., Ishigaki K., Tanuma J., Oka S., Ichimura H. Profile of HIV type 1 infection and genotypic resistance mutations to antiretroviral drugs in treatment-naive HIV type 1-infected individuals in Hai Phong, Viet Nam // AIDS Res Hum Retroviruses. 2009. Vol. 25 (2). P. 175–182. doi: 10.1089/aid.2008.0193.

35. Meriki H.D., Tufon K.A., Anong D.N., Atanga P.N., Anyangwe I.A., Cho-Ngwa F., Nkuo-Akenji T. Genetic diversity and antiretroviral resistanceassociated mutation profile of treated and naive HIV-1 infected patients from the Northwest and Southwest regions of Cameroon // PLoS One. 2019. Vol. 14 (11). e0225575. doi: 10.1371/journal.pone.0225575.

36. Thi T. C. P., Azumi I., Dac C. P., Xiuqiong B., Shinichi O., Hiroshi I. Characterization of HIV Type 1 Genotypes and Drug Resistance Mutations Among Drug-Naive HIV Type 1-Infected Patients in Northern Vietnam // AIDS Res Hum Retroviruses. 2010. Vol. 26 (2). Р. 233–235.

37. Pham Q.D., Huynh T.K., Luong T.T., Tran T., Vu T.X., Truong L. X. HIV-1 drug resistance and associated factors among adults failing first-line highly active antiretroviral therapy in Ho Chi Minh City, Vietnam // HIV Clin. Trials. 2013. Vol. 14 (1). Р. 34–44.

38. Останкова Ю.В., Щемелев А.Н., Зуева Е.Б., Чурина М.А., Валутите Д.Э., Семенов А.В. Молекулярная эпидемиология и фармакорезистентность ВИЧ у пациентов с вирусологической неэффективностью антиретровирусной терапии в Архангельской области // ВИЧ-инфекция и иммуносупрессии. 2019. Т. 11, № 4. С. 65–72. http://dx.doi.org/10.22328/2077-9828-2019-11-4-65-72.

39. Nguyen T.H.L., Recordon-Pinson P., Pham V.H. HIV type 1 isolates from 200 untreated individuals in Ho Chi MinhCity (Vietnam): ANRS 1257 study. Large predominance ofCRF01_AE and presence of major resistance mutations toantiretroviral drugs // AIDS Res Hum Retroviruses. 2003. Vol. 19 (10). P. 925–928.

40. Depincé A.E., Dussert E., Vergnon-Miszczycha D., Keita A., Pillet S., Botelho-Nevers E., Frésard A., Gagneux-Brunon A., Lucht F.R., Roblin X., Pozzetto B., Paul S., Bourlet T. The Genotyping Resistance Profile of the Pol Gene Detected in Blood of Newly Diagnosed HIV-Positive Men Is Durably Archived in the Gut Whatever the Time of Initiation of cART // Intervirology. 2016. Vol. 59 (5–6). Р. 256–261. doi: 10.1159/000472716.